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| GcvB RNA | |
|---|---|
 | |
| 識別子 | |
| シンボル | GCvB |
| Rfam | RF00022 |
| その他のデータ | |
| RNAタイプ | 遺伝子 |
| ドメイン | 細菌 |
| それで | 0000379 00000000 |
| PDB構造 | PDBe |
gcvB RNA遺伝子は、多数のアミノ酸輸送システムおよびアミノ酸生合成遺伝子の調節に関与する小さな非コードRNAをコードしている。GcvB遺伝子は大腸菌などの腸内細菌に見られる。GcvBは、調節される各遺伝子のmRNAのアンチセンス結合パートナーとして働くことによって遺伝子を調節する。この結合は、Hfqと呼ばれるタンパク質への結合に依存する。GcvB RNAの転写は、隣接するGcvA遺伝子によって活性化され、GcvR遺伝子によって抑制される。[1] Y. pestisからのGcvB RNAの欠失は、コロニーの形状を変化させ、成長を低下させた。[2]遺伝子欠失によって、GcvBは大腸菌の酸耐性の調節因子であることが示されている。GcvBは、代替シグマ因子RpoSのレベルを上方制御することによって、細菌の低pHでの生存能力を高める。[3] GcvBのポリマー型が最近同定されました。[要出典] GcvBと小さなRNA SroCの相互作用はRNase EによるGcvBの分解を誘発し、標的遺伝子のGcvBを介したmRNA抑制を解除します。[4]
GcvBのターゲット
GcvB は、大腸菌およびサルモネラ属の多数の遺伝子を制御することが示されています。GcvB は、それぞれオリゴペプチドおよびジペプチドを輸送する Oppa および DppA に結合することが示されています。 [5] [6]また、さまざまなアミノ酸の取り込みに関与する gltL、argT、STM、livK、livJ、brnQ、sstT、および cycA を制御することも示されています。[7] [8] [9] GcvB RNA は、ilvC、gdhA、thrL、および serA など、アミノ酸生合成に関与するさまざまな遺伝子の制御にも関与しています。[10] GcvB RNA は、マグネシウム恒常性に関与する2 成分システムをコードする PhoPQ mRNA に結合します。[11]
重合
大腸菌GcvBがポリマーを形成できるという証拠がある。天然ポリアクリルアミドゲル電気泳動法を用いて、潜在的なポリマーに相当する高分子量のバンドが示された。[12]次に 透過型電子顕微鏡法を用いて、ポリマーの糸状構造を特定した。しかし、著者らは、これらの長い糸が生理学的に関連性がある可能性は低いと示唆している。最初のステムループを含む最初の61ヌクレオチドのみを含むコンストラクトが、重合に十分であることが示された。同様の結果が最近、DsrA RNAでも示された。[13]重合の生理学的関連性は不明である。
種の分布
GcvB RNAは、以下の細菌を含む様々な細菌に存在します。[14]
参考文献
- ^ Urbanowski, ML; Stauffer LT; Stauffer GV (2000). 「gcvB 遺伝子は、大腸菌におけるジペプチドおよびオリゴペプチド輸送システムの発現に関与する小さな非翻訳 RNA をコードしている」。Mol Microbiol . 37 (4): 856–868. doi : 10.1046/j.1365-2958.2000.02051.x . PMID 10972807. S2CID 811119.
- ^ ab McArthur SD 、Pulvermacher SC 、Stauffer GV (2006)。「Yersinia pestis gcvB 遺伝子は 2 つの小さな調節 RNA 分子をエンコードします」。BMC Microbiol。6 : 52。doi : 10.1186 / 1471-2180-6-52。PMC 1557403。PMID 16768793。
- ^ Jin Y、Watt RM、Danchin A 、 Huang JD (2009)。 「小さな非コードRNA GcvBは大腸菌の酸耐性の新たな調節因子である」 。BMC Genomics。10 : 165。doi : 10.1186 / 1471-2164-10-165。PMC 2676305。PMID 19379489。
- ^ Miyakoshi, Masatoshi; Chao, Yanjie; Vogel, Jörg (2015-06-03). 「GcvB小分子RNAの標的mRNA由来スポンジを介したABCトランスポーターmRNA間のクロストーク」. The EMBO Journal . 34 (11): 1478–1492. doi :10.15252/embj.201490546. ISSN 1460-2075. PMC 4474525. PMID 25630703 .
- ^ Urbanowski ML、Stauffer LT、Stauffer GV (2000 年 8 月)。「gcvB 遺伝子は、大腸菌におけるジペプチドおよびオリゴペプチド輸送システムの発現に関与する小さな非翻訳 RNA をコードします」。Mol . Microbiol . 37 (4): 856–868. doi : 10.1046/j.1365-2958.2000.02051.x . PMID 10972807. S2CID 811119.
