小型カハール小体特異的RNA

小型カハール小体特異的RNA 1
小型カハール小体特異的RNA 1
	小型カハール体特異的RNA 1の予測二次構造
識別子
シンボル	スカルナ1
Rfam	RF00553
その他のデータ
RNAタイプ	遺伝子、snRNA、snoRNA、scaRNA;
ドメイン	脊椎動物
PDB構造	PDBe

小型カハール小体特異的 RNA ( scaRNA ) は、小型核小体 RNA (snoRNA)の一種で、小型核リボ核タンパク質(snRNP または snurps) の生合成に関与する核小体(細胞小器官)であるカハール小体に特異的に局在します。scaRNA は、 RNA ポリメラーゼ II によって転写されたスプライセオソームRNA U1、U2、U4、U5、およびU12の修飾 (メチル化および擬似ウリジン化) を誘導します。

最初に同定されたscaRNAはU85でした。^[1]これは、C/DボックスとH/ACAボックスの複合snoRNAであり、擬似ウリジン化と2'- O-メチル化の両方を誘導できる点で、一般的なsnoRNAとは異なります。すべてのscaRNAがC/DおよびH/ACAボックスの複合snoRNAであるわけではなく、ほとんどのscaRNAは構造的にも機能的にもsnoRNAと区別がつかず、核小体におけるリボソームRNA（rRNA）の修飾を誘導します。

ショウジョウバエscaRNAs

いくつかの研究で、ショウジョウバエのscaRNAが同定されました。^[1]^[2]^[3]^[4]^[5] 研究の1つでは、いくつかのショウジョウバエのscaRNAが、カハール体を欠く変異体のハエの核質でも同様に機能することが示されました。 [ ^4]さらなる調査により、scaRNA pugU6-40はU6 snRNAを標的とし、その修飾はCBではなく核小体で起こり、pugU1-6とpug U2-55は2つのRNA、snRNAと28s rRNAを誘導することが示されました。^[5]

小型カハール小体特異的RNA 1

分子生物学において、小型カハール小体特異的RNA 1（SCARNA1またはACA35とも呼ばれる）は、カハール小体で発見された小さな核小体RNAであり、残基U89でのU2スプライセオソームRNAの擬似ウリジル化に関与していると考えられています。

scaRNA1は非コードRNAであり、タンパク質に翻訳されない遺伝子の機能産物である。このようなRNA分子は通常、重要な二次構造またはリガンド結合モチーフを含み、細胞内の多くの重要な生物学的プロセスに関与している。^[6]

scaRNA1は、予測されるヘアピン-ヒンジ-ヘアピン-テール構造、保存されたH/ACA-ボックスモチーフを持ち、GAR1タンパク質と関連していることから、snoRNAのH/ACAボックスクラスに属します。 ^[7]

