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Index Fungorumは、菌類界のすべての正式名称（学名）を索引化する国際プロジェクトです。2015年現在、このプロジェクトはキュー王立植物園を拠点としており、ランドケア・リサーチ、中国科学院微生物研究所とともに3つのパートナー機関の一つとなっています。
これは、王立植物園も参加している国際植物名索引（IPNI）とある程度類似しています。違いは、IPNIが正しい名前を示していない場合でも、Index Fungorumは名前のステータスを示している点です。検索結果ページでは、現在正しい名前は緑色で、それ以外は青色で表示されます（一部の異常な名前の使用例は赤色で表示されます）。すべての名前は、正しい名前とシノニムのリストが記載されたページにリンクされています。
Index Fungorum は菌類命名委員会によって認められている 3 つの命名リポジトリの 1 つです。他の 2 つはMycoBankとFungal Namesです。[ 1 ] 2023 年現在、100 万を超える菌類名がこれら 3 つのデータベース全体で関連する出版物の永続識別子にリンクされており、Index Fungorum はこの取り組みに大きく貢献しています。[ 2 ]
菌類名の索引作成の歴史は19世紀初頭に遡り、Index Fungorum の作成につながるいくつかの注目すべき編纂が行われました。最も初期の包括的な試みの1つは、ピエル・アンドレア・サッカルドの「Sylloge Fungorum」（1882～1931年）で、これは既知のすべての菌類名とその記述をまとめることを目的としていました。20世紀には、フランツ・ペトラックの「Lists」（1920～1939年）がこの伝統を受け継ぎ、新しい菌類名と文献の包括的な索引を提供しました。[ 3 ]近年、Index Fungorum は出版後の索引作成から出版前の登録へと移行しています。この移行は、新しい菌類名と命名行為の記録プロセスを合理化することを目的としています。この移行の一環として、Index Fungorum は他の主要な分類学名登録機関と協力して、登録から出版までの自動化されたパイプラインを開発しています。[ 4 ]
Index Fungorum の発展は、さまざまな組織変更を経て辿ることができます。その起源は、1920 年に設立された帝国菌類局の取り組みにあり、同局は後に1948 年にコモンウェルス菌類研究所となりました。1986 年にCAB Internationalの一部となり、最終的に現在の Index Fungorum プロジェクトへと発展しました。[ 3 ] 2016 年現在、Index Fungorum システムをキュー王立植物園に移設し、国際植物名索引と並行して運用する計画が進められています。この移設により、植物名と菌類名の登録システム間のより緊密な統合が促進されると期待されています。[ 4 ]
2013年1月1日以降、藻類、菌類、植物の国際命名規約で義務付けられているように、新しい菌類名は発表前に認定リポジトリによって発行された識別子を引用しなければならない。この要件により、菌類分類学の分野におけるIndex Fungorumとその類似機関の重要性がさらに確固たるものとなった。[ 5 ]
Index Fungorum は、これまで有効に定義されたすべての菌類名の包括的なリストとなることを目指しています。これには、矛盾する可能性のある名前や、もはや使用されていない名前も含まれます。このデータベースは、科上から種内までのすべての階級における新しい分類群、新しい代替名、新しい組み合わせ、およびさまざまな種類のタイプ指定を含む、幅広い命名行為を網羅しています。また、歴史的に別々に扱われることがあった地衣類形成菌の名前も組み込まれています。 [ 3 ] [ 5 ] 2019 年 1 月1 日現在 、Index Fungorum は、以前に記載された分類群の種以下の階級における新しいタイプ指定も登録しています。これには、レクトタイプ指定、ネオタイプ指定、およびエピタイプ指定が含まれます。これらのタイプ指定行為は登録され、識別子は出版物に引用されなければなりません。[ 6 ]
