酵素委員会番号

酵素委員会番号（EC番号）は、酵素が触媒する化学反応に基づいた酵素の数値分類体系です。^[1]酵素命名法のシステムとして、すべてのEC番号は、対応する酵素触媒反応の推奨名に関連付けられています。

EC番号は酵素ではなく、酵素触媒反応を指定します。異なる酵素（たとえば異なる生物由来）が同じ反応を触媒する場合、同じEC番号が割り当てられます。^[2]さらに、収斂進化により、完全に異なるタンパク質フォールドが同一の反応を触媒する可能性があり（これらは非相同性同機能酵素と呼ばれることもあります）、^[3] そのため、同じEC番号が割り当てられます。対照的に、UniProt識別子は、アミノ酸配列によってタンパク質を一意に指定します。^[4]

数字の形式

すべての酵素コードは、文字「EC」とそれに続くピリオドで区切られた 4 つの数字で構成されています。これらの数字は、酵素の段階的に細かい分類を表します。予備的な EC 番号が存在し、4 番目の数字 (シリアル) の一部に「n」が含まれています (例: EC 3.5.1.n3)。^[2]

たとえば、トリペプチドアミノペプチダーゼのコードは「EC 3.4.11.4」で、その成分は次の酵素グループを示します。

EC 3酵素は加水分解酵素（水を使って他の分子を分解する酵素）です。
EC 3.4はペプチド結合に作用する加水分解酵素である
EC 3.4.11は、ポリペプチドからアミノ末端アミノ酸を切断する加水分解酵素である。
EC 3.4.11.4はトリペプチドからアミノ末端を切断するものである。

トップレベルコード

注意：酵素分類番号は「フォーマット番号」とは異なります。

反応の類似性

酵素反応間の類似性は、結合変化、反応中心、または部分構造メトリクス（旧EC-BLAST、現在はEMBL-EBI酵素ポータル）を使用して計算できます。^[6]

歴史

EC 番号システムが開発される前は、酵素は恣意的に命名されており、古い黄色酵素やリンゴ酸酵素など、どのような反応が触媒されたのかほとんど、あるいは全く分からない名前が一般的に使用されていました。これらの名前のほとんどは使われなくなっていますが、ペプシンやパパインなど、特に特異性が非常に低いタンパク質分解酵素は、特異性に基づく合理的な分類が非常に困難であったため、現在でも使用されています。

1950年代までには混乱が耐え難いものとなり、Hoffman-Ostenhof ^[7]と Dixon と Webb ^{[8] が}酵素触媒反応の分類にやや類似した体系を提案した後、 1955年にブリュッセルで開催された国際生化学会議は、 Malcolm Dixon を委員長とする酵素委員会を設置した。最初のバージョンは1961年に出版され、酵素委員会はその時点で解散したが、その名前はEC 番号という用語で今も残っている。現在の第6版は、国際生化学および分子生物学連合によって1992年に出版され、印刷本として出版された最後のバージョンであり、3196種類の酵素が含まれている。補足1～4は1993～1999年に出版された。^[5] 2018年8月、IUBMBはトランスロカーゼを含む最上位のEC 7カテゴリーを追加してシステムを修正しました。^[9]

