分類データベース

分類データベースは、生物の分類群に関する情報（種名やその他の分類識別子で整理された生物のグループなど）を保存し、効率的なデータ管理と情報検索を行うために作成されたデータベースです。分類データベースは、印刷物とオンラインの両方で、植物相や動物相などの生物学的チェックリストを自動構築するために日常的に使用されています。また、Web ベースの種の情報システムの運用を支えたり、生物学的コレクション管理（博物館や植物標本室など）の一部として、場合によっては、より広範な科学または生物学情報システムの分類群管理コンポーネントを提供したりします。分類データベースは、生物多様性情報学の分野への基本的な貢献でもあります。

分類データベースは、科学的な生物多様性データをデジタル化し、研究のために分類データへのアクセスを提供します。^[1]分類データベースは、分類群のグループと地理的空間の範囲が広く、たとえば、特定の地域の甲虫、世界中の哺乳類、または生命の樹に記載されているすべての分類群などです。^[2]分類データベースには、生物の識別子（学名、著者、動物分類群の場合は最初の出版年）、同義語、分類上の意見、文献情報または引用、イラストまたは写真、および各分類群の生物学的属性（地理的分布、生態、説明情報、絶滅の危機に瀕しているかどうかなど）が組み込まれている場合があります。^{[2] [3] [4] [5]}地球規模生物多様性情報機構（GBIF）データベースやバーコードオブライフデータシステムなどの一部のデータベースでは、分類群のDNAバーコード（バーコードインデックス番号（BIN）とも呼ばれ、たとえば国際バーコードオブライフプロジェクト（iBOL）や真菌DNAバーコーディングのデータベースであるUNITEによって割り当てられる）が存在する場合にそれを保存しています。^{[6] [7]}

分類データベースは、システムの意図された範囲と使用の範囲内にある生物に関連する関心特性を正確にモデル化することを目的としています。^[8]たとえば、菌類、藻類、コケ類、維管束植物 (「高等植物」)のデータベースは、国際植物命名規約の規則をエンコードしますが、動物とほとんどの原生生物のデータベースは、国際動物命名規約の同等の規則をエンコードします。任意の分類群に関連する分類階層をモデル化することは、ほとんどすべてのデータベース システムで採用されているリレーショナルモデルに自然に適合します。^[要出典]すべての分類群で科学的コンセンサスが得られているわけではなく、新しい種が引き続き記述されているため、分類データベースのもう 1 つの目標は、科学的意見の対立を解決し、分類を統一することです。^[2]

おそらく、コンピュータ化された形態での分類情報の管理として最も古い文書化されたものは、リチャード・シュワルツらがバージニア海洋科学研究所のチェサピーク湾生物相のために開発し、1972年に発表された報告書に記載されている分類コードシステムである。 ^[9]この作業は、直接的または間接的に、NODC分類コードシステム^{[10]を含む、より注目度の高い他のプロジェクトにつながった。NODC分類コードシステム[10]}は、1996年に廃止されるまでに8つのバージョンを経て、現在も使用されている統合分類情報システム（ITIS）に統合・変換された。1970年代から現在までに登場した特定の生物群に特化した他の多くの分類データベースは、Species 2000プロジェクトに共同で貢献しており、2001年以来、ITISと提携して統合製品である生命カタログを作成している。 Catalogue of Lifeは現在、地球規模の種のチェックリストとして基本的な名前の情報を収集することに重点を置いていますが、Fauna Europaea、Australian Faunal Directoryなど、^他の多くの分類データベースプロジェクトも、説明、イラスト、地図などを含む豊富な補助情報を提供しています。多くの分類データベースプロジェクトは現在、TDWGの「世界の生物多様性情報プロジェクト」サイトに掲載されています。^[12]

分類情報を機械でエンコード可能な形式で表現すると、同じ種または他の分類名を引用する方法がさまざまであること、複数の分類群に同じ名前が使用されていること（同音異義語）、同じ分類群に複数の非現行名があること（同義語）、時間の経過に伴う名前や分類群の概念定義の変化など、他の領域では遭遇しない多くの問題が発生します。^{[8] [2] [1]}分類データベースの標準化されていないカテゴリとメタデータは、研究者がデータを分析する能力を妨げます。^[3] 1985年以来、これらの問題や関連する問題に対する議論と可能な解決策を促進してきたフォーラムの1つが、当初は分類データベース作業グループと呼ばれていた生物多様性情報標準（TDWG）です。

オンラインデータベースには大きな利点（例えば、分類情報へのアクセスの向上）がある一方で、オンライン版とオフライン版、継続的な更新によるデータ整合性リスク、サーバーやインターネットの停止による技術的なアクセス問題、分類データをリストに抽出するための複雑なクエリの容量の違いなどの問題もあります。^[2]オンライン分類データベースの情報量が急速に拡大するにつれて、データ集約、およびデータベース間での非標準化データの統合と調整は、分類学と生物多様性情報学における大きな課題となっています。^[1]

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