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| 開発者 | エリック・ライト |
|---|---|
| 安定版リリース | 3.2.0 / 2024 |
| 書かれた | R、C |
| オペレーティング·システム | Unix、Linux、macOS、Windows |
| プラットフォーム | x86-64、ARM |
| 利用可能 | 英語 |
| タイプ | バイオインフォマティクス |
| ライセンス | GPL3ライセンス |
| Webサイト | コードを解読する |
DECIPHER は、プログラミング言語R を使用して生物学的配列を効率的に解読および管理できるソフトウェアです。
特徴
- シーケンス データベース: 膨大な数のシーケンスをインポート、維持、表示、エクスポートし、操作します。
- 相同性検索: 一連のターゲット配列またはゲノム内で相同ヒットを迅速に検索します。関連する配列のグループにクラスター化します。[1]
- 多重配列アライメント： DNA、RNA、[2]またはアミノ酸[3]の配列をアライメントする。
- ゲノムアライメント: 複数のゲノムのシンテニー領域を見つけてアライメントします。
- オリゴヌクレオチドの設計：ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）用の[4] プライマー設計[5] [6] 、蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）用のプローブ設計[7]またはDNAマイクロアレイ[8]。
- 配列を操作します。品質の低い領域をトリミングし、フレームシフトを修正し、ヌクレオチドの方向を変え、コンセンサスを決定し、制限酵素で消化します。
- 配列を解析する：キメラを見つけ[9] 、繰り返しを検出し、二次構造を予測し、生物の分類学[10]または機能[11]に分類し、系統樹を作成し、祖先の再構築を行う。
- 遺伝子発見：ゲノム中のコーディング遺伝子と非コーディング遺伝子[12]を予測し、ゲノムから抽出してファイルにエクスポートします。
参照
参考文献
- ^ Wright ES (2024). 「関連性ソートによる線形時間での生物学的配列の正確なクラスタリング」。Nature Communications . 15 :3047. doi : 10.1038/s41467-024-47371-9 . PMC 11001989. PMID 38589369 .
- ^ Wright ES (2020). 「RNAconTest: 構造一貫性に基づく非コーディングRNA多重配列アラインメントの比較ツール」. RNA . 26 :531–540. doi : 10.1261 /rna.073015.119 . PMC 7161358. PMID 32005745.
- ^ Wright ES (2015). 「DECIPHER: タンパク質の多重配列アラインメントを改善するためにローカル配列コンテキストを活用する」BMC Bioinformatics . 16 :322. doi : 10.1186/s12859-015-0749-z . PMC 4595117 . PMID 26445311.
- ^ Noguera DR、Wright ES、Camejo P、Yilmaz LS (2014)。「オリゴヌクレオチドプローブとプライマーの設計を最適化するための数学的ツール」。応用微生物学およびバイオテクノロジー。98 (23): 9595–608。doi : 10.1007 /s00253-014-6165-x。PMID 25359473。S2CID 903222 。
- ^ Wright ES、Yilmaz LS、Ram S、Gasser JM、Harrington GW、Noguera DR (2014)。「ポリメラーゼ連鎖反応における伸長バイアスを利用して、ほぼ同一のDNAテンプレートの集合におけるプライマー特異性を向上させる」。環境微生物学。16 ( 5): 1354–1365。doi : 10.1111 /1462-2920.12259。PMID 24750536 。
- ^ Wright ES、 Vetsigian KH (2016)。「DesignSignatures: 明確なシグネチャを持つアンプリコンを生成するプライマー設計ツール」。バイオインフォマティクス。32 ( 10 ) : 1565–1567。doi : 10.1093/bioinformatics/btw047。PMID 26803162。
- ^ Wright ES、Yilmaz LS、Corcoran AM、Okten HE、Noguera DR (2014)。「rRNA標的蛍光in situハイブリダイゼーション用プローブの自動設計により、正確な同定にデュアルプローブを使用する利点が明らかに」。応用 環境微生物学。80 (16): 5124–5133。doi :10.1128/ AEM.01685-14。PMC 4135741。PMID 24928876。
- ^ Yilmaz LS、Loy A、Wright ES、Wagner M、Noguera DR (2012)。「微生物診断におけるマイクロアレイプローブ設計の改善に向けたプローブ-ターゲットハイブリッドのホルムアミド変性のモデリング」。PLOS ONE。7 ( 8 ) : e43862。Bibcode : 2012PLoSO ...743862Y。doi : 10.1371/ journal.pone.0043862。PMC 3428302。PMID 22952791。
- ^ Wright ES、Yilmaz LS、Noguera DR (2012)。「DECIPHER、16S rRNA配列のキメラ 同定のための検索ベースのアプローチ」。応用環境微生物学。78 (3): 717–725。doi : 10.1128 / AEM.06516-11。PMC 3264099。PMID 22101057。
- ^ Murali A、Bhargava A、 Wright ES (2018)。「IDTAXA: マイクロバイオーム配列の正確な分類のための新しいアプローチ」。Microbiome . 6 (140): 140. doi : 10.1186/s40168-018-0521-5 . PMC 6085705 . PMID 30092815。
- ^ Cooley N、Wright ES (2021)。「IDTAXAによるタンパク質コード配列の正確なアノテーション」。NAR Genomics and Bioinformatics . 3 (3): 1–10. doi : 10.1093/nargab/lqab080 . PMC 8445202 . PMID 34541527。
- ^ Wright ES (2022年2月). 「FindNonCoding: ゲノム内の非コーディングRNAの迅速かつ簡単な検出」.バイオインフォマティクス. 38 (3): 841–843. doi : 10.1093/ bioinformatics /btab708 . PMC 10060727. PMID 34636849.
外部リンク
- 公式サイト