参照

EC番号一覧
酵素一覧
TC番号（膜輸送タンパク質の分類）

参考文献

^ Webb, EC (1992).酵素命名法 1992: 酵素の命名法と分類に関する国際生化学および分子生物学連合命名法委員会の勧告。Academic Press。ISBN 978-0-12-227164-9。
^ ab “ENZYME (Enzyme nomenclature database)” ExPASy. 2019年3月21日時点のオリジナルよりアーカイブ。2019年4月24日閲覧。
^ Omelchenko MV、Galperin MY、Wolf YI 、 Koonin EV (2010)。「非相同性同機能酵素：酵素進化における代替ソリューションの体系的分析」。Biology Direct。5 ( 1 ) : 31。doi ： 10.1186 / 1745-6150-5-31。PMC 2876114。PMID 20433725。
^ アプワイラー R、バイロック A、ウー CH、バーカー WC、ベックマン B、フェッロ S、ガスタイガー E、ファン H、ロペス R、マグレイン M、マーティン MJ、ナターレ DA、オドノバン C、レダスキ N、イェ LS (2004 年 1 月) ）。「UniProt: ユニバーサルタンパク質知識ベース」。核酸研究。32 (データベースの問題): D115–9。土井：10.1093/nar/gkh131。PMC 308865。PMID 14681372。
^ ab Moss GP. 「命名委員会の勧告」。国際生化学分子生物学連合による、触媒反応による酵素の命名と分類に関する勧告。2018年9月10日時点のオリジナルよりアーカイブ。2006年3月14日閲覧。
^ Rahman SA、Cuesta SM、Furnham N、Holliday GL、 Thornton JM (2014 年 2 月)。「EC-BLAST: 酵素反応を自動的に検索および比較するツール」。Nature Methods。11 ( 2): 171–174。doi :10.1038/nmeth.2803。PMC 4122987。PMID 24412978。
^ Hoffman-Ostenhof, O (1953). 「酵素のより合理的な分類と命名法の提案」.酵素学と関連生化学の進歩. 14 : 219–260. doi :10.1002/9780470122594.ch7. ISBN 9780470122594. PMID 13057718。
^ Dixon, M; Webb, EC (1958).酵素. ロンドン: Longmans Green. pp. 183–227.
^ Tipton, Keith (2018年8月). 「酵素命名法ニュース: トランスロカーゼ (EC 7): 新しいECクラス」. ExplorEnz: IUBMB酵素リストの主要ソース。2018年9月10日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2018年11月3日閲覧。

外部リンク

酵素命名法、国際生化学・分子生物学連合の命名法委員会による権威あるウェブサイト。GP Moss が管理。
酵素命名データベース — ExPASyによる
すべての EC 番号のリスト — BRENDA著
EC番号でPDB構造を参照する
EC 番号で SCOP ドメインを参照 — dcGOより
EC-Blast を使用して EC 番号を比較する 2019-05-30 にWayback Machineでアーカイブされました

[isbn0-12-227164-5-1] Webb, EC (1992).酵素命名法 1992: 酵素の命名法と分類に関する国際生化学および分子生物学連合命名法委員会の勧告。Academic Press。ISBN 978-0-12-227164-9。

[expasy-2] “ENZYME (Enzyme nomenclature database)” ExPASy. 2019年3月21日時点のオリジナルよりアーカイブ。2019年4月24日閲覧。

[pmid20433725-3] ^ Omelchenko MV、Galperin MY、Wolf YI 、 Koonin EV (2010)。「非相同性同機能酵素：酵素進化における代替ソリューションの体系的分析」。Biology Direct。5 ( 1 ) : 31。doi ： 10.1186 / 1745-6150-5-31。PMC 2876114。PMID 20433725。

[pmid14681372-4] アプワイラー R、バイロック A、ウー CH、バーカー WC、ベックマン B、フェッロ S、ガスタイガー E、ファン H、ロペス R、マグレイン M、マーティン MJ、ナターレ DA、オドノバン C、レダスキ N、イェ LS (2004 年 1 月) ）。「UniProt: ユニバーサルタンパク質知識ベース」。核酸研究。32 (データベースの問題): D115–9。土井：10.1093/nar/gkh131。PMC 308865。PMID 14681372。

[moss-5] Moss GP. 「命名委員会の勧告」。国際生化学分子生物学連合による、触媒反応による酵素の命名と分類に関する勧告。2018年9月10日時点のオリジナルよりアーカイブ。2006年3月14日閲覧。

[asad-6] ^ Rahman SA、Cuesta SM、Furnham N、Holliday GL、 Thornton JM (2014 年 2 月)。「EC-BLAST: 酵素反応を自動的に検索および比較するツール」。Nature Methods。11 ( 2): 171–174。doi :10.1038/nmeth.2803。PMC 4122987。PMID 24412978。

[7] Hoffman-Ostenhof, O (1953). 「酵素のより合理的な分類と命名法の提案」.酵素学と関連生化学の進歩. 14 : 219–260. doi :10.1002/9780470122594.ch7. ISBN 9780470122594. PMID 13057718。

[8] Dixon, M; Webb, EC (1958).酵素. ロンドン: Longmans Green. pp. 183–227.

[9] Tipton, Keith (2018年8月). 「酵素命名法ニュース: トランスロカーゼ (EC 7): 新しいECクラス」. ExplorEnz: IUBMB酵素リストの主要ソース。2018年9月10日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2018年11月3日閲覧。