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ラム・サムドララ | |
|---|---|
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| 生まれる | 1972年3月23日 |
| 母校 | オハイオ・ウェスリアン大学、メリーランド大学、スタンフォード大学 |
| 知られている | 小分子 インタラクトミクス、タンパク質構造予測、フリーミュージック哲学 |
| 受賞歴 | |
| 科学者としてのキャリア | |
| フィールド | 計算生物学 |
| 機関 | バッファロー大学、ワシントン大学 |
| 博士課程の指導教員 | ジョン・モールト |
| その他の学術アドバイザー | マイケル・レヴィット |
| Webサイト | ram.org compbio.org |
ラム・サムドララは、アメリカ合衆国バッファロー大学の計算生物学およびバイオインフォマティクスの教授です。 [3]彼は、タンパク質の折り畳み、構造、機能、相互作用、設計、進化を研究しています。[4]
教育とキャリア
サムドララは、ウェスリアン奨学生としてオハイオ・ウェスリアン大学で計算科学と遺伝学の学士号を取得し、 1997年にライフテクノロジーズフェローとしてメリーランド大学でジョン・モールトに指導を受け計算生物学の博士号を取得しました。[要出典]
1997年から2000年まで、スタンフォード大学でマイケル・レビットの博士研究員を務めた。2001年、サムドララはワシントン州議会が「最先端の研究と教育と新しい経済活動の架け橋」として創設した感染症先進技術イニシアチブのもと、ワシントン大学に採用された最初の教員となった。 [5] 2006年に准教授に昇進。2014年にニューヨーク州立大学バッファロー校のバイオインフォマティクス部門の教授兼部門長に就任。[6]
研究
サムドララの研究はプロテオミクスに焦点を当てており、CASPタンパク質構造予測チャレンジには開始当初から定期的に参加しています。モールトとレビットとの共同研究は、比較モデリングとテンプレートフリーモデリングの両方の分野でブラインドタンパク質構造予測を初めて改善したものです。[7] [8] [9]モールトとともに、彼はタンパク質構造の比較モデリングの相互作用を正確に予測するために確率的およびグラフ理論的手法を開発し、適用した最初の人物です。[10] [11]レビットとともに、彼はde novo構造予測 のための階層的アプローチを組み合わせた[12]と、判別関数を評価するためのDecoys 'R' Usデータベースを開発しました。[13]
ワシントン大学では、サムドララの研究グループが、タンパク質の構造[14] 、機能[15]、相互作用[16]を予測するための一連のアルゴリズムとウェブサーバーモジュールを開発しました。これらはProtinfo [ 17] [18]として知られています。その後、グループはこれらの方法を生物のプロテオームに適用し、原子、分子、ゲノム、プロテオーム、システム、生物の世界の関係を探索するためのBioverse [19] [20]と呼ばれるフレームワークを作成しました。Bioverseフレームワークは、ゲノム配列データに基づいて分析と予測を実行し、単一分子レベルとシステムレベルの両方でタンパク質配列、構造、機能の相互作用を注釈付けして理解します。このフレームワークは、2005年に公開された完成したイネゲノム配列の注釈付けに使用されました。[21]
サムドララらの研究グループは、これらの手法を創薬にも応用し、化合物-プロテオーム相互作用シグネチャのマルチスケール解析を実行することで、あらゆる適応症に対する治療薬をランク付けする、新薬機会の計算分析（CANDO）プラットフォームを生み出した。[22] [23] [24] [25]新しいドッキング手法の組み合わせとCANDOプラットフォームでのその使用により、適応症固有の協力者とともに、デング熱、 [26] [27]虫歯、ヘルペス、狼瘡、マラリア[28]に対する推定薬剤の前向き検証済み予測につながった。[29]
その他の応用分野としては、HIVの薬剤耐性/感受性の予測、[30]、無機基質に結合する小さな多機能ペプチドを計算的に設計するナノバイオテクノロジー、[31] [32] [33] 、そして世界のための栄養豊富な米（NRW）プロジェクトを含むいくつかの生物の相互作用解析などがあります。[34]
受賞と栄誉
サムドララは、2002年に優れた若手科学者に資金を提供するサール・スカラー賞を受賞し[1]、2003年にはMITテクノロジーレビューによって世界のトップ若手イノベーター（TR100）の一人に選ばれました[2] [35] [36]。 2005年には、NSFキャリア賞[37]を受賞しました。これは、「知識の最前線でリーダーシップを発揮する並外れた可能性を示す優れた科学者とエンジニア」を表彰するものです。2008年には、ワクチン発見に関する研究により、アルバータ州ヘリテージ財団医療研究客員科学者賞を受賞し、ペルーのカスマ市とヤウタン市から名誉学位を授与されました。2010年には、CANDO創薬プラットフォームによりNIHディレクターのパイオニア賞を受賞しました。 [23] [22] 2019年にサムドララ氏はNIH NCATS ASPIREデザインチャレンジ賞を受賞し、 [38] [6] 、2022年にはNIH NCATS ASPIRE実践への還元賞の大賞が授与されました。 [39] [40] [41]
私生活
サムドララはミュージシャンでもあり、TWISTED HELICESというペンネームで作品を発表、録音している。[42] 1994年に彼は『フリーミュージック哲学』を出版し、[43]インターネットによるデジタル情報の容易なコピーと送信が、前例のない著作権法違反や音楽やその他のデジタルメディアの新たな配信モデルにつながることを予測した。[44] [45] [46]この分野での彼の活動は、1997年にはビルボード、[47]やニューヨークタイムズなどさまざまなメディアで報道されていた。[48]
