アンボンは、アンボン島と近隣の10の島々からなるオランダ東インド会社の管轄区域でした。 [ 1 ]スティーブン・ファン・デル・ハーゲンは、 1605年2月22日にオランダ東インド会社の名の下にポルトガルからビクトリア砦を奪取しました。1619年まで、アンボンは東アジアにおけるオランダ領の首都として機能しました。同年、アジアにおけるオランダ東インド会社の主要港として機能するためにバタビアが建設されました。この島は19世紀までクローブ生産の世界的中心地でした。オランダは、アンボンでの独占を確保するために、支配下にある他のすべての島でのクローブの栽培を禁止しました。

1513年、ポルトガル人はヨーロッパ人として初めてアンボン島に上陸し、テルナテ島からの追放後、マルク諸島におけるポルトガル人の活動の新たな中心地となった。[ 2 ]しかし、ポルトガル人は島の北海岸に住む先住民のイスラム教徒、特にジャワ島北海岸の主要港湾都市と交易や宗教的なつながりを持っていたヒトゥ族から定期的に攻撃を受けた。彼らは1521年に商館を設立したが、1580年まで平和的にその所有権を得ることはできなかった。実際、ポルトガル人は香辛料の現地貿易を支配することができず、近くのナツメグ生産の中心地であるバンダ諸島に対する支配権を確立しようとした試みも失敗に終わった。しかし、クレオール貿易言語であるポルトガル語は19世紀まで話され続け、多くの家族が今でもポルトガル語の名前を持ち、ポルトガル人の祖先を主張している。[ 3 ]
1605年2月22日、スティーブン・ファン・デル・ハーゲンが一発の銃声も発することなくビクトリア砦を占領し、ポルトガル人はオランダ人に追放された。アンボンは、オランダ人がバタビア(現在のジャカルタ)を建設するまでの1610年から1619年まで、オランダ東インド会社(VOC)の本部であった。[ 4 ] 1615年頃、イギリス人が島にカンベロの入植地を建設し、それは1623年まで続いた。
1623年、オランダは、東インド会社(VOC)に雇われた日本人傭兵が、イギリス商人と共謀してビクトリア砦を占拠し、総督を暗殺しようと企てていたことを突き止めた。尋問中、容疑者のほとんどは水責めに遭った。自白した者のうち、VOCの傭兵10人とイギリス東インド会社の従業員10人が反逆罪で有罪となり、地元のオランダの裁判所で処刑された。[ 5 ]イギリスの要請により、関係した裁判官はオランダに召還され裁判にかけられたが、最終的に(1632年に)合法的に行動したと判断された。数十年後、オリバー・クロムウェルはこの事件を誇張したバージョンを「アンボイナ虐殺」と呼び、第一次英蘭戦争(1652年)と第二次英蘭戦争(1665年)を開始するための口実の一つとして利用した[ 6 ]。一方、ジョン・ドライデンは、第三次英蘭戦争中のドーバー秘密条約のイギリス側交渉担当者の一人の依頼で、悲劇『アンボイナ、あるいはオランダ人によるイギリス商人への残虐行為』を執筆した[ 7 ]。17世紀の、罪のない商人たちを意図的かつ残虐に虐殺したというプロパガンダは、現代の通俗的な歴史物語にも見られる[ 8 ]。
1795年、オランダ共和国の領土内にフランス軍の支援を受けてバタヴィア共和国が建国された。当時の総督であったオラニエ公ウィリアム5世は、キュー書簡でイギリスに対し、オランダ植民地を一時的に占領するよう要請した。実際、1796年、イギリス海軍提督レーニアーはアンボンへ航海し、植民地を占領した。アンボン総督アレクサンダー・コルナベはこれを受け入れた。1802年のアミアン条約で領土はオランダに返還されたが、その間にオランダ東インド会社が国有化されていたため、アンボンはバタヴィア共和国、そして後にオランダ王国の植民地となった。
アンボンは1810年にイギリスによって奪還されたが、 1814年の英蘭条約により再びオランダに返還された。その後、オランダ領東インドの一部としてオランダ王国の植民地であり続けたが、1949年にモルッカ諸島はインドネシアに移管された。その際、モルッカ諸島の人々は新国家への参加を選択することも、参加しないことも選択できるという合意がなされた。独立宣言後、1950年にインドネシア軍がアンボン侵攻の際にモルッカ諸島を侵略した。
南緯3度40分0秒 東経128度10分0秒/南緯3.66667度 東経128.16667度/ -3.66667; 128.16667