エコパス

EcopathとEcosim
開発者	エコパス研究開発コンソーシアム
初回リリース	1992
安定リリース	6.6.8 / 2022年11月4日
プレビューリリース	6.7 アルファ版（リクエストに応じて）/ 2022 年 11 月 4 日
リポジトリ	https://sources.ecopath.org/trac/Ecopath
書かれた	Visual Basic .NET、C#
オペレーティング·システム	Windows Vista (サポート対象外)、7、8 *、10、11 ( EwEデスクトップバージョン)、UnixおよびLinux ( Mono経由の EwE コア)
プラットフォーム	.NET フレームワーク 4.8
利用可能	英語
タイプ	エコシステムモデル
ライセンス	GPL v2
Webサイト	https://www.ecopath.org

Ecopath with Ecosim ( EwE ) は、無料でオープンソースの生態系モデリングソフトウェアスイートで、最初はNOAAのJeffrey Polovinaによって開発されましたが、その後は主にブリティッシュコロンビア大学の旧UBC 水産センターで開発されました。2007 年には、NOAA の 200 年の歴史における 10 大科学的ブレークスルーの 1 つに選ばれました。NOAA の引用では、Ecopath が「世界中の科学者の複雑な海洋生態系を理解する能力に革命をもたらした」と述べています。^{[1]その背景には、}Villy Christensen、Carl Walters、Daniel Paulyなどの水産科学者と世界中のソフトウェアエンジニアの活発なネットワークとの連携による 30 年以上の開発作業があります。EwE は、プロジェクト、ユーザーの貢献、ユーザーサポート、トレーニングコース、共同開発コラボレーションを通じて資金提供されています。 2021 年 11 月現在、150 か国以上の学術機関、非政府組織、産業界、政府に 8,000 人以上のユーザーがいると推定されています。

コンポーネント

EwE には 3 つの主要コンポーネントがあります。

エコパス – システムの静的で質量バランスのとれたスナップショット^[2]
Ecosim – 政策探索のための時間動的シミュレーションモジュール^[3]
エコスペース – 漁業、保護区域の配置、^[4]、環境条件の変化による複合的な影響を調査するために設計された空間的および時間的な動的モジュール。

機能

Ecopath ソフトウェアパッケージは次の目的で使用できます。

生態学的問題に取り組む^[5]^[6]
漁業の生態系への影響を評価する^[7]
管理政策の選択肢を検討する^[8]
海洋保護区の影響と配置を分析する^[9]
汚染物質やトレーサーの移動と蓄積を予測する（エコトレーサー） ^[10]^[11]
環境変化のモデル効果、^[12]^[13]
エンドツーエンドのエコシステムモデル構築を促進する^[14]

開発エコパスバージョン6.0 ^[15]は、レンフェスト海洋プログラムとピュー慈善信託から支援を受けました。2011年にエコパス研究開発コンソーシアムが設立され、世界中の機関とこのアプローチの維持とさらなる発展の責任を共有しています。EwEは、継続的なソフトウェア開発と新バージョンのリリースをユーザーの関与にのみ依存しています。

Ecopath with Ecosimのデスクトップ版はWindowsでのみ実行でき、Microsoft Accessデータベースドライバーバージョン2007以降が必要です。Ecopath with Ecosimの計算コアは、Mono共通言語ランタイムを使用して、UnixやLinuxなどの他のオペレーティングシステムで実行できます。^[16] R、Matlab、Fortranのスピンオフバージョンは、EwEのメインデスクトップバージョンとは独立して開発されており、Ecopath研究開発コンソーシアムではサポートされていません。

資金調達

2013年、開発努力はスペインのEcopath International Initiativeの下に一元化され、同時にEcopath研究開発コンソーシアムが監督するコミュニティ主導の開発モデルへの移行が行われました。^[17]このアプローチは中核的な資金提供を受けていないため、Ecopath with Ecosimアプローチは現在、継続的な開発とリリースのためにユーザーからのプロジェクト資金提供に完全に依存しています。

