PDBウィキ

PDBWikiは、タンパク質構造注釈のユーザー投稿データベースとして機能するウィキで、タンパク質データバンク(PDB)で利用可能なすべてのタンパク質構造をリストアップしていました。2007年から 2013 年まで、MediaWikiウィキ アプリケーションで実行されていました。 ^{[1] [2]}この Web サイトは 2014 年にオフラインになり、投稿された情報にアクセスする方法はなくなりました。PDBWiki には 50,000 を超えるタンパク質構造の詳細と 50 を超える「ユーザー投稿」注釈が含まれており、構造生物学コミュニティにとって重要なリソースとなっています。^{[引用が必要]}

タンパク質データバンク(PDB) は、実験的に解明された生体分子構造の中心的なアーカイブです。しかし、PDB ではデータの取得のみが可能で、コラボレーションやユーザーからのフィードバックのための機能は提供されていません。対照的に、PDBWiki では、PDB に登録された構造に関する専門知識を共有できます。また、共同でタンパク質について議論したり注釈を付けたりするためのツールも提供しています。目標は、PDB 構造を扱うすべての人にとって役立つ、ユーザーが投稿した情報の中央かつ自由にアクセスできるリポジトリを作成することです。そのため、PDBWiki は、コミュニティベースの生物学データベース キュレーションの幅広い取り組みの一部であると考えられます。^{[3] [4]}

PDBWiki は BioWiki イニシアチブの一環として開発され、KOBICが運営する生物学情報ウェブサイト BiO.CC が主催する第 3 回国際 Openfree バイオ情報コンテンツ コンペティションにエントリーされました。

このウェブサイトは 2014 年 1 月にオフラインとなり、同様のウィキベースの構造生物学データベース プロジェクトである Proteopediaにリダイレクトする通知に置き換えられました。

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