- ^ Pulvermacher SC、Stauffer LT、Stauffer GV (2009 年 1 月)。「GcvB による oppA および dppA mRNA の調節における Escherichia coli Hfq タンパク質の役割」。 微生物学。155 ( Pt 1): 115–123。doi : 10.1099/mic.0.023432-0。PMID 19118352。
- ^ Sharma CM、Darfeuille F、Plantinga TH、Vogel J (2007 年 11 月)。「小さな RNA がリボソーム結合部位の内部および上流の C/A に富む要素を標的にして、複数の ABC トランスポーター mRNA を制御する」。Genes Dev . 21 ( 21 ): 2804–2817。doi : 10.1101/gad.447207。PMC 2045133。PMID 17974919。
- ^ Pulvermacher SC、Stauffer LT、Stauffer GV (2009 年 1 月)。「小分子 RNA GcvB は大腸菌における sstT mRNA 発現を制御する」。J . Bacteriol . 191 (1): 238–248. doi :10.1128/JB.00915-08. PMC 2612445. PMID 18952787 .
- ^ Pulvermacher SC、Stauffer LT、Stauffer GV (2009 年 1 月)。「大腸菌における cycA の調節における sRNA GcvB の役割」。 微生物学。155 (パート 1): 106–114。doi : 10.1099 /mic.0.023598-0。PMID 19118351。
- ^ Vogel J (2009年1月). 「サルモネラの非コードRNAワールドへの大まかなガイド」. Mol. Microbiol . 71 (1): 1–11. doi :10.1111/j.1365-2958.2008.06505.x. hdl : 11858/00-001M-0000-000E-C124-A . PMID 19007416. S2CID 205366563.
- ^ Coornaert, A; Chiaruttini, C; Springer, M; Guillier, M (2013年1月). 「複数のsRNAによる大腸菌PhoQ-PhoP二成分系の転写後制御にはGcvBの新規ペアリング領域が関与する」. PLOS Genetics . 9 (1): e1003156. doi : 10.1371/journal.pgen.1003156 . PMC 3536696. PMID 23300478 .
- ^ Busi F、Cayrol B、Lavelle C、LeDerout J、Piétrement O、Le Cam E、Geingenaud F、Lacoste J、Régnier P、Arluison V (2009)。 「ノンコーディングRNAの新たな制御機構としての自動集合」。細胞周期。8 (6): 952–954。土井: 10.4161/cc.8.6.7905。PMID 19221499。
- ^ Cayrol B, Geinguenaud F, Lacoste J, et al. (2009). 「E. coli DsrA 小型非コード RNA の自動アセンブリ: 分子特性と機能的影響」. RNA Biol . 6 (4): 434–445. doi : 10.4161/rna.6.4.8949 . PMID 19535898.
- ^ Pulvermacher SC、Stauffer LT、Stauffer GV (2008 年 4 月)。「大腸菌における oppA および dppA の GcvB/mRNA 転写後制御における小型制御 RNA GcvB の役割」。FEMS Microbiol. Lett . 281 (1): 42–50. doi :10.1111/j.1574-6968.2008.01068.x. PMID 18312576。
- ^ Gulliver, Emily L.; Wright, Amy; Lucas, Deanna Deveson; Mégroz, Marianne; Kleifeld, Oded; Schittenhelm, Ralf B.; Powell, David R.; Seemann, Torsten; Bulitta, Jürgen B. (2018年5月). 「グラム陰性細菌病原体 Pasteurella multocida における小分子RNA GcvB レギュロンの決定および GcvB シード結合領域の同定」. RNA . 24 (5): 704–720. doi :10.1261/rna.063248.117. ISSN 1469-9001. PMC 5900567. PMID 29440476 .
さらに読む
- Busi F、Le Derout J、Cerciat M、Régnier P、Hajnsdorf E (2010 年 7 月)。 「二次推定RNA-RNA相互作用部位は大腸菌におけるGcvB媒介のoppA mRNA制御に関連しているのか?」ビオキミー。92 (10): 1458–1461。土井：10.1016/j.biochi.2010.06.020。PMID 20603180。
- Stauffer LT、Stauffer GV (2005 年 1 月)。「GcvA は RNA ポリメラーゼのアルファおよびシグマサブユニットの両方と相互作用し、大腸菌 gcvB 遺伝子および gcvTHP オペロンを活性化します」。FEMS Microbiol. Lett . 242 (2): 333–338. doi : 10.1016/j.femsle.2004.11.027 . PMID 15621456。
- Yang, Q; Figueroa-Bossi, N; Bossi, L (2014 年 1 月)。「細菌の 小さな調節 RNA によるACA モチーフの翻訳促進とサイレンシング」。PLOS Genetics。10 ( 1 ): e1004026。doi : 10.1371/ journal.pgen.1004026。PMC 3879156。PMID 24391513。
外部リンク
- Rfamの GcvB RNA のページ