ツリーファム

ツリーファム
コンテンツ
説明	動物遺伝子ファミリーの系統樹のキュレーションされたデータベース。
接触
研究センター	ウェルカムトラストサンガー研究所
著者	ファビアン・シュライバー
主な引用	ルアン・J 他 (2006)
アクセス
Webサイト	http://www.treefam.org

TreeFam （ツリーファミリーデータベース）は、動物遺伝子の系統樹のデータベースです。さまざまな遺伝子ファミリーのオルソログとパラログの割り当て、進化の歴史に関する信頼できる情報を提供するキュレーションされたリソースの開発を目指しています。^[1]^[2]

TreeFam は、遺伝子ファミリーを、単一の後生動物の種分化後に進化した遺伝子のグループと定義しています。また、酵母( S.cerevisiaeおよびS. pombe ) や植物( A. thaliana )などの外群遺伝子も含め、これらの遠いメンバーを明らかにしようとしています。

TreeFam もオーソログデータベースです。他のペアワイズアラインメントベースのデータベースとは異なり、TreeFam は遺伝子ツリーを使用してオーソログを推測します。遺伝子ツリーをユニバーサル種ツリーに当てはめ、過去の重複、種分化、消失イベントを検出します。TreeFam はこの情報を使用してツリー構築を評価し、手動キュレーションをガイドし、複雑なオーソログとパラログの関係を推測します。

TreeFam の基本要素は、TreeFam-A ファミリーと TreeFam-B ファミリーの 2 つの部分に分けられる遺伝子ファミリーです。TreeFam-B ファミリーは自動的に作成されます。複雑な系統発生のため、エラーが含まれる場合があります。TreeFam-A ファミリーは、TreeFam-B ファミリーから手動でキュレーションされます。ファミリー名とノード名は同時に割り当てられます。TreeFam の最終的な目標は、すべてのファミリーに対してキュレーションされたリソースを提供することです。

TreeFam はWellcome Trust Sanger Instituteのプロジェクトとして運営されており、そのソフトウェアはSourceForgeに「TreeSoft」として保存されています。

参照

参考文献

^ ab ルアン、J.;リー、Ｈ．チェン、Z。コグラン、A.コイン、LJM;郭、Y。エリシェ、J. -K.胡、Y。クリスチャンセン、Ｋ．リー、Ｒ．リュー、T.モーゼス、A.チン、Ｊ．ヴァン、S.ヴィレラ、AJ。ウレタ・ビダル、A.ボールンド、L.ワン、J.ダービン、R. (2007)。「TreeFam: 2008 アップデート」。核酸研究。36 (データベースの問題): D735 ～ D740。土井：10.1093/nar/gkm1005。PMC 2238856。PMID 18056084。
^ Li, H. ; Coghlan, A.; Ruan, J.; Coin, LJ; Hériché, JK; Osmotherly, L.; Li, R.; Liu, T.; Zhang, Z.; Bolund, L.; Wong, GK; Zheng, W.; Dehal, P.; Wang, J.; Durbin, R. (2006). 「TreeFam: 動物遺伝子ファミリーの系統樹のキュレーションデータベース」. Nucleic Acids Research . 34 (90001): D572–D580. doi :10.1093/nar/gkj118. PMC 1347480. PMID 16381935 .

外部リンク

TreeFamのウェブサイト
ツリーソフト

[pmid18056084-1] ルアン、J.;リー、Ｈ．チェン、Z。コグラン、A.コイン、LJM;郭、Y。エリシェ、J. -K.胡、Y。クリスチャンセン、Ｋ．リー、Ｒ．リュー、T.モーゼス、A.チン、Ｊ．ヴァン、S.ヴィレラ、AJ。ウレタ・ビダル、A.ボールンド、L.ワン、J.ダービン、R. (2007)。「TreeFam: 2008 アップデート」。核酸研究。36 (データベースの問題): D735 ～ D740。土井：10.1093/nar/gkm1005。PMC 2238856。PMID 18056084。

[pmid16381935-2] Li, H. ; Coghlan, A.; Ruan, J.; Coin, LJ; Hériché, JK; Osmotherly, L.; Li, R.; Liu, T.; Zhang, Z.; Bolund, L.; Wong, GK; Zheng, W.; Dehal, P.; Wang, J.; Durbin, R. (2006). 「TreeFam: 動物遺伝子ファミリーの系統樹のキュレーションデータベース」. Nucleic Acids Research . 34 (90001): D572–D580. doi :10.1093/nar/gkj118. PMC 1347480. PMID 16381935 .