参考文献

^ ab Jády BE、Kiss T (2001 年 2 月)。「小さな核小体ガイド RNA は、U5 スプライソソーム RNA の 2′-O-リボースメチル化と擬似ウリジル化の両方に機能します」。The EMBO Journal。20 ( 3 ): 541–551。doi :10.1093 / emboj /20.3.541。PMC 133463。PMID 11157760。
^ トルトリエッロ G、アッカルド MC、シャロ F、アングリサニ A、トゥラーノ M、フリア M (2009 年 5 月)。「予測されたガイド機能を備えた新規ショウジョウバエアンチセンスscaRNA」。遺伝子。436 (1-2): 56-65。土井：10.1016/j.gene.2009.02.005。PMID 19230845。
^ Tycowski KT、Shu MD、Kukoyi A、Steitz JA（2009年4月）。「保存されたWD40タンパク質はscaRNP粒子のカハール体局在シグナルに結合する」。分子細胞。34（1）：47–57。doi ：10.1016/ j.molcel.2009.02.020。PMC 2700737。PMID 19285445。
^ ab Deryusheva S, Gall JG (2009年12月). 「ショウジョウバエの小型カハール体特異的RNAはカハール体がない場合でも機能する」.細胞の分子生物学. 20 (24): 5250–5259. doi :10.1091/mbc.E09-09-0777. PMC 2793299. PMID 19846657 .
^ ab Deryusheva S, Gall JG (2013年12月). 「ショウジョウバエで同定された新しい小さなカハール体特異的RNA：ガイドRNA機能の調査」. RNA . 19 (12): 1802–1814. doi :10.1261/rna.042028.113. PMC 3884663. PMID 24149844 .
^ Darzacq X、Jády BE、Verheggen C、Kiss AM、Bertrand E、Kiss T (2002 年 6 月)。「カハール小体特異的小核 RNA: 2′-O-メチル化および擬似ウリジン化ガイド RNA の新しいクラス」。The EMBO Journal。21 ( 11 ) : 2746–2756。doi :10.1093/ emboj /21.11.2746。PMC 126017。PMID 12032087。
^ Kiss AM、Jády BE、Bertrand E、Kiss T (2004 年 7 月)。「ヒトボックス H/ACA 擬似ウリジル化ガイド RNA 機構」。分子細胞生物学。24 (13): 5797–5807。doi : 10.1128/MCB.24.13.5797-5807.2004。PMC 480876。PMID 15199136。

外部リンク

snoRNAbase: ヒト H/ACA および C/D ボックス snoRNA データベース
Rfamの Small Cajal 体特異的 RNA のページ

[pmid11157760-1] Jády BE、Kiss T (2001 年 2 月)。「小さな核小体ガイド RNA は、U5 スプライソソーム RNA の 2′-O-リボースメチル化と擬似ウリジル化の両方に機能します」。The EMBO Journal。20 ( 3 ): 541–551。doi :10.1093 / emboj /20.3.541。PMC 133463。PMID 11157760。

[2] トルトリエッロ G、アッカルド MC、シャロ F、アングリサニ A、トゥラーノ M、フリア M (2009 年 5 月)。「予測されたガイド機能を備えた新規ショウジョウバエアンチセンスscaRNA」。遺伝子。436 (1-2): 56-65。土井：10.1016/j.gene.2009.02.005。PMID 19230845。

[3] Tycowski KT、Shu MD、Kukoyi A、Steitz JA（2009年4月）。「保存されたWD40タンパク質はscaRNP粒子のカハール体局在シグナルに結合する」。分子細胞。34（1）：47–57。doi ：10.1016/ j.molcel.2009.02.020。PMC 2700737。PMID 19285445。

[:0-4] Deryusheva S, Gall JG (2009年12月). 「ショウジョウバエの小型カハール体特異的RNAはカハール体がない場合でも機能する」.細胞の分子生物学. 20 (24): 5250–5259. doi :10.1091/mbc.E09-09-0777. PMC 2793299. PMID 19846657 .

[:1-5] Deryusheva S, Gall JG (2013年12月). 「ショウジョウバエで同定された新しい小さなカハール体特異的RNA：ガイドRNA機能の調査」. RNA . 19 (12): 1802–1814. doi :10.1261/rna.042028.113. PMC 3884663. PMID 24149844 .

[darzacq_2002-6] Darzacq X、Jády BE、Verheggen C、Kiss AM、Bertrand E、Kiss T (2002 年 6 月)。「カハール小体特異的小核 RNA: 2′-O-メチル化および擬似ウリジン化ガイド RNA の新しいクラス」。The EMBO Journal。21 ( 11 ) : 2746–2756。doi :10.1093/ emboj /21.11.2746。PMC 126017。PMID 12032087。

[pmid15199136-7] Kiss AM、Jády BE、Bertrand E、Kiss T (2004 年 7 月)。「ヒトボックス H/ACA 擬似ウリジル化ガイド RNA 機構」。分子細胞生物学。24 (13): 5797–5807。doi : 10.1128/MCB.24.13.5797-5807.2004。PMC 480876。PMID 15199136。