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| パルヴァルカオータ | |
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| パルバルカエウム・アシディフィラム | |
| 科学的分類 | |
| ドメイン: | |
| 王国: | |
| 上門: | |
| 門: | 「パルヴァルカオータ」 リンケら 2013
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| クラス: | 「パルヴァルケイア」
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| 注文 | |
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パルヴァルカオータはDPANN古細菌に属する門の1つである。酸性鉱山排水から発見され、後に海洋堆積物からも発見された。これらの生物の細胞は非常に小さく、ゲノムも小さい。メタゲノム技術により培養されていない生物からゲノム配列を得ることが可能であり、この門の決定に応用された。[1]
タイプ種は Candidatus Parvarchaeum acidiphilumである。細胞は非常に小さく、約 400~500 nm で、ゲノムは縮小しており、遺伝子は約 1000 個である。同じ酸性環境で発見された同様の大きさの古細菌は、ミクラカオータ門のCandidatus Microarcheumである。[1] [2]
系統樹によれば、パルヴァルカオータはユーリアーキオータ内のサーモプラズマタの姉妹群である可能性がある[3]か、DPANNに属する可能性がある[1]が、DPANNアーキアのすべてが系統学的にはユーリアーキオータに属するとも示唆されている[3] [4] 。
分類
現在受け入れられている分類法は、原核生物の命名法リスト(LPSN)[5]と国立生物工学情報センター(NCBI) [6]に基づいています。
- クラス「パルヴァルカエイア」
- 「Tiddalikarchaeales」を注文する Vazquez-Campos et al. 2021年[7]
- 家族「Tiddalikarchaeaceae」Vazquez-Campos et al. 2021年[7]
- 属「Candidatus Tiddalikarchaeum」Vazquez-Campos et al. 2021年[7]
- 「Ca. T. anstoanum」Vazquez-Campos et al. 2021年[7]
- 属「Candidatus Tiddalikarchaeum」Vazquez-Campos et al. 2021年[7]
- 家族「Tiddalikarchaeaceae」Vazquez-Campos et al. 2021年[7]
- 「Jingweiarchaeales」を注文する Rao et al. 2023年
- 科「Jingweiarchaeaceae」Rao et al. 2023
- 属「Candidatus Jingweiarchaeum」Rao et al. 2023年
- 「Ca. J. tengchongense」Rao et al. 2023年
- 属「Candidatus Jingweiarchaeum」Rao et al. 2023年
- 科「Jingweiarchaeaceae」Rao et al. 2023
- JAPDLS01を注文する
- 科「ハイヤナーカエ科」ラオら 2023
- 属「Candidatus Haiyanarchaeum」Rao et al. 2023年
- 「Ca. H. thermophilum」ラオら 2023
- 属「Candidatus Haiyanarchaeum」Rao et al. 2023年
- 科「ハイヤナーカエ科」ラオら 2023
- 「Parvarchaeales」を注文してください 。Rinke et al. 2020年[8]
- 家族「ヤシ科」Rinke et al. 2020 [8] [「Acidifodinimicrobiaceae」Luo et al. 2020年[9 ]
- 属「Candidatus Rehaiarchaeum」Rao et al. 2023年
- 「Ca. R. fermentans」Rao et al. 2023年
- 属「Candidatus Acidifodinimicrobium」Luo et al. 2020年[9]
- 「Ca.A.mancum」Luo et al. 2020年[9]
- 「Candidatus Parvarchaeum」属Baker et al. 2010年[10]
- 「Ca.P.acidiphilum」Baker et al. 2010年 [10]
- 「Ca.P.パラシディフィラム」corrig.ベイカーら。 2010年 [10]
- 「Ca. P. tengchongense」Rao et al. 2023年
- 属「Candidatus Rehaiarchaeum」Rao et al. 2023年
- 家族「ヤシ科」Rinke et al. 2020 [8] [「Acidifodinimicrobiaceae」Luo et al. 2020年[9 ]
- 「Tiddalikarchaeales」を注文する Vazquez-Campos et al. 2021年[7]
系統発生
「Parvarchaeota」の系統。[11] [12] [13]
参照
参考文献
- ^ abc Rinke C, Schwientek P, Sczyrba A, Ivanova NN, Anderson IJ, Cheng JF, Darling A, Malfatti S, Swan BK, Gies EA, Dodsworth JA, Hedlund BP, Tsiamis G, Sievert SM, Liu WT, Eisen JA, Hallam SJ, Kyrpides NC, Stepanauskas R, Rubin EM, Hugenholtz P, Woyke T (2013年7月25日). 「微生物暗黒物質の系統発生とコーディングの可能性に関する洞察」. Nature . 499, 431–437 (2013) (7459): 431–437. Bibcode :2013Natur.499..431R. doi : 10.1038/nature12352 . hdl : 10453/27467 . PMID 23851394.
