プロトCID

プロトCID
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説明	複数の結晶形態における相同タンパク質の類似した相互作用
接触
研究センター	フォックスチェイスがんセンター
研究室	がん研究所
著者	徐奇芳、ローランド・ダンブラック
主な引用	徐＆ダンブラック（2011）
発売日	2010
アクセス
Webサイト	http://dunbrack2.fccc.edu/protcid

タンパク質共通インターフェースデータベース（ProtCID ）は、相同タンパク質の結晶構造における類似したタンパク質間インターフェースのデータベースです。^[1]^[5]

その主な目的は、相同タンパク質の複数の結晶形態で観察されるホモ二量体およびヘテロ二量体の界面を識別し、クラスター化することです。特に非同一タンパク質またはタンパク質複合体のこのような界面は、生物学的に関連する相互作用と関連付けられています。^[6]

ProtCID の共通インターフェースは、異なる結晶形式で発生する鎖間またはドメイン間相互作用を示します。タンパク質データバンク(PDB) ^{[7]内の構造が既知のすべてのタンパク質配列には、「}Pfam鎖アーキテクチャ」が割り当てられています。これは、その配列に対する順序付けられた Pfam ^[8]割り当てを示します (例: (Pkinase) または (Cyclin_N)_(Cyclin_C))。特定のドメインまたは鎖アーキテクチャを含むすべての結晶内のホモ二量体インターフェースは、結晶内に他のタンパク質タイプがあるかどうかに関係なく比較されます。それらを含むすべての PDB エントリ内の 2 つの異なる Pfam ドメインまたは Pfam アーキテクチャ間のすべてのインターフェースも比較されます (例: (Pkinase) と (Cyclin_N)_(Cyclin_C))。ホモ二量体とヘテロ二量体の両方について、インターフェースは類似性スコアに基づいて共通インターフェースにクラスター化されます。

ProtCIDは、共通のインターフェースを含む結晶形態の数、PDBエントリの数、同じインターフェースを含むPDBおよびPISA ^[9]生物学的アセンブリ注釈の数、平均表面積、およびインターフェースを含むタンパク質の最小配列同一性を報告します。ProtCIDは、PDBエントリの生物学的相互作用の公開注釈に対する独立したチェックを提供します。

ProtCID には、タンパク質ドメインとペプチド、核酸、リガンド間のインターフェースクラスターも含まれています。

参照

タンパク質間相互作用

参考文献

^ ab Xu, Q.; Dunbrack, RL (2010). 「タンパク質共通インターフェースデータベース (ProtCID) - 複数の結晶形態における相同タンパク質の相互作用に関する包括的なデータベース」。Nucleic Acids Research . 39 (データベース号): D761–70. doi :10.1093/nar/gkq1059. PMC 3013667 . PMID 21036862.
^ Zhang, X.; Gureasko, J.; Shen, K.; Cole, PA; Kuriyan, J. (2006). 「上皮成長因子受容体のキナーゼドメインの活性化のためのアロステリックメカニズム」. Cell . 125 (6): 1137–1149. doi : 10.1016/j.cell.2006.05.013 . PMID 16777603.
^ Aertgeerts、K.;スキーン、R.矢野、J.サン、BC-C。ゾウ、H.スネル、G.ジェニングス、A.岩本和也；羽深、N.広川明;石川哲也;田中哲也;ミキ、H.太田裕子;曽我部真司 (2011) 「HER2タンパク質のキナーゼドメインの阻害およびアロステリック活性化のメカニズムの構造解析」。生物化学ジャーナル。286 (21): 18756–18765。土井：10.1074/jbc.M110.206193。PMC 3099692。PMID 21454582。
^ Qiu, C.; Tarrant, MK; Choi, SH; Sathyamurthy, A.; Bose, R.; Banjade, S.; Pal, A.; Bornmann, WG; Lemmon, MA ; Cole, PA; Leahy, DJ (2008). 「HER4/ErbB4キナーゼの活性化と阻害のメカニズム」. Structure . 16 (3): 460–467. doi :10.1016/j.str.2007.12.016. PMC 2858219. PMID 18334220 .
^ Xu, Q; Dunbrack, RL (2020年2月5日). 「ProtCID: タンパク質相互作用の構造情報のためのデータリソース」. Nature Communications . 11 (1): 711. Bibcode :2020NatCo..11..711X. doi :10.1038/s41467-020-14301-4. PMC 7002494. PMID 32024829 .
^ Xu, Qifang; Canutescu, Adrian A.; Wang, Guoli; Shapovalov, Maxim; Obradovic, Zoran; Dunbrack, Roland L. (2008). 「相同タンパク質の結晶における界面類似性の統計的分析」。Journal of Molecular Biology . 381 (2): 487–507. doi :10.1016/j.jmb.2008.06.002. PMC 2573399. PMID 18599072.
^ バーマン、HM;バティストゥス、T.テネシー州バート;ブルーム、ウェストバージニア州。ボーン、PE;ブルクハルト、Ｋ．フェン、Z。ギリランド、GL;アイペ、L.ジェイン、S.フェイガン、P.マービン、J.パディラ、D.ラヴィチャンドラン、V.シュナイダー、B.サンキー、N.ヴァイシッヒ、H.ウェストブルック、JD、 Zardecki、C. (2002)。「タンパク質データバンク」。Acta Crystallographica セクション D。58 (Pt 6 No 1): 899–907。Bibcode :2002AcCrD..58..899B。土井：10.1107/S0907444902003451。PMID 12037327。
^ Punta, M.; Coggill, PC; Eberhardt, RY; Mistry, J.; Tate, J.; Boursnell, C.; Pang, N.; Forslund, K.; Ceric, G.; Clements, J.; Heger, A.; Holm, L.; Sonnhammer, ELL; Eddy, SR; Bateman, A.; Finn, RD (2011). 「Pfam タンパク質ファミリーデータベース」. Nucleic Acids Research . 40 (データベース号): D290–D301. doi :10.1093/nar/gkr1065. PMC 3245129. PMID 22127870 .
^ Krissinel, E.; Henrick, K. (2007). 「結晶状態からの高分子アセンブリの推論」.分子生物学ジャーナル. 372 (3): 774–797. doi :10.1016/j.jmb.2007.05.022. PMID 17681537.