参考文献

^ NOAA、2007年。ECOPATHモデリング：漁業管理への生態系アプローチの前身[WWW文書]。URL http://celebrating200years.noaa.gov/breakthroughs/ecopath/welcome.html（2012年8月26日アクセス）。
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^ Walters, C., Christensen, V. and Pauly, D., 1997. 栄養段階の質量バランス評価から搾取された生態系の動的モデルを構築する。Rev Fish Biol Fish、7:139-172
^ Walters, C., Pauly, D. and Christensen, V., 1999.「エコスペース： 海洋保護区の影響に重点を置いた、利用された生態系の栄養関係における中規模空間パターンの予測」エコシステム、2:539-554。
^シニックソン、ディラン; チャガリス、デイビッド; アレン、マイケル (2021年6月10日). 「EcopathとEcosimを使用 した河川流量の餌魚と捕食者への影響の調査」.海洋科学のフロンティア. 8. doi : 10.3389/fmars.2021.689950 . ProQuest 2539744082.
^ Christensen, V. および Pauly, D. (編集者)、1993。「水生生態系の栄養モデル」。ICLARM会議議事録 26、マニラ、390 ページ。
^ Walters, CJ, Christensen, V., Martell, SJ and Kitchell, JF, 2005. 単一種の評価から MSY ポリシーを適用した場合に生態系に及ぼす可能性のある影響。ICES J Mar Sci、62:558-568。
^ Christensen, V. および Walters, CJ, 2004. 漁業管理政策の生態系規模の最適化におけるトレードオフ。Bull Mar Sci、74:549-562
^ Walters, CJ および Martell, SJD、2004 年。「漁業生態学と管理」。プリンストン大学出版局、プリンストン、399 ページ。
^ Christensen, V. および Booth, S.、2006。海洋環境におけるダイオキシン分布パターンの生態系モデリング。第 6 章。J. Alder および D. Pauly (編集者)、小型遠洋魚の多様な用途について: 生態系から市場まで。UBC 漁業センター研究レポート14(3)。ブリティッシュコロンビア大学漁業センター [ISSN 1198-6727]、バンクーバー
^ Walters , William J.; Christensen, Villy (2018). 「エコトレーサー：水生空間動的食物網モデルにおける汚染物質と放射性同位元素の濃度分析」。環境放射能ジャーナル。181 ：118–127。doi ：10.1016 /j.jenvrad.2017.11.008。ISSN 0265-931X。PMID 29145014 。
^ Guénette, Sylvie; Heymans, Sheila JJ; Christensen, Villy; Trites, Andrew W (2006). 「生態系モデルは、アラスカのトド（Eumetopias jubatus）に対する漁業、捕食、競争、および海洋生産性の複合効果を示しています」。Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences。63 (11): 2495–2517。doi :10.1139/f06-136。ISSN 0706-652X 。
^ Christensen, Villy; Coll, Marta; Steenbeek, Jeroen; Buszowski, Joe; Chagaris, Dave; Walters, Carl J. (2014). 「空間食物網モデルにおける可変生息地品質の表現」.生態系. 17 (8): 1397–1412. doi :10.1007/s10021-014-9803-3. ISSN 1432-9840. S2CID 3896465.
^ Steenbeek, Jeroen; Coll, Marta; Gurney, Leigh; Mélin, Frédéric; Hoepffner, Nicolas; Buszowski, Joe; Christensen, Villy (2013). 「生態系モデリングツールと地理情報システム間のギャップを埋める: 外部空間時間データによる食物網モデルの駆動」.生態学的モデリング. 263 : 139–151. doi :10.1016/j.ecolmodel.2013.04.027. ISSN 0304-3800.
^ Christensen, V. および Lai, S.、2007 年。Ecopath with Ecosim 6: the sequel。The Sea Around Us Project Newsletter、43:1-4 (9 月～10 月)。
^ Steenbeek, Jeroen; Buszowski, Joe; Christensen, Villy; Akoglu, Ekin; Aydin, Kerim; Ellis, Nick; Felinto, Dalai; Guitton, Jerome; Lucey, Sean; Kearney, Kelly; Mackinson, Steven; Pan, Mike; Platts, Mark; Walters, Carl (2016 年 1 月)。「モデル構築ツールボックスとしての Ecopath と Ecosim: ソースコード機能、拡張機能、バリエーション」。生態学的モデリング。319 : 178–189。doi : 10.1016/j.ecolmodel.2015.06.031 。
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外部リンク

公式サイト
ソーシャルネットワークサイト
公開された EwE モデルのリポジトリ

[1] NOAA、2007年。ECOPATHモデリング：漁業管理への生態系アプローチの前身[WWW文書]。URL http://celebrating200years.noaa.gov/breakthroughs/ecopath/welcome.html（2012年8月26日アクセス）。

[2] Christensen, V. および Pauly, D.、1992。「Ecopath II - 定常状態の生態系モデルのバランスをとり、ネットワーク特性を計算するソフトウェア」。生態学的モデリング、61:169-185。

[3] Walters, C., Christensen, V. and Pauly, D., 1997. 栄養段階の質量バランス評価から搾取された生態系の動的モデルを構築する。Rev Fish Biol Fish、7:139-172

[4] ^ Walters, C., Pauly, D. and Christensen, V., 1999.「エコスペース： 海洋保護区の影響に重点を置いた、利用された生態系の栄養関係における中規模空間パターンの予測」エコシステム、2:539-554。

[5] ^シニックソン、ディラン; チャガリス、デイビッド; アレン、マイケル (2021年6月10日). 「EcopathとEcosimを使用 した河川流量の餌魚と捕食者への影響の調査」.海洋科学のフロンティア. 8. doi : 10.3389/fmars.2021.689950 . ProQuest 2539744082.

