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内生菌は、病気の症状を引き起こすことなく、植物の組織内に内部共生菌として生息する微生物です。その一部は、成長の改善、病気や環境ストレスに対する抵抗力など、宿主に有益な効果をもたらす相利共生菌であり、微生物接種剤として使用されています。ただし、病原体や腐生菌も、ライフサイクルのある時点で内生菌になることがあります。内生菌は、完全に植物内に生息するという点で、菌根菌や根圏微生物とは異なります。知られている内生菌のほとんどは細菌または菌類ですが、内生藻類や卵菌類もいくつかあります。
このリストには、内生種を持つ属が含まれています (ただし、非内生種も含まれる場合があります)。種は、注目すべき場合にのみリストされています。種の特定の変種または栽培品種が内生である場合、これは分類群のページに詳細が記載されています。宿主範囲が「広い」とは、特定の植物系統だけを含まない場合です。その場合は、系統が示されています。
細菌
マメ科植物の根に生息する窒素固定細菌については、根粒菌 も参照してください。