絶対的スーパーマン

カル＝エルは、父ジョー＝エルと母ララ・ロー＝ヴァンと共にクリプトン星で育ち、レッドランズの農場でクリプトンの強制的なカースト制度における最下層階級である労働ギルドの一員として育てられた。ギルドのシンボルは、メンバーが常に着用しなければならない様式化された「S」で、DCユニバースのメインラインのエル一家が身につけている。カルの両親は科学者で、かつてはクリプトンの支配階級であるサイエンスリーグのメンバーだったが、その権威に疑問を呈したためにリーグから追放された。鉱山で働いていたジョー＝エルは、サイエンスリーグの環境に対する無謀な行為によりクリプトンが滅亡の危機に瀕していることを発見する。惑星が最終的に爆発する前に脱出することを計画したジョー＝エルとララは、できるだけ多くの隣人を連れて行くために、知能宇宙服と宇宙船を開発した。クリプトンの環境悪化が深刻化する中、ジョー＝エルは迫りくる破滅を認めるよう科学連盟に訴えようとするが、科学的異端の罪で投獄される。ララは彼を牢獄から脱獄させるが、その直後、彼らの家は法曹ギルドの攻撃を受ける。また、科学ギルドは自分たちだけを救い、残りの階級を置き去りにするために宇宙船を開発していたことも明らかになる。彼らはジョー＝エルの警告を無視して、ひっそりと自分たちだけを救おうとしていたのだ。エル一家は惑星が崩壊する中、隣人たちを連れて宇宙船で脱出するが、宇宙船は瓦礫に衝突して破壊される。ララの適応スーツは周囲に小型宇宙船を構築するが、カル＝エルが無事に宇宙空間にたどり着いた時には、グループの中で生き残ったのは彼だけだった。

クリプトン星が爆発してから17か月後、カルは地球に到着し、カンザス州スモールビルに着陸する。そこで彼はジョナサンとマーサ・ケント夫妻に引き取られる。ケント夫妻は高齢の夫婦で、悪名高いラザラス社が雨を防ぐ技術を使ってケント夫妻に土地を売却させようとしたため、農場経営に苦労していた。カルは昏睡状態から目覚め、夫妻の農場を手伝う。その後、彼のスーツに搭載された人工知能ソルが再び起動し、英語を理解し話せるようになる。そして彼はケント夫妻の農場の上空を旋回していた雨を防ぐドローンを破壊する。通りすがりの人がカルを見かけ、不法移民としてラザラス社に通報する。ラザラス社は「ピースメーカーズ」と呼ばれる部隊を派遣してカルを逮捕しようとするが、カルは飛行機で逃げ出す。

6年後、カルはブラジルのダイヤモンド鉱山で、労働者のノルマ達成を助けるために超スピードを使ったことで、再び平和維持軍に襲われる。カルが身を守るために太陽フレアを起こして力尽きたとき、エージェントのロイス・レーンは彼を捕らえるために手錠で彼に繋がれるが、カルは平和維持軍に撃たれないように彼女を繋いだまま飛び去る。ラザラス軍が彼らに発砲し続けると、ロイスはカルが周囲の人々を安全な場所に避難させるのを手伝う。ソルが手錠を外し終えると、カルは飛び去り、ロイスはこの出来事に魅了される。ロイスはダラヴィ、オラパ、ラゲス、ミンスク、フアレス、ライチャウ、ケープワインランド、パインリッジ、カイロのラザラス労働キャンプでカルを目撃した人々にインタビューし、彼らは皆彼をスーパーマンと呼ぶ。ロイスはカルを追ってオランギ・タウンにたどり着くが、そこで反企業テロ組織オメガ・メンのメンバーであるジミー・オルセンに追われる。二人は戦いを繰り広げるが、ジミーは組織のリーダーであるオメガ・プリムスの助けを受け、ロイスはカルに救われる。カルはロイスに自分を探すのをやめるように言い残し、飛び去っていく。平和維持活動家の一人であるクリストファー・スミスは、カルが逃走した後、自分を嘲笑する市民の群衆に激怒し、数人を殺害する。