参考文献
- ^ ab ラム・サムドララのサール奨学生賞プロフィール
- ^ ab MITテクノロジーレビューのプロフィールでラム・サムドララ氏が世界トップクラスの若手イノベーターの一人に選出
- ^ ラム・サムドララの個人ウェブサイト
- ^ サムドララ計算生物学グループ
- ^ Roseth B. Funding forward vision. University Week、2001年3月1日。2011年6月4日アーカイブ、Wayback Machine
- ^ ab ラム・サムドララの履歴書
- ^ Samudrala R、Pedersen JT、Zhou H、Luo R、Fidelis K、Moult J. タンパク質の比較モデリングにおける相互接続された構造変化の問題への対処。タンパク質：構造、機能、遺伝学 23: 327-336、1995。
- ^ Samudrala R、Moult J. グラフ理論を用いたタンパク質構造のコンテキスト依存性の処理：真の予測。タンパク質：構造、機能、遺伝学29S：43-49、1997。
- ^ Samudrala R、Xia Y、Huang ES、Levitt M.複合階層的アプローチを用いたタンパク質構造の第一原理予測。タンパク質：構造、機能、遺伝学S3：194-198、1999年。
- ^ Samudrala R、Moult J. タンパク質構造予測のための全原子距離依存条件付き確率判別関数。Journal of Molecular Biology 275: 893-914、1998。
- ^ Samudrala R、Moult J. タンパク質構造の比較モデリングのためのグラフ理論的アルゴリズム。Journal of Molecular Biology 279: 287-302、1998。
- ^ Xia Y、Huang ES、Levitt M、Samudrala R. 階層的アプローチを用いたタンパク質三次構造の第一原理構築。Journal of Molecular Biology 300: 171-185、2000。
- ^ Samudrala R、Levitt M. Decoys 'R' Us: タンパク質構造予測を改善するための不正確なタンパク質立体配座のデータベース。Protein Science 9: 1399-1401、2000 年。
- ^ Liu T、Horst J、Samudrala R. タンパク質構造予測の精度向上のために高精度の距離制約を予測および使用する新しい方法。タンパク質：構造、機能、およびバイオインフォマティクス77: 220-234、2009 年。
- ^ Wang K、Horst J、Cheng G、Nickle D、Samudrala R. 配列、構造、進化、アミノ酸特性情報を組み合わせたタンパク質メタ機能シグネチャ。PLoS Computational Biology 4: e1000181、2008年。
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- ^ McDermott J、Samudrala R. BIOVERSE: タンパク質とプロテオームの機能的、構造的、文脈的注釈。核酸研究31: 3736-3737、2003。
- ^ McDermott J、Guerquin M、Frazier Z、Chang AN、Samudrala R. BIOVERSE: タンパク質とプロテオームの構造、機能、コンテキスト注釈のフレームワークの強化。Nucleic Acids Research 33: W324-W325、2005 年。
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- ^ キャリア賞
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- ^ 「2020 NCATS ASPIRE Reduction-to-Practice Challenge Winners」NIH 2021年10月28日2023年5月5日閲覧。
- ^ 「ジェイコブススクールの研究者がASPIREチャレンジを制覇」バッファロー大学。2023年2月21日。 2023年7月21日閲覧。
- ^ 「サムドララ、フォールズ、さまざまな研究プロジェクトに資金提供を受ける」バッファロー大学。2023年4月4日。 2023年7月21日閲覧。
- ^ ねじれたらせん
- ^ フリーミュージック哲学
- ^ サムドララ R. 音楽の未来、1997
- ^ 革命の物語: ナップスターと音楽業界。MusicDish、2000年
- ^ Schulman BM. 世界中で聞かれる歌: MP3 の著作権への影響とデジタル音楽の将来。Harvard Journal of Law and Technology 12: 3、1999 年。2012 年 4 月 9 日にWayback Machineにアーカイブされました。
- ^ Reece D. 業界は MP3 のジレンマに悩む。Billboard、1998 年 7 月 18 日。
- ^ Napoli L. MP3 のファンが問題を強制した。ニューヨーク タイムズ、1998 年 12 月 16 日。
外部リンク
- Samudrala 計算生物学グループのウェブサイト
- Ram Samudrala の個人 Web サイト
- 世界のための栄養豊富な米のウェブサイト（プレスおよびビデオセクション）
- Protinfo Web サーバー モジュール: ABCM - PIRSPred - PSICSI - NMR - PPC - MFS
- Bioverse ウェブサーバー