原核生物の命名に関する国際規約

原核生物の国際命名規約（ICNP）または原核生物規約（旧称：細菌の国際命名規約（ICNB）または細菌学規約（BC））は、細菌と古細菌の学名を規定しています。^{[ 1 ] [ 2 ]}これは、細菌の分類群を相対的な階級に従って命名するための規則を示しています。そのため、生物学の命名規約の1つです。

当初、国際植物命名規約は細菌も対象としており、1975年の国際植物学会議で細菌に関する記述が削除されるまで、細菌に関する記述は残されていた。細菌の命名に関する初期の規約は、1947年の第4回国際微生物学会議で承認されたが、後に破棄された。

書籍として出版された最新版は1990年改訂版^{[ 3 ]}ですが、この本は現在の規則を反映していません。2008年および2022年の改訂版は、International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM)に掲載されています^{[ 2 ]} 。規則は、国際原核生物分類委員会(ICSP; 旧国際細菌分類委員会、ICSB)によって維持されています。

細菌名の基準は、1980年を起点とする承認リスト^{[ 4 ]}です。新しい細菌名は、ICSPによって命名規則に準拠しているかどうかが審査され、IJSEMに掲載されます。

1975年以降、ほとんどの細菌は細菌分類体系で分類されていました。しかし、シアノバクテリアは依然として植物分類体系で分類されていました。1999年からは、シアノバクテリアは植物分類体系と細菌分類体系の両方で分類されるようになりました。この状況は、シアノバクテリアの命名上の問題を引き起こしました。^{[ 5 ] [ 6 ]} 2020年までに、この状況を解決するための3つの提案がありました。

1. シアノバクテリアを細菌分類から除外する。^{[ 7 ]}
2. 細菌学的コードをすべてのシアノバクテリアに適用する。^{[ 8 ]}
3. 植物学規約に基づく有効な出版物は、細菌学規約に基づく有効な出版物として扱う。^{[ 9 ]}

2021年にICSPは3つの提案について正式な投票を行い、3番目のオプションが選ばれた。^{[ 10 ]}

2001 年以降、新しい細菌または古細菌種が記載される際には、タイプ株を指定しなければならない。^{[ 11 ]}タイプ株は、その生物の学名が正式に付与された生きた培養物である。新しい種名が有効に発表されるためには、タイプ株が少なくとも 2 か国の公共培養コレクションに寄託されていなければならない。 ^{[ 12 ]} 2001 年以前は、記載、保存標本、または図を使用して種をタイプ指定することもできた。^{[ 11 ]}各原核生物種には 1 つのタイプ株があるが、異なる培養コレクションでは同じ株に固有の名前を指定することができる。例えば、大腸菌のタイプ株（元々は株U5/41）は、アメリカ培養細胞コレクションではATCC 11775 、ドイツ微生物細胞培養コレクションではDSM 30083 、日本微生物コレクションではJCM 1649 、ベルギー微生物協調コレクションではLMG 2092と呼ばれている。^{[ 13 ] [ 14 ]}

原核生物種が実験室で培養できない場合（したがって培養コレクションに寄託できない場合）、暫定的なCandidatus名が付けられるが、有効に発表されたとはみなされない。^{[ 15 ]} 2024 年以降、これらの名前は「有効に発表される」ことができ、「正当」かつ「正確」になることができる。これには、名前が有効な発表の既存の要件のほとんどを満たす必要がある（同様に、正当性と正確性についても満たす必要がある）が、規則 30 の培養寄託は、規則 30 の要件を満たさない生きた培養物、保存された標本、 INSDCに寄託された配列決定済みゲノム、または INSDC に寄託された単一遺伝子配列に置き換えることができる。正当に発表されたCandidatus名は優先権をめぐって互いに競合するが、「真の」正当な名前とは競合しない。^{[ 16 ]}

有効な出版メカニズムが導入される前は、Candidatus名の検証は、ICSP とは別の組織である国際微生物生態学会が 2022 年に発行した配列データから記述された原核生物の命名規約( SeqCode ) に委ねられていました。 ^{[ 17 ]}