カルはオランギでのスミスの行動を知り、ラザラスの軍事基地に強行侵入するが、スミスを見つけることはできなかった。ソルはカルに、ブレイニアックという人物が彼のスーツのシステムに侵入して通信を試みていること、そしてブレイニアックはカルと話す代わりにスミスの居場所を教えると申し出ていることを告げる。カルは代わりにカンザスへ飛び、スミスを見つけたら殺してしまうかもしれないという不安から、もうスミスを探したくないとソルに告げる。

一方、ネバダ州にあるラザラス研究開発センターでは、ブレイニアックがラザラスの所長と計画について話し合っていた。所長の正体はラーズ・アル・グールであることが明らかになり、ラザラス・ピットから現れたラーズ・アル・グールは、スーパーマンは自分の前にひざまずくだろうと宣言する。

オメガマンのエージェント3人がネバダの施設に侵入するが、最初の2人は凄惨な方法で殺され、1人はブレイニアックに重傷を負わされて捕らえられる。ブレイニアックはグロテスクなエイリアンのサイボーグであることが明らかになる。ブレイニアックはまだ生きているオメガマンを解剖し、バラバラにしながら、スーパーマンが何者なのか未だに理解できないことに怒りを露わにし、瓶詰めの都市に閉じ込められた縮小された囚人たちにその怒りをぶつける。彼はオメガマンに自分の過去を語る。かつて彼はブレイニアック419,732であり、ブレイニアック・コレクティブによって作られたレベルゼロ・エフェクターで、生涯を通じて死んだブレイニアックの死体を船の清算器に投げ込むことだけを目的としていた。何年もの孤独と、まだ生きている凶暴なブレイニアックを殺すことを強いられたことで、419,732は徐々に狂気に陥っていった。ある時点で死体が届かなくなり、ある日ブレイニアックが部屋を出ると、他のブレイニアックが全員死んでいたことに気づいた。彼は自分こそが唯一無二のブレイニアックだと宣言し、宇宙を旅して都市を瓶詰めし、地球にたどり着いた。現代では、ブレイニアックはしぶしぶブレイニアック・コレクティブに連絡を取り、スーパーマンに関する情報を求めた。コレクティブのほとんどは、彼が提出したデータに記述されている存在という考えを否定したが、あるブレイニアックはクリプトンのサンストーンだと特定した。彼女は、その残骸から採取した放射性物質の化学組成をブレイニアックに送り、その後、別のブレイニアックが彼が誰なのかを尋ねたため、ブレイニアックは通信を終了した。ブレイニアックはオメガマンのエージェントを殺害し、放射性物質のサンプルを合成し始めた。その後、彼は意識のあるスミスが強制的にサイボーグに改造されている別の研究所を訪れた。スミスが自分を殺してくれと懇願する中、ブレイニアックは、スミスは罰を受けているのではなく、間もなく世界で最も危険な戦場となるカンザスへの派遣に向けて準備されているのだと断言する。

メトロポリスでは、ラーズ・アル・グールが「株主同盟」との決算説明会を、3人のオメガメンの暗殺者と戦いながら行っている。ラーズは暗殺者を殺害し、そのうちの1人をラザラス・ピットで赤ん坊に変えてから高層ビルから投げ落とす。そして株主たちに自身の過去と、ラザラスの「復活の日」が間近に迫っていることを告げる。スモールビルでは、カルが老人ホームにいるマーサ・ケントを訪ねるが、彼女はアルツハイマー病のためカルを認識できない。カルがスモールビルのメインストリートを歩いていると、ロイスとジミーに出会い、話しかけられる。カルは彼らと関わりたくないが、2人が喧嘩を始めたので介入する。突然、カルは胸を撃たれて倒れる。ロイスとジミーはスーパーマンを守るために休戦し、彼をドラッグストアに引きずり込む。平和維持軍が町に押し寄せ、サイバネティックに強化されたスミスが率いている。ソルは弾丸を取り除こうと奮闘するが、それがクリプトン星と同じ物質でできていることが判明する。スミスは店に押し入り、弱体化したスーパーマンと戦う。スーパーマンはアーマーの戦闘モードを使って緊急時の太陽光発電エネルギーを蓄えるが、スミスが放射性弾丸を撃ち込むと敗北する。ジミーはブームチューブを呼び出し、プライマス率いるオメガメンがピースメーカーズを撃退し、スーパーマンをチューブに引きずり込むが、ロイスは置き去りにされる。

