キャビッグ

がんバイオメディカルインフォマティクスグリッド（caBIG）は、がん研究に関する安全なデータ交換を目的とした、オープンソースでオープンアクセスの情報ネットワークcaGridを開発する米国政府のプログラムでした。この取り組みは、国立がん研究所（国立衛生研究所の一部）によって開発され、生物医学情報科学技術センター（CBIIT）によって維持され、プログラムはブーズ・アレン・ハミルトンによって管理されていました。2011年にcaBIGに関する報告書で有効性と監督について重大な疑問が提起され、その予算と範囲は大幅に削減されました。2012年5月、国立がん情報科学プログラム（NCIP）がcaBIGの後継プログラムとして作成されました。

米国国立がん研究所 (NCI) は、2004 年春にケネス・ビュートウが率いるがんバイオメディカル インフォマティクス グリッド (caBIG) イニシアチブに資金を提供しました。^{[1]その目標は、}グリッド コンピューティング と呼ばれる技術を使用して、米国のバイオメディカルがん研究者を結びつけることでした。バイオインフォマティクスおよび情報技術センター (CBIIT) が主導するこのプログラムは、3 年間のパイロット フェーズから始まりました。パイロット フェーズは 2007 年 3 月に終了し、試験運用が発表されました。^[2] ビュートウは 2008 年にこのプログラムを推進しました。^{[1] [3]}

caBIG は、組織間でデータを共有するための基盤となるインフラストラクチャである caGrid に加えて、データ共有を容易にするためのソフトウェア ツール、データ共有ポリシー、共通の標準と語彙を開発しました。

対象となるソフトウェアツール:

• 基礎研究データの収集・分析・管理
• 患者の登録から有害事象の報告と分析までの臨床試験管理
• 医療画像データの収集、注釈、共有、保存
• 生体試料管理

caBIGは、同社が「学習型ヘルスケアシステム」と呼ぶバイオメディカルへのアプローチの基礎技術を提供することを目指しました。^[4]これは、研究とケアのすべてのセクター間での迅速な情報交換に依存しており、研究者と臨床医が最新の研究結果を共同で検討し、正確に自分の仕事に取り入れることができるようにします。最終的な目標は、バイオメディカル研究プロセスをスピードアップすることでした。また、しばしばパーソナライズ医療と呼ばれるもののためにも推進されました。caBIGテクノロジーは、進行乳がんの女性に適切な治療法を決定するためにバイオマーカーを使用するように設計された、画像と分子分析による治療反応予測のための連続研究の調査2（I-SPY2）などの適応型臨床試験で使用されました 。[ ^5]

健康情報技術 (HIT) は、研究者、医療提供者、消費者の間で医療情報を管理し、安全に交換するために推進されました。caBIG に言及した HIT イニシアチブは次のとおりです。NCI と米国臨床腫瘍学会は、相互運用性のための caBIG 標準を使用して腫瘍学固有の電子医療記録システムを作成するためのコラボレーションを開始しました。これにより、腫瘍学者は、腫瘍学に特有の特定の介入問題を正確に捉える電子形式で患者情報を管理できるようになります。全国健康情報ネットワークは、地理的に異なるソース間で患者の臨床データを共有し、電子的にリンクされた全国的な健康情報交換を作成するイニシアチブでした。何らかの関連がある可能性があります。

2008年にBIGヘルスコンソーシアムが結成され、個別化医療を推進したが、2012年に解散した。^[6] 2009年7月、caBIGはスーザン・ラブ博士研究財団と協力し、臨床試験に参加する意思のある女性のオンラインコホートを構築すると発表した。^[7]「Army of Women」と呼ばれるこの団体は、データベースに100万人を登録することを目標としていた。2009年12月までにサイトが「立ち上げ」られ、2010年までに約3万人の女性と男性が登録した。^[8]

がんゲノムアトラスは、 2015年までに少なくとも20種類のがんにおける10,000以上の腫瘍の特徴を明らかにすることを目標としていました。caBIGは、データベース内の多様な研究データを収集、整理、共有、分析するための接続性、データ標準、ツールを提供しました。2007年以来、NCIは英国国立がん研究所（NCRI）と協力しました。2つの組織は、caGridと2009年8月に発表されたNCRI腫瘍情報交換（ONIX）ウェブポータルを使用して、共同研究と研究データの安全な交換のための技術を共有しました。 ^[9] ONIXは2012年3月に閉鎖されました。 ^[10]デュークがん研究所は、 北京大学北京がん病院との共同研究でcaBIGの臨床試験ツールを使用しました。^[11]

このプロジェクトは、NCI 指定の 65 の癌センターを接続して共同研究を可能にすることを目的としています。参加機関は、caBIG ツールを「採用」して caGrid を通じて直接データを共有するか、市販または社内で開発されたソフトウェアを caBIG 互換となるように「適応」することができます。caBIG プログラムでは、相互運用可能なソフトウェア ツール用のソフトウェア開発キット (SDK) と、既存のツールを適応させるプロセスやアプリケーションを caBIG 互換となるように開発するプロセスに関する手順書を開発しました。