ルールにおける顕著な違い：

• ハイフネーションは認められません。既にハイフネーションされていた名称と新しい複合語は、単純に連結する必要があります。^{[ 18 ]：規則12a}
• 発音記号は許可されていません。発音記号付きの一部の文字には、固定の2文字の代替文字があります。^{[ 18 ]：規則64}深セン規則60.7のように、ダイアレシス（ë）を明確にするための例外規定はありません。^{[ 19 ]}

推奨される実施方法における顕著な違い：

• 学名は「異なる書体、例えばイタリック体、またはその他の何らかの手段によって」区別することが推奨される。イタリック体は必須ではない。^{[ 18 ]： 4.A.(3)}
  • ICNPには、階級別のイタリック体表記に関する規則はありません。多くの出版社は属名と種名のみをイタリック体にしていますが、関連団体であるIJSEMおよびICNP本文では、すべての学名をイタリック体に表記しています（ Candidatus固有の書式設定を除く）。
  • イタリック体の学名に続くラテン語の単語または略語は、イタリック体にしてはいけません。ローマン体（標準体）で表記するか、区別が必要な場合は太字にすることができます。^{[ 18 ]：規則33a：注2}
• 著者の引用用語exは括弧で囲み、「 Taxon (ex 以前の) Later 」の形式で使用します。その後の改訂は、「 Taxon (Later ex 以前の) Subsequent」の形式で引用する必要があります。nonも括弧で囲み、「 Achromobacter Yabuuchi and Yano 1981 (non Achromobacter Bergey et al. 1923 )」のように使用します。^{[ 18 ] : 4.B.(3)}

• ブキャナン、RE、およびラルフ・セント・ジョン＝ブルックス。（1947年6月）（編集者）。細菌命名法の提案コード。第3回国際微生物学会議の会議で国際細菌命名法委員会によって承認された提案に基づいて作成。総会で出版が承認、pp.  61。アイオワ州立大学出版局、エイムズ、アイオワ州。米国HathiTrust。
• Buchanan RE、St、John-Brooks R、Breed RS (1948)。「国際細菌命名規約」。Journal of Bacteriology。55 ( 3): 287–306。doi : 10.1128 / jb.55.3.287-306.1948。PMC 518444。PMID 16561459。  {{cite journal}}: CS1 maint: 複数の名前: 著者リスト (リンク) 1949 年、Journal of General Microbiology 3、444–462 に再録。
• 国際細菌命名委員会。（1958年6月）。細菌およびウイルスの国際命名規約。アイオワ州立大学出版局、エイムズ。BHL。
• Lapage, SP、Sneath, PHA、Lessel, EF、Skerman, VBD、Seeliger, HPR、Clark, WA (1975).細菌の国際命名規約。1975年改訂版。米国微生物学会、ワシントンDC
• Lapage, SP、Sneath, PHA、Lessel, EF、Skerman, VBD、Seeliger, HPR、Clark, WA (1992)。細菌命名国際規約。細菌学規約。1990年改訂版。米国微生物学会、ワシントンDCリンク。
• Parker, CT、Tindall, BJ、Garrity, GM 編 (2019).原核生物命名国際規約。原核生物規約 (2008 改訂版) . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 69(1A): S1–S111. doi: 10.1099/ijsem.0.000778
• Oren, Aharon; Arahal, David R.; Göker, Markus; Moore, Edward RB; Rossello-Mora, Ramon; Sutcliffe, Iain C. (2023年5月1日). "原核生物の国際命名規約。原核生物コード（2022年改訂版）" . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 73 (5a). doi : 10.1099/ijsem.0.005585 . hdl : 10261/338243 . PMID 37219928 . 

• 科学命名法の用語集
• 国際ウイルス分類委員会
• 微生物学会
• 配列データから記述された原核生物の命名規約–別システム

• 国際系統進化微生物学ジャーナルオンライン
• Tindall BJ (1999年7月)「細菌学的コードの誤解」Int. J. Syst. Bacteriol . 49 (3): 1313–6 . doi : 10.1099/00207713-49-3-1313 . PMID 10425796 . 
• 命名法において正式な地位を有する原核生物の名称一覧
• NamesforLifeが提供する原核生物命名法の検索