オメガメンとカルは彼の体から弾丸を取り除こうとしますが、カルの肉と骨がほとんど無敵であるため、非常に困難です。最後の弾丸が1つになったとき、プリムスは抗議にもかかわらず、「箱」の使用を命じ、弾丸をカルの体からテレポートさせます。一方、ロイスは拘留房でラーズの訪問を受けます。彼女はラーズが自分を殺したり解雇したりするために来たのではないと正しく推測しますが、彼は彼女に新しい任務を与え、彼女は父親の義足を外されるという脅迫の下でそれを実行せざるを得なくなります。ロイスがラーズにスーパーマンがすべてを変え、ラーズ自身も小さくなったと言うと、ラーズはスーパーマンを連れてくるという命令を拒否すれば彼女の父親を殺すだけだと訂正します。数週間後、スーパーマンはオメガメンに加わり、ピースメーカーの施設を攻撃して武装解除しますが、プリムスの奨励にもかかわらず致命的な力を使うことを拒否します。本部に戻ったカルはジミーに箱の話をし、それが「ファーザーボックス」と呼ばれ、巨大な火の穴とスラム街のある世界、つまり地球の未来のビジョンを見せたことを明かす。ジミーは、ラザラスを止めなければそれが現実になる未来だと言い、恐ろしい世界を変えたいという願望を明かす。その後、オメガメンはピースメーカーに捕らえられているカラチの抗議者を救出する別の任務に呼ばれる。到着すると、抗議者たちはすでに絞首刑に処されており、カルは激怒する。彼は危うくプライマスにピースメーカーを処刑させそうになるが、間一髪で弾丸を受け止める。プライマスは本部でこの件についてカルに詰め寄り、スミスやラーズを含むすべてのピースメーカーを殺すよう要求するが、カルは去ると言い、追ってこないように警告する。彼が去る前に、オメガメンのエージェントがプライマスに、ジミーが置き去りにされ、ラザラスに捕らえられ、現在ロイス・レーンに尋問されていると伝える。

カルはジミーが拘束されているラザラス研究所を攻撃する。彼は施設の防衛部隊と兵士たちを容易に打ち負かすが、殺すことはなく、傍観していたラーズとブレイニアックを苛立たせる。プライマスとオメガが到着し、ピースメーカーと戦い始める。スミスはカルに立ち向かうが、クリプトン人によってすぐに倒される。カルはスミスを殺すことを真剣に考えるが、残酷なことを決して見失ってはならないという父親から教えられた教訓を思い出す。プライマスは自らスミスを殺そうとするが、カルが彼女を止める。ラーズがロイスとジミーを連れて現場に到着する。ラーズはスミスの弱点であるクリプトナイトの弾丸を使って彼を殺そうとするが、スーパーマンが弾丸を受け止め、手を負傷する。ラーズはスーパーマンを「息子」と呼び、彼の力を使って惑星を救うと告げる。突然、プライマスがクリプトナイトの刃でカルの背中を刺し、止めようとしたロイスを気絶させる。ピースメーカーが残りのオメガメンを虐殺する中、ラーズはスーパーマンに、まだ自分の子供になる準備ができていないと告げるが、彼と「彼の妹」であるプライマス（正体はタリア・アル・グール）が彼を教えるだろうと言う。

カルはブレイニアックによって何百もの仮想シミュレーションに閉じ込められ、殺人を強要するために最も恐ろしい瞬間を何度も追体験させられる。彼は一度シミュレーションから脱出したように見え、ブレイニアックのクローンたちに主人からの自由を説得しようとするが、それさえもまた別のシミュレーションに過ぎない。タリアはジミーとロイスの独房を訪れる。ジミーはなぜプライマスがオメガメンを裏切るのかと尋ねるが、ロイスはラザラスとオメガメンは常に同じコインの裏表だったと答える。タリアは、スーパーマンを精神的に崩壊させ、地球の人口の大部分を殺させることで新たな世界秩序を再構築するという計画を明かし、最初の試練はジミーとロイスだと告げる。数週間が経ち、スーパーマンは依然としてブレイニアックの仮想の自分を殺すことを拒否しており、ブレイニアックは苛立ちを募らせる。スーパーマンが潜在意識に囁きかけることに触発されたブレイニアックのクローンたちも彼に反逆し始め、主人によって残酷に殺される。一方、サム・レーンは基地に到着し、ピースメーカーズを撃退してロイスとジミーの独房へ行き、二人を解放する。彼らはカルを救出するためにブレイニアックの研究所に侵入するが、サムはタリアに殺されてしまう。カルはケント夫妻から誘拐されるというシミュレーションを受けさせられ、今回はピースメーカーズ、ラーズ、タリア、オメガメンを殺害する。仮想のケント夫妻はカルに彼を誇りに思うと告げ、抱き合う。カルはシミュレーションから目覚め、ブレイニアックを殺しかけるが、解放されたソルに止められる。