エンタープライズサポートネットワークプログラムには、ドメイン固有の専門知識とサポートサービスプロバイダー、サービス契約ベースで支援を提供するサードパーティ組織が含まれていました。^[12] Liferayソフトウェア を使用したWebポータルは2008年から2013年まで利用可能でした。^[13]

2004 年以降、caBIG プログラムは他の官民パートナーシップから採用したオープンソースコミュニティを活用してきました。caBIG プログラムは、主に商業研究コミュニティ内のソフトウェア開発チームと契約してソフトウェアを制作しました。 ^{[引用が必要]}

一般的に、米国政府の契約に基づいて開発されたソフトウェアは、米国政府および米国納税​​者の財産です。特定の契約の条件によっては、情報公開法(FOIA) に基づく要求によってのみアクセスできる場合があります。このような要求に迅速に対応することで、要求者は FOIA 要求に基づいてリリースされたソフトウェアから二次的価値を得ることができなくなります。

caBIG プログラムは、すべての caBIG ソフトウェアを、自由にダウンロードできるソフトウェア リポジトリに配置しました。オープン ソースとは、ダウンロードしたソフトウェアを誰でも変更できることを意味します。ただし、ダウンロードしたソフトウェアに適用されるライセンスは、通常よりも柔軟性が高くなります。個人または企業は、変更したコードを caBIG プログラムに返すことができますが、そうする必要はありません。同様に、変更はオープン ソースとして公開できますが、オープン ソースとして公開する必要はありません。caBIG ライセンスでは、caBIG アプリケーションとコンポーネントを追加や変更と組み合わせて使用​​し、商用製品としてリリースすることもできます。caBIG プログラムのこれらの側面は、実際に caBIG テクノロジの商用化を促進します。

2008年、グラクソ・スミスクラインは、癌細胞のゲノムデータをcaBIGと共有すると発表した。^[14 ] 2010年には、いくつかの民間企業がcaBIG技術の恩恵を受けていると主張した。 ^[15]

caGridコミュニティウェブサイトは2007年に作成されました。^[16] コアソフトウェアの1.xバージョンは、BSD 3条項ライセンスの下で、2013年半ばにGitHubプロジェクトに追加されました。^[17] これは、Globus Toolkitのバージョン4.03、ワークフローとBusiness Process Execution Languageを管理するTavernaワークベンチシステムを使用しました。^{[17] [18] [19]} Introduceと呼ばれるソフトウェアは、2006年頃に開発されました。^[20]貢献者には、オハイオ州立大学臨床およびトランスレーショナルサイエンスセンター、デューク大学、シカゴ大学アルゴンヌ国立研究所、民間企業のBooze Allen Hamilton、Ekagra Software Technologies、Semantic Bits が含まれていました。 ^[16]

2008年までに、このプログラムが大手製薬会社に利益をもたらしているかどうか疑問視する声も上がった。^[21] 2011年までに、このプロジェクトには推定3億5000万ドルが費やされた。^[22]目標は称賛に値すると考えられていたが、ソフトウェアの多くは、市販の製品と競合するために多額の費用をかけて開発されたため、不均等に採用された。2011年3月、NCIワーキンググループの評価では、caBIGは「これらの目標をはるかに超えて、特に臨床試験管理システム（CTMS）の分野で、NCIブランドのツールの過度に複雑で野心的なソフトウェア企業を実装した。これらは、がんコミュニティでの牽引力を限定し、既存の商用ベンダーと競合し、NCIにとって財政的に維持できない長期的なメンテナンスとサポートのコミットメントを生み出した」と結論付けた。^[2] 2012年、NCIはcaBIGの後継として、新しいプログラムである国立がん情報プログラム（NCIP）を発表した。^{[23] [24] [25]}

caGridコンピュータ ネットワークとソフトウェアは、米国国立衛生研究所の国立がん研究所 のがんバイオメディカル インフォマティクス グリッド (caBIG) イニシアチブをサポートしました。

caBIG は、データ、研究ツール、科学者、組織を結び付ける自発的な仮想情報インフラストラクチャでした。

2013 年、National Cancer Informatics Program (NCIP) は caGrid を BSD 3 条項ライセンスの下で再リリースし、ソース リポジトリを github に移行しました。

caGrid は、Globus Alliance が作成した Globus Toolkit のバージョン 4.03 を使用しました。

caGridプロジェクトとその資金の大部分はブーズ・アレン・ハミルトンによって管理された。

caGrid ポータルはLiferay上に構築された Web ベースのアプリケーションで、ユーザーはこれを使用して caGrid インフラストラクチャで利用可能なサービスを発見し、操作することができます。ポータルは caGrid ミドルウェアの主要な視覚化ツールとして機能します。また、caBIG の情報ソースとしても機能します。caGrid ポータルを通じて、ユーザーは caBIG 参加者、caGrid 連絡先 (POC)、および caGrid 関連のニュースやイベントに関する情報にアクセスできました。

caGrid ワークフローでは以下を使用します。

• アクティブBPEL
• タベルナ

• NCI CBIIT プログラム
• ブーズ・アレン・ハミルトン
• オハイオ州立大学
• シカゴ大学、アルゴンヌ国立研究所
• デューク大学
• セマンティックビッツLLC
• エカグラソフトウェアテクノロジーズ

