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医療アルゴリズムとは、医療現場で役立つあらゆる計算、数式、統計調査、ノモグラム、または参照表のことです。 医療アルゴリズムには、医療処置に対する意思決定ツリーアプローチ（例：症状A、B、Cが認められる場合は、治療法Xを用いる）や、不確実性を軽減または明確化することを目的とした、より曖昧なツールが含まれます。処方箋もまた、医療アルゴリズムの一種です。
医療アルゴリズムは、医療情報学や医療意思決定といったより広範な分野の一部であり、通常はこれらの分野に位置づけられます。医療意思決定は、検査の選択、診断、治療、予後予測、医療機器の自動制御など、医療活動の様々な領域で行われます。
論理ベースおよび人工ニューラルネットワークベースの臨床意思決定支援システム（これらも医療意思決定分野で使用されるコンピュータアプリケーションである）と比較すると、アルゴリズムはアーキテクチャ、データ構造、およびユーザーインターフェースにおいて複雑さが少ない。医療アルゴリズムは必ずしもデジタルコンピュータを使用して実装されるわけではない。実際、その多くは図やノモグラフなどの形で紙に表現することができる。
医療アルゴリズムという形で、膨大な量の医療情報が存在する。これらのアルゴリズムは、単純な計算から複雑な予後予測まで多岐にわたる。しかし、ほとんどの臨床医は、日常的に使用するアルゴリズムのごく一部しか利用していない。
医療アルゴリズムの例としては、以下のようなものがあります。
アルゴリズムの一般的な種類は、多くの国、州、金融機関、地方の医療機関が作成する治療選択に関するガイドラインに組み込まれており、日々の診療や新人医師の研修のための知識リソースとして提供されています。特に注目を集めている分野の一つが、精神疾患に対する薬剤の選択です。英国では、約500あるプライマリケア・トラストのほとんど、約100ある二次医療精神科ユニットのほぼすべて、そして約1万ある一般診療所の多くが、このためのガイドラインまたはアルゴリズムを作成しています。米国では、すべての州にこれらを提供するための国家（連邦）イニシアチブがあり、2005年までに6つの州がテキサス州薬剤アルゴリズム・プロジェクトのアプローチを採用するか、あるいは独自のアルゴリズムの作成に取り組んでいました。
医療ロジックモジュールを用いてアルゴリズムを記述するための文法、すなわちアーデン構文が存在する。このようなアプローチにより、医師や医療機関間でのMLMの交換が可能になり、共通のツール群の充実につながるはずである。
医療アルゴリズムの本来の目的は、医療提供における意思決定を改善し、標準化することである。医療アルゴリズムは、治療計画の選択と適用を標準化するのに役立ち、アルゴリズムの自動化は潜在的なエラーの発生を減らすことを目的としている。例えば、集中治療スコアリングシステムのように、結果を予測しようとするものもある。
コンピュータ化された健康診断アルゴリズムは、タイムリーな臨床意思決定支援を提供し、エビデンスに基づいたガイドラインの遵守を向上させ、教育や研究のためのリソースとなり得る。
ベストプラクティスに基づいた医療アルゴリズムは、幅広い臨床ケア提供者を通じて標準化された治療を提供するすべての関係者を支援することができます。多くはプロトコルとして提示されており、必要に応じてプロトコルから逸脱することを確実にすることは、トレーニングにおける重要な課題です。現在の知識水準では、ヒントを生成したりガイドラインを作成したりすることは、作成者にとっては満足のいくものではないかもしれませんが、より適切な方法と言えるでしょう。
ほとんどの科学や医学と同様に、その内容が完全に検証可能ではなく、改善の余地がないアルゴリズムは、疑いの目で見るべきだ。
医療アルゴリズムから得られた計算結果は、臨床知識や医師の判断と比較検討し、それらによって調整されるべきである。