外部リンク

http://dunbrack2.fccc.edu/protcid
タンパク質界面、表面、集合体（PISA）
http://www.rcsb.org

[pmid21036862-1] Xu, Q.; Dunbrack, RL (2010). 「タンパク質共通インターフェースデータベース (ProtCID) - 複数の結晶形態における相同タンパク質の相互作用に関する包括的なデータベース」。Nucleic Acids Research . 39 (データベース号): D761–70. doi :10.1093/nar/gkq1059. PMC 3013667 . PMID 21036862.

[2] Zhang, X.; Gureasko, J.; Shen, K.; Cole, PA; Kuriyan, J. (2006). 「上皮成長因子受容体のキナーゼドメインの活性化のためのアロステリックメカニズム」. Cell . 125 (6): 1137–1149. doi : 10.1016/j.cell.2006.05.013 . PMID 16777603.

[3] Aertgeerts、K.;スキーン、R.矢野、J.サン、BC-C。ゾウ、H.スネル、G.ジェニングス、A.岩本和也；羽深、N.広川明;石川哲也;田中哲也;ミキ、H.太田裕子;曽我部真司 (2011) 「HER2タンパク質のキナーゼドメインの阻害およびアロステリック活性化のメカニズムの構造解析」。生物化学ジャーナル。286 (21): 18756–18765。土井：10.1074/jbc.M110.206193。PMC 3099692。PMID 21454582。

[4] Qiu, C.; Tarrant, MK; Choi, SH; Sathyamurthy, A.; Bose, R.; Banjade, S.; Pal, A.; Bornmann, WG; Lemmon, MA ; Cole, PA; Leahy, DJ (2008). 「HER4/ErbB4キナーゼの活性化と阻害のメカニズム」. Structure . 16 (3): 460–467. doi :10.1016/j.str.2007.12.016. PMC 2858219. PMID 18334220 .

[5] Xu, Q; Dunbrack, RL (2020年2月5日). 「ProtCID: タンパク質相互作用の構造情報のためのデータリソース」. Nature Communications . 11 (1): 711. Bibcode :2020NatCo..11..711X. doi :10.1038/s41467-020-14301-4. PMC 7002494. PMID 32024829 .

[pmid18599072-6] Xu, Qifang; Canutescu, Adrian A.; Wang, Guoli; Shapovalov, Maxim; Obradovic, Zoran; Dunbrack, Roland L. (2008). 「相同タンパク質の結晶における界面類似性の統計的分析」。Journal of Molecular Biology . 381 (2): 487–507. doi :10.1016/j.jmb.2008.06.002. PMC 2573399. PMID 18599072.

[7] バーマン、HM;バティストゥス、T.テネシー州バート;ブルーム、ウェストバージニア州。ボーン、PE;ブルクハルト、Ｋ．フェン、Z。ギリランド、GL;アイペ、L.ジェイン、S.フェイガン、P.マービン、J.パディラ、D.ラヴィチャンドラン、V.シュナイダー、B.サンキー、N.ヴァイシッヒ、H.ウェストブルック、JD、 Zardecki、C. (2002)。「タンパク質データバンク」。Acta Crystallographica セクション D。58 (Pt 6 No 1): 899–907。Bibcode :2002AcCrD..58..899B。土井：10.1107/S0907444902003451。PMID 12037327。

[8] Punta, M.; Coggill, PC; Eberhardt, RY; Mistry, J.; Tate, J.; Boursnell, C.; Pang, N.; Forslund, K.; Ceric, G.; Clements, J.; Heger, A.; Holm, L.; Sonnhammer, ELL; Eddy, SR; Bateman, A.; Finn, RD (2011). 「Pfam タンパク質ファミリーデータベース」. Nucleic Acids Research . 40 (データベース号): D290–D301. doi :10.1093/nar/gkr1065. PMC 3245129. PMID 22127870 .

[9] Krissinel, E.; Henrick, K. (2007). 「結晶状態からの高分子アセンブリの推論」.分子生物学ジャーナル. 372 (3): 774–797. doi :10.1016/j.jmb.2007.05.022. PMID 17681537.