2011年3月、NCIはcaGridソフトウェア開発に資金を提供したNCI CBIITプログラムであるCaBIGの広範なレビューを発表しました（[1]、[2]を参照）。このレビューにはプログラムに関する多くの問題点が含まれており、ほとんどのソフトウェア開発プロジェクトを中止すべきであると勧告しています。

• Abernethy AP、Coeytauz R、Rowe K、Wheeler JL、Lyerly HK。学習型ヘルスケアシステムの基礎としての患者報告データの電子キャプチャ。JCO。2009;27:6522。
• Buetow KH. caBIG: 個別化癌治療の概念実証。JCO. 2009:27 Suppl 15S:e20712。
• Holford ME、Rajeevan H、Zhao H、 Kidd KK 、 Cheung KH (2009)。「癌経路と対立遺伝子頻度データのセマンティックウェブベースの統合」。Cancer Informatics。8 : 19–30。doi :  10.4137 / CIN.S1006。PMC 2664696。PMID 19458791。 
• Huang T、Shenoy PJ、Sinha R、Graiser M、Bumpers KW、Flowers CR (2009)。「リンパ腫エンタープライズ アーキテクチャ データベースの開発: caBIG(tm) シルバー レベル準拠システム」。Cancer  Informatics。8 : 45–64。doi : 10.4137 / CIN.S940。PMC 2675136。PMID 19492074。 
• Kunz I、Lin MC 、 Frey L (2009)。「caBIG でのメタデータ マッピングと再利用」。BMC Bioinformatics . 10 (Suppl 2): S4。doi : 10.1186 /  1471-2105-10 -S2- S4。PMC 2646244。PMID  19208192。
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• Phan JH、Moffitt RA、Stokes TH、他 (2009 年 6 月)。「個別化癌治療のためのバイオマーカー、バイオインフォマティクス、ナノテクノロジーの融合」。Trends in Biotechnology 27 (6): 350–8 . doi :10.1016/j.tibtech.2009.02.010. PMC  3779321 . PMID  19409634。
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• Peter A. Covitz、Frank Hartel、Carl Schaefer、Sherri De Coronado、Gilberto Fragoso、Himanso Sahni、Scott Gustafson、Kenneth H. Buetow (2003 年 4 月 23 日)。「caCORE: がん情報科学の共通インフラストラクチャ」。バイオインフォマティクス。19 ( 18): 2404– 2412。doi :10.1093/bioinformatics/btg335。PMID 14668224  。
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• 「GridBriefing: ヘルスケアの未来 - eHealth とグリッド コンピューティング」、GridTalk (9/09)
• 「caBIG が 5 周年を祝う中、コラボレーションと持続可能性が最重要課題」GenomeWeb/BioInform (7/09)
• 「データの富を共有する」サイエンティフィック・アメリカン（5/09）
• 「トランスレーショナル リサーチが caBIG ツール上に構築された「仮想」バイオバンクの需要を促進」、GenomeWeb/BioInfom (2009 年 4 月 3 日)
• 「caGrid」。2012年2月5日にオリジナルからアーカイブ。2016年11月22日に閲覧。
• 「caGrid 1.0: 生物医学研究のためのエンタープライズ グリッド インフラストラクチャ」。
• 「フェデレーテッド グリッド トラスト ファブリックのプロビジョニングと管理の有効化」。
• 「紹介: 厳密に型指定されたグリッド サービスの迅速な開発のためのオープン ソース ツールキット」。
• 「caGrid: がんバイオメディカル情報グリッドのコアアーキテクチャの設計と実装」。
• Tan, Wei; Foster, Ian; Madduri, Ravi (2008)。「Taverna と caGrid のパワーを組み合わせる: Web スケールのコラボレーションを可能にする科学的ワークフロー」IEEEインターネットコンピューティング。12 (6): 61– 68。doi :10.1109/MIC.2008.120。S2CID 2690862  。

• caBIG 消費者/ユーザー Web サイト (非技術的)
• caBIG コミュニティ ウェブサイト (技術)
• caGrid ウィキ
• caGrid gforge プロジェクト
• caGridポータル

• Globus IncubatorプロジェクトであるToolkitの紹介
• データサービス
• メタデータ
• 安全
  • 資格情報委任サービス (CDS)
  • ドリアン
  • ガード
  • グリッドグルーパー
  • グリッドトラストサービス (GTS)
  • WebSSO - JASIG CAS に基づく Web シングル サインオン コンポーネント