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| 原作者 | ジェイ・ポンダー、レン・ペンギュ、ジャン＝フィリップ・ピケマル |
|---|---|
| 開発者 | ジェイ・ポンダー研究室、セントルイス・ワシントン大学化学部、ペンギュ・レン研究室、テキサス大学オースティン校生体工学部、ジャン＝フィリップ・ピケマル、ソルボンヌ大学、 |
| 初回リリース | 1996年11月26日 |
| 安定リリース | 8.10.2 / 2022年4月1日 |
| 書かれた | Fortran 95、CUDA、OpenMP、MPI並列 |
| オペレーティング·システム | Windows、macOS、Linux、Unix |
| 利用可能 | 英語 |
| タイプ | 分子動力学 |
| ライセンス | プロプライエタリ フリーウェア[1] |
| Webサイト | ティンカーツール |
Tinker （以前はTINKERと呼ばれていました）は、分子動力学シミュレーション用のコンピュータソフトウェアアプリケーションスイートです。コードは、分子力学と分子動力学のための完全かつ一般的なツール セットを提供し、生体分子用の特別な機能も備えています。ソフトウェアの核となるのは、呼び出し可能なルーチンのモジュール セットです。これにより、座標を操作し、位置エネルギーと導関数を簡単な方法で評価できます。
Tinker は、Windows、macOS、Linux、Unixで動作します。ソース コードは、プロプライエタリ ライセンスの下で非商用ユーザーに無料で提供されます。コードは、一般的な拡張機能を備えたポータブルFORTRAN 77、Fortran 95、またはCUDA、および一部のCで記述されています。
中核的な開発者は以下のとおりです。(a)ミズーリ州セントルイスのワシントン大学化学科の Jay Ponder 研究室。研究室長の Ponder 氏は、化学および生化学と分子生物物理学の教授です。(b)テキサス州オースティンのテキサス大学オースティン校生体医工学科の Pengyu Ren 研究室。研究室長の Ren 氏は、生体医工学の教授です。(c)フランスのパリ、ソルボンヌ大学化学学科、理論化学研究所の Jean-Philip Piquemal の研究チーム。研究チーム長の Piquemal 氏は、理論化学の教授です。
特徴
Tinker パッケージは、いくつかの関連コードに基づいています: (a) 標準 Tinker バージョン 8、(b) 標準 Tinker を GPU システムに直接拡張した Tinker9 パッケージ、(c) ハイブリッド CPU およびGPU ベース システムでの超並列 MPI アプリケーション用の Tinker-HP パッケージ、(d) Java ベースのグラフィカル インターフェイスを介して Tinker の計算を視覚化するための Tinker-FFE、および (e) OpenMM ソフトウェアのインターフェイスを介してGPUで Tinker を使用するための Tinker-OpenMMパッケージ。すべての Tinker コードは、GitHub の TinkerTools 組織サイトから入手できます。追加情報は、TinkerTools コミュニティ Web サイトから入手できます。
次のような多くの機能を実行するためのプログラムが提供されています。
- 共役勾配法、可変距離法、または切断ニュートン法による直交座標、ねじれ角、または剛体上のエネルギー最小化
- 周期境界と温度と圧力の制御を伴う分子、確率、剛体ダイナミクス
- 固有振動解析
- 効率的なランダムペアワイズ距離測定を含む距離幾何学
- 配列からタンパク質と核酸の構造を構築する
- さまざまな冷却プロトコルによるシミュレーテッドアニーリング
- 一点位置エネルギーの分析と内訳
- 標準およびユーザー定義の電位の解析導関数の検証
- 2つの極小値間の遷移状態の位置
- 適合スキャン法による全エネルギー表面探索
- 自由エネルギー摂動法または加重ヒストグラム分析による自由エネルギー計算
- 分子間ポテンシャルパラメータの構造および熱力学データへのフィッティング
- ポテンシャル平滑化および探索（PSS）法を含むエネルギー表面平滑化によるグローバル最適化
受賞歴
- Tinker-HP は、2018 年の Atos-Joseph Fourier 賞の高性能コンピューティング部門を受賞しました。
参照
参考文献
- Lagardère, Louis; Jolly, Luc-Henri; Lipparini, Filippo; Aviat, Félix; Stamm, Benjamin; Jing, Zhifeng F.; Harger, Matthew; Torabifard, Hedieh; Cisneros, Andrés; Schnieders, Michael; Gresh, Nohad; Maday, Yvon; Ren, Pengyu; Ponder, Jay; Piquemal, Jean-Philip (2018). 「Tinker-HP: GPU およびマルチ GPU システムを使用した高度なポイント双極子分極力場による大規模複雑系の分子動力学シミュレーションの高速化」. Chemical Science . 9 (4): 956–972. doi :10.1039/C7SC04531J. PMC 5909332. PMID 29732110 .
- Adjoua, Olivier; Lagardère, Louis; Jolly, Luc-Henri; Durocher, Arnaud; Wang, Zhi; Very, Thibaut F.; Dupays, Isabelle; Jaffrelot Inizan, Theo; Célerse, Frédéric; Ren, Pengyu; Ponder, Jay; Piquemal, Jean-Philip (2021). 「Tinker-HP: 高度なポイント双極子分極力場を備えた大規模複雑系のマルチスケールシミュレーション用の超並列分子動力学パッケージ」。Journal of Chemical Theory and Computation . 17 (4): 2034–2053. doi :10.1021/acs.jctc.0c01164. PMC 7654869 . PMID 33173801.
- ラッカーズ、ジョシュア A.王志。ルー、チャオ。モーリー、マリー L.ラガルデール、ルイ。シュナイダース、マイケル。ピケマル、ジャン・フィリップ。レン、ペンギュ。熟考せよ、ジェイ (2018) 「Tinker 8: 分子設計のためのソフトウェア ツール」。化学理論と計算のジャーナル。14 (10): 5273–5289。土井：10.1021/acs.jctc.8b00529。PMC 6335969。PMID 30176213。
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- Ren, Pengyu; Ponder, Jay W. (2003). 「分子力学シミュレーションのための分極可能な原子多重極水モデル」. The Journal of Physical Chemistry B. 107 ( 24): 5933–5947. doi :10.1021/jp027815+.
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ライセンス
- ^ Tinkerライセンス