ナミビア担当国連委員

1989年4月1日、和平計画の「Dデー」の時点で、UNTAG部隊はまだ完全に展開されておらず、展開していた部隊（主に民間人と監視員）は輸送と通信の両方の装備が不足していた。それにもかかわらず、非公式の停戦が7か月近く続いていたため、期待は高かった。しかし、早朝、SADFは、ナミビア人民解放軍（PLAN）のSWAPO戦闘員の重武装集団が国境を越え、ナミビア北部に拠点を築き始めたと報告した。これが事実であれば、彼らはアンゴラの基地に留まるべきであるという合意に明らかに違反することになる。SWAPOは合意の条項に違反したことを否定し、戦闘員がUNTAGに武器を引き渡すために向かっていたところ、SADFに攻撃されたと主張した。

UNTAGの責任者であるマルッティ・アハティサーリは、当時南部アフリカを訪問していたイギリスのマーガレット・サッチャー首相と南アフリカのピク・ボタ外相から、SADF部隊が基地を離れてSWAPOの侵攻を撃退することを許可するよう圧力を受けた。アハティサーリはすぐに限定的な展開を許可することを決定し、後にこの決定を最も困難なものだったと述べている。彼はニューヨーク・タイムズ紙に次のように語った。

「我々は、部隊を解放するのではなく、彼らを抑え込むという任務を遂行していた。そうでなければ、南アフリカ軍全体がナミビアのゲリラを追撃し、アンゴラにまで侵攻していたかもしれない。南アフリカの報復を6個大隊と警察部隊に限定することで、移行プロセスは最終的に救われた。」^{[ 7 ]}

その後、激しい戦闘が続き、SWAPO軍は350人以上の死者を出した。^{[ 8 ]}

急ぎの交渉が行われ、1989年4月20日に新たな合意が成立した。SADF部隊は60時間基地に撤退し、SWAPOの武装勢力は平和的に撤退した。SADFにはその後2週間が与えられ、SWAPOがナミビアから撤退したことを確認し、発見された武器庫を回収することが求められた。この合意は双方によって守られたが、アハティサーリと国連事務総長はSADFが基地を離れている期間の長さに不安を感じ、彼らを兵舎に戻すよう強く求めた。こうした懸念にもかかわらず、撤退と検証は無事に完了し、最終的にはUNTAGは予定より1か月遅れたものの、ほぼ完全に展開された。

1989年10月、国連安全保障理事会の命令により、プレトリアはKoevoet（アフリカーンス語でバールを意味する）の約1,600人の隊員を解散せざるを得なくなった。Koevoet問題は、UNTAGが直面した最も困難な問題の一つであった。この対反乱部隊は、国連安保理決議435号の採択後に南アフリカによって編成されたため、和平提案や関連文書には記載されていなかった。国連はKoevoetを解散すべき準軍事組織とみなしていたが、同部隊は装甲車や重武装車列で北部に展開し続けた。1989年6月、特別代表は事務総長に対し、この行動は警察の軽武装を義務付けた和平提案と全く矛盾していると伝えた。さらに、Koevoet隊員の大多数は、南西アフリカ警察（SWAPOL ）での継続的な雇用には全く不向きであった。そのため、安全保障理事会は8月29日の決議640（1989）で、Koevoetの解散と指揮系統の解体を要求した。南アフリカの外務大臣ピク・ボタは1989年9月28日、Koevoetの元メンバー1,200人が翌日から動員解除されると発表した。さらに400人が10月30日に動員解除された。これらの動員解除はUNTAGの軍事監視員によって監督された。^{[ 9 ]}

11カ月の移行期間は比較的順調に終了した。政治犯には恩赦が与えられ、差別的な法律は廃止され、南アフリカはナミビアから全軍を撤退させ、約4万2000人の難民が国連難民高等弁務官事務所（UNHCR）の支援の下、安全かつ自発的に帰還した。登録有権者のほぼ98％が制憲議会議員の選挙に投票した。1989年の選挙は国連特別代表によって自由かつ公正であると認定され、SWAPOは57％の票を獲得したが、基本憲法の改正を自由に行うために必要な3分の2にはわずかに届かなかった。野党の民主ターンハレ同盟は29％の票を獲得した。制憲議会は1989年11月21日に最初の会合を開き、ナミビアの新憲法に1982年の憲法原則を採用することを全会一致で決議した。

（ 1991年7月26日付のガーディアン紙によると、ピク・ボタは記者会見で、南アフリカ政府が1989年の選挙に向けて、ナミビアの少なくとも7つの政党に2000万ポンド以上を支払い、SWAPOに反対するよう働きかけたと述べた。彼は、当時南アフリカがSWAPOと戦争状態にあったことを理由に、この支出を正当化した。）

1990年3月21日の独立記念日は、ウィントフックのスポーツスタジアムで祝われ、国連事務総長のハビエル・ペレス・デ・クエヤルと南アフリカ大統領のFW・デ・クラークをはじめとする多くの国際代表が出席し、両者は共同でナミビアに正式な独立を授与した。サム・ヌジョマは、ネルソン・マンデラ（刑務所から釈放されたばかり）と20の国家元首を含む147か国の代表が見守る中、ナミビア初代大統領として宣誓を行った。^{[ 10 ]}

1994年3月1日、沿岸部の飛び地であるウォルビスベイと沖合の12の島々が南アフリカからナミビアに譲渡された。これは、両国政府間の3年間にわたる二国間交渉と、780平方キロメートル（300平方マイル）の領土を統治するための暫定的な共同行政機構（JAA）が1992年11月に設立されたことを^受け てのことだった。この領土紛争の平和的解決は、ウォルビスベイをナミビアの不可分の一部と宣言した国連安保理決議432 （1978）の規定を満たすものとして、国際社会から称賛された。