ソルはカルを操り、カル、ロイス、ジミーをスモールビルまで連れて行く。そこでソルはカルの怒りを鎮める手助けをし、彼の周りに小さなサンストーンの要塞を作り出すことで、カルがストレスを解消できるようにする。回想シーンでは、カルがケント家を出た時、若いカルが孤立を望んでいたにもかかわらず、人間との交流を求めるよう促したのはソルであり、ピースメーカーの暴政に直面した時に彼の怒りを鎮める手助けをしたのはソルだったことが明らかになる。一方、町で食べ物を探しているロイスとジミーは、ダイナーのウェイトレス、ラナ・レーンに出会う。ラナはスミスの襲撃で二人のことを覚えていた。彼女はスーパーマンが何年も秘密裏に町を守ってきたこと、そしてスーパーマンの友人はスモールビルの友人であることを二人に伝える。目を覚ましたカルは、ソルの助けと友情に感謝し、彼を兄弟と呼ぶ。カルはジミーとロイスに正式に自己紹介し、二人はラザラスが迎えに来る前にここを離れる必要があると告げる。カルは、ラーズが既にそこにいて、戦車とピースメーカー部隊を率いてスモールビルに接近していることに気づく。

スモールビルの住民は侵略してきたピースメーカー軍に立ち向かう。カルは太陽石の備蓄をすべて使って、ラザラスの重砲から町を守るための障壁を作る。6週間、カルは地下にトンネルを掘り、ファーザー・ボックスで強化されたピースメカと戦いながら、市民を守るために休むことなく奮闘する。その間、ラザラスは雲で太陽を覆い隠し、エネルギーを消耗していく。ロイスとジミーはスモールビルでのスーパーマンとラザラスの行動についての真実を放送しようとするが、何も伝わらない。ブレイニアックは太陽にハッキングし、太陽石のバリケードを破壊してスモールビルをピースメーカーに晒す。ラーズは弱ったスーパーマンに巨大なクリプトナイトのブロードソードを持って近づき、スーパーマンが自分にひれ伏し、息子になってくれと懇願すると宣言する。ラーズが何度も刺すと、カルはクリプトン星にいる両親の幻影を見る。ラーズはスーパーマンを拷問し、彼を自分の怒りに従わせようとする。彼はブレイニアックにソルを使ってカルの友人を殺すよう命じるが、ソルはそれに逆らい、カルに別れを告げながら自分のシステムを削除する。ラーズはさらにスーパーマンに服従するか死ぬかの二択を迫るが、スーパーマンはクリプトンのカル＝エルは既に死んでいると答え、ヒートビジョンでラーズを攻撃する。ピースメーカーのジョーがピースメックを使ってスーパーマンを捕まえるが、ラーズを怒らせ、スーパーマンが止めに入る前に彼を殺しかける。スーパーマンの利他主義に愕然としたラーズは、兵士たちにスモールビルの人々を殺すよう命じる。スーパーマンは、ラーズが望むことは何でもすると言い、労働組合のシンボルを引きちぎって彼を止めます。ラーズはスーパーマンにひざまずくように言うが、スーパーマンはラーズがどうせスモールビルを殺すだろうと正しく推測する。シンボルの粉塵を使って、スーパーマンは自分専用のサンストーンの剣を作り、ラーズと戦う。ラーズがピースメーカーにスモールビルを皆殺しにするよう命じると、ピースメーカーのジョーが彼らを止め、これは彼らが望んでいたことではないと気づかせる。カルの幻覚の中で、両親が彼を抱きしめ、彼はすでに地球に帰ってきたのだと告げる。スーパーマンはラーズの剣を砕き、彼を倒す。彼を寝返らせようと最後の手段として、ラーズはスーパーマンに自分を殺させて当然の報いを受けさせようとする。しかし、スーパーマンは彼をパキスタンに連れて行き、彼の罪で裁判を受けさせる。

