エクソカルタ

エクソカルタ
コンテンツ
説明	エクソソームタンパク質、RNA、脂質データベース
接触
研究センター	ラ・トローブ分子科学研究所
著者	スレシュ・マティヴァナン
アクセス
Webサイト	http://www.exocarta.org

ExoCartaは、エクソソームタンパク質、RNA、脂質を手動でキュレーションしたデータベースです。^[1]^[2]

エクソソームは細胞由来の小胞で、血液、尿、細胞培養の培地など、多くの、おそらくすべての生体液に存在します。^[3]^{[4]報告されているエクソソームの直径は30～100 nmで、}LDLより大きいですが、赤血球などよりもはるかに小さいです。エクソソームは、多小胞体が細胞膜と融合したときに細胞から放出されるか、または細胞膜から直接放出されます。^[5]エクソソームには特殊な機能があり、凝固、細胞間シグナル伝達、老廃物管理などで重要な役割を果たしていることがますます明らかになっています。 ^[3]その結果、エクソソームの臨床応用への関心が高まっています。エクソソームは、健康や病気の予後、治療、バイオマーカーに使用できる可能性があります。

エクソソームのバイオインフォマティクス解析

エクソソームには、起源細胞の種類を反映したRNA、タンパク質、脂質、代謝物が含まれています。エクソソームには、タンパク質、核酸、脂質、糖、および関連複合体を含む多数の生理活性分子が含まれているため、プロテオミクスやトランスクリプトミクスを含む大規模な分析が頻繁に行われます。^{[6]現在、これらのデータを分析するために、FunRich}^[7]などの非商用ツールを使用して、過剰に表現されている分子のグループを特定できます。

参考文献

^ Mathivanan, Suresh; Fahner Cassie J; Reid Gavin E; Simpson Richard J (2011年10月). 「ExoCarta 2012: エクソソームタンパク質、RNA、脂質のデータベース」. Nucleic Acids Research . 40 (データベース号): D1241–4. doi :10.1093/nar/gkr828. PMC 3245025. PMID 21989406 .
^ Mathivanan S 、 Simpson RJ (2009)。「ExoCarta: エクソソームタンパク質とRNAの概要」。プロテオミクス。9 ( 21): 4997–5000。doi :10.1002/pmic.200900351。PMID 19810033。S2CID 22275212。
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^ Rudraprasad, Dhanwini; Rawat, Aadish; Joseph, Joveeta (2022-01-01). 「エクソソーム、細胞外小胞、そして眼」。Experimental Eye Research . 214 : 108892. doi :10.1016/j.exer.2021.108892. ISSN 0014-4835. PMID 34896308. S2CID 245028439.
^ Pathan, M; Keerthikumar, S; Ang, CS; Gangoda, L; Quek, CY; Williamson, NA; Mouradov, D; Sieber, OM; Simpson, RJ; Salim, A; Bacic, A; Hill, A; Stroud, DA; Ryan, MT; Agbinya, JI; Mariadasson, JM; Burgess, AW; Mathivanan, S (2015). 「テクニカルブリーフ funrich: オープンアクセスのスタンドアロン機能エンリッチメントおよび相互作用ネットワーク分析ツール」.プロテオミクス. 15 (15): 2597–601. doi :10.1002/pmic.201400515. PMID 25921073. S2CID 28583044.

外部リンク

公式サイト

[pmid21989406-1] Mathivanan, Suresh; Fahner Cassie J; Reid Gavin E; Simpson Richard J (2011年10月). 「ExoCarta 2012: エクソソームタンパク質、RNA、脂質のデータベース」. Nucleic Acids Research . 40 (データベース号): D1241–4. doi :10.1093/nar/gkr828. PMC 3245025. PMID 21989406 .

[pmid19810033-2] Mathivanan S 、 Simpson RJ (2009)。「ExoCarta: エクソソームタンパク質とRNAの概要」。プロテオミクス。9 ( 21): 4997–5000。doi :10.1002/pmic.200900351。PMID 19810033。S2CID 22275212。

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[Keller-4] Keller S; Sanderson MP; Stoeck A; Altevogt P (2006). 「エクソソーム：生合成と分泌から生物学的機能まで」. Immunol. Lett . 107 (2): 102–8. doi :10.1016/j.imlet.2006.09.005. PMID 17067686.

[Booth2006-5] Booth AM; Fang Y; Fallon JK; Yang JM; Hildreth JE; Gould SJ (2006). 「T 細胞膜のエンドソーム様ドメインからのエクソソームと HIV Gag 芽」J. Cell Biol . 172 (6): 932–935. doi :10.1083/jcb.200508014. PMC 2063735. PMID 16533950 .

[6] Rudraprasad, Dhanwini; Rawat, Aadish; Joseph, Joveeta (2022-01-01). 「エクソソーム、細胞外小胞、そして眼」。Experimental Eye Research . 214 : 108892. doi :10.1016/j.exer.2021.108892. ISSN 0014-4835. PMID 34896308. S2CID 245028439.

[pmid25921073-7] Pathan, M; Keerthikumar, S; Ang, CS; Gangoda, L; Quek, CY; Williamson, NA; Mouradov, D; Sieber, OM; Simpson, RJ; Salim, A; Bacic, A; Hill, A; Stroud, DA; Ryan, MT; Agbinya, JI; Mariadasson, JM; Burgess, AW; Mathivanan, S (2015). 「テクニカルブリーフ funrich: オープンアクセスのスタンドアロン機能エンリッチメントおよび相互作用ネットワーク分析ツール」.プロテオミクス. 15 (15): 2597–601. doi :10.1002/pmic.201400515. PMID 25921073. S2CID 28583044.