WHAT IF ソフトウェア

WHAT IFは、さまざまな計算 （in silico ）高分子構造研究分野で使用されているコンピュータプログラムです。このソフトウェアは、小さな分子、大きな分子、タンパク質、核酸、およびそれらの相互作用を表示、操作、分析するための柔軟な環境を提供します。^{[1] [2]}

WHAT IFソフトウェアの最初のバージョンは、1987年にオランダのフローニンゲン大学でGert Vriendによって開発されました。 ^[2] 開発のほとんどは、1989年から2000年にかけてドイツのハイデルベルクにある欧州分子生物学研究所（EMBL）で行われました。他の貢献者には、Chris Sander、Wolfgang Kabschなどがいます。^[3] 2000年に、ソフトウェアのメンテナンスはオランダのナイメーヘンにあるオランダ分子生体分子情報学センター（CMBI）に移されました。^[1]社内使用またはウェブベースのリソースとして利用できます。^[4] 2022年2月現在、WHAT IFを説明する元の論文は4,000回以上引用されています。 ^{[アップデート]}

WHAT IFは、小分子、タンパク質、核酸、およびそれらの相互作用を表示、操作、分析するための柔軟な環境を提供します。注目すべき用途の1つは、タンパク質データバンク（PDB）ファイル内の数百万のエラー（多くの場合小さいが、時には壊滅的）を検出することでした。^[5] WHAT IFは、タンパク質の三次構造と四次構造の相同性モデリング、特にPDBに登録されているタンパク質構造の検証、タンパク質構造の修正、高分子とその相互作用パートナー（脂質、薬物、イオン、水など）の視覚化、高分子のインタラクティブな操作のための環境も提供します。

WHAT IFは、YASARAやJmolを含む他のいくつかのバイオインフォマティクスソフトウェアパッケージと互換性があります。^[1]

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