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哲学者マルティン・ハイデガーは『存在と時間』の中で、存在論的と存在論的、あるいは存在者と存在そのものとの区別を設けている。彼はこれを「存在論的差異」と名付けた。そして、この区別から、彼は根本存在論（ドイツ語：Fundamentalontologie ）という概念を発展させた。
ハイデガーの言葉を借りれば、西洋哲学における存在論の歴史は存在論的であり、存在論とは根本的な存在論を指すべきである。彼は、この「存在論的探究」が科学の基礎を理解するために必要であると述べている。[ 1 ]
テイラー・カーマン（2003）は、伝統的な存在論は「なぜ何かが存在するのか？」と問うのに対し、ハイデガーの根本的な存在論は「何かが存在するとはどういうことか？」と問うと述べている。カーマンはさらに詳しく説明している。ハイデガーの根本的な存在論は、「実体の理解が必然的に前提とするもの、すなわち、実体が実体である理由についての我々の理解」に関係している点で、伝統的な存在論と関連している。[ 2 ]
この存在論的差異（ドイツ語：ontologische Differenz）は、ハイデガーの哲学の中心をなすものである。[ 3 ] [ 4 ]ハイデガーは1937年の『哲学への貢献』の中で、これを「現存在の本質」と表現している。ここで「現存在」とは、存在の意味そのものが問題となる存在（人間など）を指す。[ 5 ]彼は西洋哲学の伝統が「存在論的」に誤って焦点を当て、この区別を忘れていると非難している。このことが、存在（それ自体）を、例えば理念、エネルギー、実体、あるいは権力への意志といった究極的な実体として理解するという誤りにつながっている。[ 3 ] [ 6 ] [ 7 ]
リチャード・ローティによれば、ハイデガーは究極の存在としての「隠された存在の力」を想定することはなかった。[ 8 ]ハイデガーは、存在の意味、すなわち根本的な存在論に焦点を当てることで、存在論哲学を正そうとした。この「存在論的探究」は、 『存在と時間』（1927年）によれば、科学の基礎を理解するために必要である。 [ 1 ]
根本存在論は、ハイデガーが師であるエドムント・フッサールが先に展開した現象学を再解釈しようとした結果として生まれたものである。ハイデガーによれば、現象学のプロジェクトには新しい用語と伝統的な概念の再定義が必要だった。例えば、現象が事物の本質であるというテーゼは、伝統的な概念や用語だけでは表現できなかった。実際、ハイデガーはこれらの概念をフッサール的な意味で用いることを一貫して拒否した。
さらに、ハイデガーは自身の根本存在論をそれまでの存在論から切り離した。ハイデガーは、存在の意味を明確にすることがあらゆる科学分野の基礎となると述べている。ハイデガーにとって、科学者が行う存在論的研究形式は、根本存在論を前提としている。彼は次のように述べている。
存在の問題は、存在をある種の存在として考察し、その過程で既に存在の理解に基づいて活動する諸科学の可能性だけでなく、存在論的諸科学に先行し、それらの基礎を提供する存在論そのものの可能性についても、アプリオリな条件を明らかにすることを目的としている。基本的に、存在論は、たとえどれほど豊かで強固にまとめられたカテゴリー体系を保有していようとも、まず存在の意味を十分に明確にし、この明確化をその根本的な課題として捉えなければ、その最も崇高な目的から盲目で歪んだままとなる。[ 1 ]
フッサールの定義では、「現象」は彼の哲学的探求にとって包括的かつ十分な概念であるように思われた。しかし、ハイデガーは新たな発展の余地を見出した。意識（心理学）から存在（存在論）へと優先順位を移すことで、ハイデガーは現象学的探究に新たな方向性を開いたのである。