インデックスファンゴラム

Index Fungorumは、菌類界におけるすべての正式名称（学名）を索引化する国際プロジェクトです。2015年現在、このプロジェクトは、ランドケア・リサーチおよび中国科学院微生物学研究所とともに3つのパートナーのうちの1つであるキュー王立植物園を拠点としています。

これは、王立植物園も参加している国際植物名索引(IPNI) と多少似ています。違いは、IPNI が正しい名前を示していないのに対し、Index Fungorum は名前の状態を示していることです。検索ページからの結果では、現在正しい名前は緑色で示され、その他は青色で示されます (名前のいくつかの異常な使用法は赤色で示されます)。すべての名前は、同義語のリストとともに正しい名前を示すページにリンクされています。

Index Fungorumは、菌類命名委員会が認定した3つの命名リポジトリの1つです。他の2つはMycoBankとFungal Namesです。^[1] 2023年現在、これら3つのデータベース全体で100万を超える菌類名が関連出版物の永続的な識別子にリンクされており、Index Fungorumはこの取り組みに大きく貢献しています。^[2]

菌類名索引の歴史は 19 世紀初頭に遡り、いくつかの注目すべき編纂が Index Fungorum の創設につながりました。最も初期の包括的な試みの 1 つは、ピエール アンドレア サッカルドの「Sylloge Fungorum」(1882-1931) で、これは既知の菌類名とその説明をすべてまとめることを目的としたものです。20 世紀には、フランツ ペトラクの「Lists」(1920-1939) がこの伝統を引き継ぎ、新しい菌類名と文献ソースの包括的な索引を提供しました。^[3]近年、Index Fungorum は、出版後の索引から出版前の登録に移行しています。この移行は、新しい菌類名と命名行為を記録するプロセスを合理化することを目的としています。この移行の一環として、Index Fungorum は、他の主要な分類学名登録機関と協力して、登録から出版までの自動化されたパイプラインを開発しています。^[4]

Index Fungorumの発展は、さまざまな組織の変化を通じてたどることができます。これは、1920年に設立され、後に1948年に連邦菌学研究所（CMI）となった帝国菌学局（IBM）の取り組みに端を発しています。1986年にCABインターナショナルの一部となり、最終的に現在のIndex Fungorumプロジェクトに発展しました。^{[3] 2016年現在、} Index Fungorumシステムをキュー王立植物園に移転し、国際植物名索引（IPNI）と並行して運営する計画が進行中です。この移転により、植物名登録システムと菌類名登録システムのより緊密な統合が促進されると期待されています。^[4]

2013年1月1日以降、藻類、菌類、植物の国際命名規約により、新しい菌類名は公表前に公認リポジトリが発行した識別子を引用する必要がある。この要件により、菌類分類学の分野におけるIndex Fungorumとその類似物の重要性がさらに高まった。^[5]

Index Fungorum は、これまで有効に定義されたすべての菌類名の包括的なリストとなることを目指しています。これには、競合している名前や、現在は使用されていない名前も含まれます。データベースは、超科から種下までのすべてのランクの新しい分類群、新しい置換名、新しい組み合わせ、およびさまざまなタイプの類型化を含む、幅広い命名行為をカバーしています。また、歴史的には別個に扱われることもあった地衣類を形成する菌類の名前も組み込まれています。 ^{[3] [5]} 2019年1月1日現在、Index Fungorum は、種のランク以下で以前に記述された分類群の新しいタイプ指定も登録しています。これには、レクトタイプ化、ネオタイプ化、エピタイプ化が含まれます。これらの類型化行為は登録する必要があり、識別子は出版物に引用される必要があります。^[6]

Index Fungorumの主要部分は、これまで有効に定義されたすべての菌類名のグローバル リストとなることを目指していますが、その多くは矛盾していたり​​、使われなくなっています。Species Fungorumは、 CABIの支援を受けてキュー王立植物園を拠点とする密接に関連したプロジェクトで、 Index Fungorum名の一貫したサブセットを決定し、現在有効であると推奨できます。Index FungorumまたはSpecies Fungorumリストのいずれかを個別に検索することができ、Index Fungorum の結果には、エントリが利用可能な場合はSpecies Fungorumへの相互参照も表示されます。このような参照のない名前は、一般的に歴史的な関心事に過ぎず、現在使用するために信頼できるとは見なされません。^{[7] [8]}

菌類名の包括的な索引を編纂するには、いくつかの課題があります。これには、古い名前の扱い、新しい名前を世界中のジャーナルで検索することの難しさ、そして記載される新しい菌類分類群の増加に対応する必要性が含まれます。電子データベースの開発は、これらの問題の一部に対処するのに役立ちましたが、作業は複雑で進行中です。^[3]データ形式を標準化し、他のシステムとの相互運用性を向上させるために、Index Fungorum は、新しい名前やその他の命名行為の登録と索引付けの基本標準として、Taxon Concept Schema を採用する予定です。^[4]

菌類の名前をまとめる上で特に難しいのは、「ロングテール」問題です。これは、多くの菌類の名前が小規模で無名の出版物に掲載されるという問題です。このため、特に古い出版物については、文献を完全に網羅することが困難になります。^[2]

Index Fungorum は、データベース内のレコードにライフサイエンス識別子 (LSID)を提供しています。この機能は、さまざまなデータベースや出版物間で真菌の分類群を一意に識別および参照するのに役立ちます。Index Fungorum は、登録用のXMLベースのマシンツーマシンワークフローを開発しています。この自動化されたプロセスは、出版社のシステムと連携するように設計されており、真菌名の効率的な出版前登録を可能にします。このシステムは、複数の分類名レジストリ間で標準化された登録プロセスを作成するための広範な取り組みの一部です。^[4]

菌類の名称登録の概念は、時とともに進化してきました。近年では、 MycoBankのようなオンライン登録システムが開発され、 Index Fungorumと連携して、新しい菌類名が適切に記録され、科学界で利用できるようにしています。^[3]

Index Fungorum は、データベースの検索とレコードの取得にSOAPプロトコルWeb サービスも提供しています。サービスを説明するWSDLファイルが利用可能です。 ^[9] Index Fungorum は、科学データの効果的な共有と利用に必要なFAIR データ原則 (検索可能、アクセス可能、相互運用可能、再利用可能)に準拠しています。この取り組みにより、研究者にとってのデータベースの有用性が高まり、他の生物多様性情報科学リソースとの統合が強化されます。^[6] Index Fungorumは、 MycoBankおよびFungal Namesとともに、国際菌類命名委員会によって認定された 3 つの公式菌類名レジストリの 1 つです。これら 3 つのリポジトリは、プラットフォーム間で一貫性を保つために毎月データを同期します。このシステムにより、菌類コミュニティは最新かつ調和のとれた命名情報にアクセスできます。これらのリポジトリ間のコラボレーションは、菌類命名法の標準化とアクセス性における大きな進歩を表しています。^[5]

真菌命名データの正確な記録と検索を容易にするために、Index Fungorumは標本メタデータの特定の標準を推奨しています。これには、収集場所、生息地、基質、収集日、リポジトリ情報に関する詳細な情報が含まれます。これらの標準は、データベースが分類学者やその他の研究者に包括的で有用な情報を提供することを保証するのに役立ちます。^[6]

• オーストラリア植物名索引
• インデックス ケウェンシス
• 系統菌学書誌