Index Fungorum の主要部分は、これまで有効に定義されたすべての菌類名のグローバル リストとなることを意図していますが、その多くは矛盾していたり、もはや使用されていません。Species Fungorumは、 CABIの支援を受けてキュー王立植物園を拠点とする密接に関連したプロジェクトで、 Index Fungorum の名前の中から、現在有効として推奨できる一貫性のあるサブセットを決定することを目的としています。Index Fungorum または Species Fungorum リストのいずれかを個別に検索することができ、Index Fungorum の結果には、エントリが利用可能な場合は Species Fungorum への相互参照も表示されます。このような参照のない名前は、一般的に歴史的な興味の対象にすぎず、現在の使用には信頼できないと考えられます。[ 7 ] [ 8 ]
菌類名の包括的な索引を作成することには、いくつかの課題があります。これには、廃止された名前の処理、世界中のジャーナルから新しい名前を検索する難しさ、および記載される新しい菌類分類群の増加に対応する必要性などが含まれます。電子データベースの開発はこれらの問題の一部に対処するのに役立っていますが、この作業は複雑で継続中です。[ 3 ]データ形式を標準化し、他のシステムとの相互運用性を向上させるために、Index Fungorum は、新しい名前やその他の命名行為の登録と索引付けの基本標準としてTaxon Concept Schema を採用する予定です。 [ 4 ]
菌類の名称をまとめる上で特に難しいのは、「ロングテール」問題です。これは、多くの名称が小規模で無名の出版物に掲載されているという問題です。そのため、特に古い出版物に関しては、文献を完全に網羅することが困難になります。[ 2 ]
Index Fungorum は、データベース内のレコードにライフサイエンス識別子 (LSID)を提供します。この機能は、異なるデータベースや出版物間で真菌の分類群を一意に識別し、参照するのに役立ちます。Index Fungorum は、登録のためのXMLベースのマシン間ワークフローを開発しています。この自動化されたプロセスは、出版社のシステムと連携するように設計されており、真菌名の出版前登録を効率的に行うことができます。このシステムは、複数の分類名レジストリ間で標準化された登録プロセスを作成するためのより広範な取り組みの一部です。[ 4 ] 2020 年までに MycoBank が主要な登録システムとして台頭し、新たに記載された分類群の 97.7% が登録番号にこれを利用していますが、Index Fungorum は、真菌名に関する一般的な命名情報を照会するための広く使用されているシステムとして、重要な補完的役割を果たしています。この 2 つのデータベース間の補完的な関係は、菌類学コミュニティ内のさまざまなニーズを満たすのに役立ちます。[ 9 ]
菌類の名称登録の概念は、時間の経過とともに進化してきました。近年では、MycoBankのようなオンライン登録システムが開発され、Index Fungorumと連携して、新しい菌類の名称が適切に記録され、科学コミュニティに利用可能になるようにしています。[ 3 ]
Index Fungorum は、データベースを検索してレコードを取得するためのSOAPプロトコルWeb サービスも提供しています。サービスを記述したWSDLファイルが利用可能です。 [ 10 ] Index Fungorum は、科学データの効果的な共有と利用に必要なFAIR データ原則 (Findable、Accessible、Interoperable、Reusable)に準拠しています。この取り組みにより、研究者にとってのデータベースの有用性と、他の生物多様性情報リソースとの統合が強化されます。[ 6 ] Index Fungorum は、菌類の国際命名委員会によって認められている、菌類名の 3 つの公式レジストリの 1 つです。MycoBank および Fungal Names と並んでいます。これら 3 つのリポジトリは、プラットフォーム間の一貫性を維持するために、毎月データを同期しています。このシステムにより、菌類コミュニティは最新かつ調和のとれた命名情報にアクセスできるようになります。これらのリポジトリ間の連携は、菌類命名法の標準化とアクセス性において大きな進歩を表しています。[ 5 ]
菌類の命名法データの正確な記録と検索を容易にするため、Index Fungorum は標本メタデータの特定の標準を推奨しています。これには、採集場所、生息地、基質、採集日、保管場所情報に関する詳細情報が含まれます。これらの標準は、データベースが分類学者や他の研究者に包括的で有用な情報を提供することを保証するのに役立ちます。[ 6 ]