{{cite journal}}: CS1 maint: 複数の名前: 著者リスト (リンク) - ^ Brett J. Baker、Gregory J. Dick。Omic、微生物生態学へのアプローチ:未知の世界を描くコミュニティ全体の配列データの分析により、培養されていない門内および微生物生態系全体にわたる特定の微生物グループの多様性と機能が明らかになります。Academia.edu。
- ^ ab Petitjean, C.; Deschamps, P.; López-García, P.; Moreira, D. (2014). 「系統ゲノム解析によるアーキア領域の根源的解明は、新王国プロテオアーキオタの基盤を裏付ける」Genome Biol. Evol . 7 (1): 191–204. doi :10.1093/gbe/evu274. PMC 4316627. PMID 25527841 .
- ^ Cavalier-Smith, Thomas; Chao, Ema E-Yung (2020). 「マルチドメインリボソームタンパク質ツリーとネオムラ(真核生物、古細菌)のプランクトンバクテリア起源」。 プロトプラズマ。257(3):621–753。doi : 10.1007 / s00709-019-01442-7。PMC 7203096。PMID 31900730。
- ^ JP Euzéby. 「Parvarchaeota」。命名法で定められた原核生物名のリスト(LPSN) 。 2021年6月27日閲覧。
- ^ Sayers; et al. 「Parvarchaeota」。国立生物工学情報センター(NCBI) 分類データベース。 2021年3月20日閲覧。
- ^ abcd Vázquez-Campos, Xabier; Kinsela, Andrew S.; Bligh, Mark W.; Payne, Timothy E.; Wilkins, Marc R.; Waite, T. David (2021). 「オーストラリアの放射能遺産地域に生息する古細菌に関するゲノム的知見」. Frontiers in Microbiology . 12 : 732575. doi : 10.3389/fmicb.2021.732575 . ISSN 1664-302X. PMC 8561730. PMID 34737728 .
- ^ ab Rinke, Christian; Chuvochina, Maria; Mussig, Aaron J.; Chaumeil, Pierre-Alain; Davin, Adrian A.; Waite, David W.; Whitman, William B.; Parks, Donovan H.; Hugenholtz, Philip (2021-02-17). 「ランク正規化ゲノムベース分類法に基づく広範囲にわたる不完全で不均一な古細菌分類の解決」Nature Microbiology . 6 (7): 946–959. bioRxiv 10.1101/2020.03.01.972265 . doi :10.1038/s41564-021-00918-8. PMID 34155373. S2CID 231984712.
- ^ abc Luo, Zhen-Hao; Li, Qi; Lai, Yan; Chen, Hao; Liao, Bin; Huang, Li-nan (2020). 「酸性鉱山排水堆積物中の新規 Parvarchaeota 科の多様性とゲノム特性」。Frontiers in Microbiology . 11 : 612257. doi : 10.3389/fmicb.2020.612257 . ISSN 1664-302X. PMC 7779479 . PMID 33408709.
- ^ abc Baker, Brett J.; Comolli, Luis R.; Dick, Gregory J.; Hauser, Loren J.; Hyatt, Doug; Dill, Brian D.; Land, Miriam L.; VerBerkmoes, Nathan C.; Hettich, Robert L.; Banfield, Jillian F. (2010-05-11). 「謎めいた極小の未培養古細菌」。米国科学 アカデミー紀要。107 ( 19): 8806–8811。Bibcode : 2010PNAS..107.8806B。doi : 10.1073 / pnas.0914470107。ISSN 0027-8424。PMC 2889320。PMID 20421484。
- ^ 「GTDBリリース09-RS220」。ゲノム分類データベース。 2024年5月10日閲覧。
- ^ "ar53_r220.sp_label".ゲノム分類データベース. 2024年5月10日閲覧。
- ^ 「分類の歴史」。ゲノム分類データベース。 2024年5月10日閲覧。
