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プロテスタント問題担当国務長官 （フランス語: Secrétaire d'État de la Religion Prétendue Réformée、略称RPR、「いわゆる改革派宗教」）は、フランスのアンシャン・レジームとブルボン復古王政時代に、フランスのプロテスタント問題を担当した国務長官であった。1749年以降、この職は王室の国務長官の職と兼任された。
ナントの勅令（1598年制定）の準備と実施の過程で、プロテスタント関連の事柄を監督するための行政部門が設立された。1588年の国王の決定により、アンリ3世の4人の国務長官の1人であるピエール・フォルジェ・ド・フレヌは、ユグノー教徒が多く住む地方（ラングドック、ドーフィネ、オルレアン、メーヌ、アンジュー、ポワトゥー、サントージュ、アングモワ）との交渉を担当することになった。アンリ4世の信頼を得たピエール・フォルジェ・ド・フレヌは、ナントの勅令の主要起草者（共同署名者）となり、プロテスタント関連部門の組織者となった。
1610年から1775年まで、この地位はフェリポー家の一族によって占められていた。
ナントの勅令が廃止されるまで（1685年）、広大な地域を監督する書記官は、勅令の条項の実際の違反または想像上の違反、および寺院の破壊と信教の自由に関する紛争について、地方総督、監督官、司教と連絡を取ることに特に関心を寄せていた。17世紀の世論がユグノー派に対してますます敵対的になるにつれて、書記官はプロテスタントに対してより厳しい措置を適用するという職務を果たした。1685年、当時の書記官バルタザール・フェリポーはフォンテーヌブロー勅令に副署した。
廃止後もこの部署は存続したが、その管轄範囲は変化した。カミザールの反乱を除けば、秘書官の職務は主に2つの分野に集中していた。1つは、逃亡したユグノー教徒から略奪した財産の管理（カトリック教徒であれば、近親者に譲渡できたが、広範な法的調査と「Conseil des dépêches」の承認が必要だった）であり、もう1つは、地方長官の要請により、完全に改宗していない疑いのある家族から子供を連れ出し、修道院や新カトリック教徒のための施設に里親委託することだった。
50年間秘書官を務めたルイ・フェリポーは、その厳格な職務遂行ぶりで有名だった。ルイ15世治世末期の寛容政策、そしてアンヌ・ロベール・ジャック・テュルゴーの権力掌握によって予見された政策に反対し、1775年に辞任した。
1749年以降、プロテスタント問題担当部署は国王府国務長官部に属するようになった。1775年に国務長官に任命されたギヨーム・ド・ラモワニョン・ド・マレゼルブは、前任者とは正反対の価値観を掲げ、何よりもプロテスタントの帰国準備に尽力した。在任期間はわずか10ヶ月と短かったため、自らの願いを叶えることはできなかったが、後任者の在任中も引き続きプロテスタントの帰国実現に向けて働きかけた。1787年、勅令によりプロテスタントはフランスで合法的な市民権を得る権利を認められた。
1749年以降、この職は国王府の国務長官の職と統合された。