数週間後、スモールビルは包囲攻撃からの復興に取りかかっていた。ロイスとジミーの放送は成功し、ラザラスの犯罪を暴露して会社を破滅させ、ラーズは投獄され、タリアは行方不明となった。傷を癒し、サンストーン・スーツを修復した後、カルは老人ホームにいるマーサを訪ねるが、介護士から前夜、彼女が安らかに眠っている間に亡くなったと告げられる。カルは打ちひしがれるが、介護士はマーサが息子のことを常に話していたと言い、マーサが彼のために作った贈り物を渡す。カルはマーサが作った赤と青のコスチュームと、「マーサとジョナサンより - 私たちの天使、私たちの失われた息子、クラーク・ケントへ」と書かれたメモを手に涙を流す。

しばらくして、カルはケント農場とクラーク・ケントという名前を引き継いだ。マーサの贈り物に合わせてアーマーを灰色から青に変えた彼は、災害を阻止し、人々を救い、ウィンスロー・ショットのような腐敗したビジネスリーダーを脅し、さらには老いたラーズに詩を読んで改心させようと、世界中で精力的に活動している。ストレスに圧倒されたスーパーマンは成層圏まで飛んで叫び声を上げるが、翼のある男に邪魔され、カーター・ホールと名乗る。ホールはスーパーマンに、超能力を持つ他の人々のこと、そして彼らの多くが物事を変えようとしたために悲惨な運命を辿ったことを話す。ホールはスーパーマンに、彼らのようにならないようにラザラスと協力するように勧めるが、スーパーマンはそれを拒否する。スーパーマンはトラブルを聞きつけ、ホールをメトロポリスに連れて行く。そこでホールはスーパーマンに教訓を与えようと攻撃するが、スーパーマンは彼を吹き飛ばす。戦闘を再開する前に、彼らはメトロポリスの住民の多くを吸収した巨大な紫色の怪物、プロジェクト・パラサイトに遭遇する。ロイスをその魔の手から解放した後、スーパーマンは希望の手を差し伸べることで残りの人々を解放できることを知る。ホールの反対にもかかわらず、彼は全員を解放し、パラサイトを治療するために自分の農場に連れ帰ることに成功する。彼が知らなかったのは、タリアがパラサイトを陽動として利用し、ラーズを刑務所から解放したということだった。

一方、ブレイニアックはタリアとラザラスとの関係を断ち、ミズーリ州にあるルーサー家を訪れる。そこで彼は、ガソリンスタンドを経営する質素な父親であり夫でもあるレックス・ルーサーと出会い、スーパーマンに関するプロジェクトを持ちかける。ブレイニアックの予想に反し、レックスは質素な生活に満足していると言って断る。レックスが別の宇宙では飽くなき野心を持つ男であることを知っていたブレイニアックは、人間の姿を現し、チェーンソーでレックスの家族や友人を殺害する。そして、レックスにその光景を見せつけ、「やる気を起こさせる」ために立ち去る。

3000年以上前、エジプトのファラオに奴隷として仕えていた頃、孤児の少年テス・アダムは、見知らぬ男から救世主が現れて圧制者を倒し、英雄の時代をもたらすという予言を聞く。テス・アダムはその救世主になろうと決意し、伝説の魔法使いを探して砂漠へと旅立つ。その「魔法使い」は、実はブレインアック・コレクティブのメンバー2人で、彼らは発見した「ファーザーボックス」を使ってテス・アダムに実験を行うのだった。

現代、ロイスは廃墟となったラザラス施設でアル・グール一族を発見する。タリアはラスを最後に稼働しているラザラス・ピットに連れて行き、彼を蘇生させようとするが、スーパーマンの優しさによって自分の過ちに気づいたラスは、それを破壊しようとする。ロイスは介入し、タリアを殺そうとするが、スーパーマンが現れて争いを止める。タリアはファーザー・ボックスを使ってラスを無力化するが、その直後、ハンマーを持った覆面男が現れ、ラスを殺そうとする。一方、ファーザー・ボックスは偶然にもテス・アダムを目覚めさせ、テス・アダムはスーパーマンに似たスーツを着て、キング・シャザムと名乗る。