[6] Christensen, V. および Pauly, D. (編集者)、1993。「水生生態系の栄養モデル」。ICLARM会議議事録 26、マニラ、390 ページ。

[7] Walters, CJ, Christensen, V., Martell, SJ and Kitchell, JF, 2005. 単一種の評価から MSY ポリシーを適用した場合に生態系に及ぼす可能性のある影響。ICES J Mar Sci、62:558-568。

[8] ^ Christensen, V. および Walters, CJ, 2004. 漁業管理政策の生態系規模の最適化におけるトレードオフ。Bull Mar Sci、74:549-562

[9] Walters, CJ および Martell, SJD、2004 年。「漁業生態学と管理」。プリンストン大学出版局、プリンストン、399 ページ。

[10] Christensen, V. および Booth, S.、2006。海洋環境におけるダイオキシン分布パターンの生態系モデリング。第 6 章。J. Alder および D. Pauly (編集者)、小型遠洋魚の多様な用途について: 生態系から市場まで。UBC 漁業センター研究レポート14(3)。ブリティッシュコロンビア大学漁業センター [ISSN 1198-6727]、バンクーバー

[WaltersChristensen2018-11] Walters , William J.; Christensen, Villy (2018). 「エコトレーサー：水生空間動的食物網モデルにおける汚染物質と放射性同位元素の濃度分析」。環境放射能ジャーナル。181 ：118–127。doi ：10.1016 /j.jenvrad.2017.11.008。ISSN 0265-931X。PMID 29145014 。

[GuénetteHeymans2006-12] Guénette, Sylvie; Heymans, Sheila JJ; Christensen, Villy; Trites, Andrew W (2006). 「生態系モデルは、アラスカのトド（Eumetopias jubatus）に対する漁業、捕食、競争、および海洋生産性の複合効果を示しています」。Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences。63 (11): 2495–2517。doi :10.1139/f06-136。ISSN 0706-652X 。

[ChristensenColl2014-13] Christensen, Villy; Coll, Marta; Steenbeek, Jeroen; Buszowski, Joe; Chagaris, Dave; Walters, Carl J. (2014). 「空間食物網モデルにおける可変生息地品質の表現」.生態系. 17 (8): 1397–1412. doi :10.1007/s10021-014-9803-3. ISSN 1432-9840. S2CID 3896465.

[SteenbeekColl2013-14] Steenbeek, Jeroen; Coll, Marta; Gurney, Leigh; Mélin, Frédéric; Hoepffner, Nicolas; Buszowski, Joe; Christensen, Villy (2013). 「生態系モデリングツールと地理情報システム間のギャップを埋める: 外部空間時間データによる食物網モデルの駆動」.生態学的モデリング. 263 : 139–151. doi :10.1016/j.ecolmodel.2013.04.027. ISSN 0304-3800.

[15] Christensen, V. および Lai, S.、2007 年。Ecopath with Ecosim 6: the sequel。The Sea Around Us Project Newsletter、43:1-4 (9 月～10 月)。

[16] Steenbeek, Jeroen; Buszowski, Joe; Christensen, Villy; Akoglu, Ekin; Aydin, Kerim; Ellis, Nick; Felinto, Dalai; Guitton, Jerome; Lucey, Sean; Kearney, Kelly; Mackinson, Steven; Pan, Mike; Platts, Mark; Walters, Carl (2016 年 1 月)。「モデル構築ツールボックスとしての Ecopath と Ecosim: ソースコード機能、拡張機能、バリエーション」。生態学的モデリング。319 : 178–189。doi : 10.1016/j.ecolmodel.2015.06.031 。

[17] Heymans, JJ; Coll, Marta; Link, JS; Mackinson, Steve; Steenbeek, Jeroen; Christensen, Villy (2016). 「エコシステムベースの管理のための Ecosim 食物網モデルを使用した Ecopath のベストプラクティス」.生態学的モデリング. 331 : 173–184. doi : 10.1016/j.ecolmodel.2015.12.007 . hdl : 10261/135094 .