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ホロタイプとは、生物の唯一の実物標本（または図版）であり、その生物種（または下位分類群）が正式に記載された際に使用された標本である。ホロタイプは、唯一の実物標本（または図版）である場合もあれば、複数の標本の中から明示的にホロタイプとして指定された場合もある。国際動物命名規約（ICZN）では、命名基準となる標本にはいくつかの種類があり、ホロタイプはその一つである。
植物学や菌類学において、アイソタイプとはホロタイプの複製であり、一般的には同じ個体植物の断片、あるいは同じ遺伝的個体のサンプルである。藻類、菌類、植物の国際命名規約（ICN）と国際動物命名規約（ICZN）の間では、タイプの定義は意図は似ているものの、用語や根底にある概念は同一ではない。例えば、チョウの一種であるPlebejus idas longinusのホロタイプは、ハーバード大学比較動物学博物館が所蔵する、その亜種の保存標本である。
ホロタイプは必ずしもその分類群の「典型」である必要はありませんが、理想的にはそうであるべきです。特に化石の場合、生物の断片がホロタイプとなることもあります。例えば、白亜紀前期の大型草食恐竜であるペロロサウルス・フメロクリスタトゥス（デュリアティタン）のホロタイプは、ロンドンの自然史博物館に保管されている化石の脚の骨です。たとえその後、より良い標本が発見されたとしても、ホロタイプは無効にはなりません。
ICNの下では、元の標本が明らかに曖昧または不十分な場合、第9.8条に基づき、追加の明確化タイプをエピタイプとして指定することができる。
保存タイプ（ICN第14.3条）は、誤って適用された名称の問題を修正するために用いられることがあり、この標本は元のホロタイプに取って代わるものである。
ホロタイプが存在しない場合、状況に応じて、レクトタイプまたはネオタイプなど、さまざまな種類のタイプの中から別のタイプが選択されることがあります。
例えば、ICNとICZNの両方において、ネオタイプとは、元のホロタイプが存在しない場合に後から指定されたタイプのことです。さらに、ICZNでは、ホロタイプが近縁種と区別するために必要な重要な診断的特徴を欠いていることが判明した場合、委員会はホロタイプをネオタイプに置き換える権限を与えられています。例えば、ワニのような主竜類爬虫類であるParasuchus hislopi Lydekker , 1885は、前上顎吻（吻部の一部）に基づいて記載されましたが、これはもはやParasuchusを近縁種と区別するのに十分ではありません。そのため、 Parasuchus hislopiという名前は疑問名となりました。インド系アメリカ人の古生物学者Sankar Chatterjeeは、新しいタイプ標本、つまり完全な骨格を指定することを提案しました。[ 1 ]国際動物命名委員会はこの件を検討し、元のタイプ標本を提案されたネオタイプに置き換えることに同意しました。 [ 2 ]
原標本が失われた場合の新タイプ標本の指定手続きは、ホロタイプとして指定された標本が野生に残された生きた個体であった最近の注目度の高い種記載（例えば、オマキザル属Cebusの新種[ 3 ]、ハナアブMarleyimyia xylocopae種、またはアルナーチャルマカクMacaca munzala [ 4 ]）において適用される。このような場合、研究に利用できる実際のタイプ標本はなく、種の同一性に何らかの曖昧さが認識された場合、後続の著者は、新タイプの指定を可能にする ICZN 規約のさまざまな条項を援用することができる可能性がある。 ICZN第75.3.7条[ 5 ]では、ネオタイプの指定には「ネオタイプが、名前が明記された研究コレクションを維持し、命名タイプを保存するための適切な設備を備え、研究に利用できるようにしている、認められた科学または教育機関の所有物である、または出版後直ちにその所有物となった」という声明を添えなければならないと規定しているが、ホロタイプにはそのような要件はない。
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