dcGO

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コンテンツ
説明	dcGO データベースは、タンパク質ドメインに関する包括的なドメイン中心のオントロジーリソースです。
; キャプチャされたデータの種類	タンパク質ドメイン、オントロジー
接触
研究センター	ブリストル大学
主な引用	23161684 の検索結果
アクセス
Webサイト	dcGOウェブサイト
ダウンロードURL	dcGOダウンロード
ツール
ウェブ	PSnet、sTOL、dcGOR、dcGO 予測子、dcGO エンリッチメント

dcGO は、タンパク質ドメインの包括的なオントロジーデータベースです。^[1]オントロジーリソースとして、dcGO は、遺伝子オントロジーなどの機能情報から酵素や経路に関する情報、主要なモデル生物の表現型情報からヒトの疾患や薬物に関する情報まで、さまざまなコンテキストのオープンバイオメディカルオントロジーを統合します。タンパク質ドメインリソースとして、dcGO には、個々のドメインと上位ドメイン (つまり、2 つ以上の連続するドメインの組み合わせ) の両方に対する注釈が含まれています。

コンセプト

dcGO の背後には 2 つの重要な概念があります。最初の概念は、タンパク質ドメインをオントロジー (たとえば、遺伝子オントロジー) でラベル付けすることです。これが、dcGO (ドメイン中心の遺伝子オントロジー) と呼ばれる理由です。2 番目の概念は、オントロジーでラベル付けされたタンパク質ドメインを、たとえばタンパク質機能予測に使用することです。簡単に言えば、最初の概念は dcGO リソースの作成方法に関するもので、2 番目の概念は dcGO リソースの使用方法に関するものです。

タイムライン

2010年に、dcGOのアルゴリズムはSUPERFAMILYデータベースの改良として最初に公開されました。^[2]
2011年、「dcGO Predictor」は遺伝子オントロジーに適用され、2011 CAFAコンペティションで10位にランクされました。^[3]^[4]この予測子は、機械学習を使用しない唯一のドメインベースの方法です。
2012年にデータベースが正式にリリースされ、NARデータベース号に掲載されました。
2013 年には、dcGO リソースを使用した多くの分析をサポートするために Web サーバーが改良されました。
2014 年初頭、「dcGO Predictor」は機能予測と表現型予測の両方で提出され、CAFA 表現型予測で第 4 位にランクされました。
2014 年後半には、オントロジーとタンパク質ドメイン注釈の分析を支援するオープンソースの R パッケージ dcGOR が開発されました。

ウェブサーバー

dcGOの最近の用途としては、機能的観点からドメインネットワークを構築し、オントロジー間の比較を行うことが挙げられる^[5]。また、種の生命樹（sTOL）と組み合わせて、機能と表現型に系統学的コンテキストを提供することも行われている^{[6] 。}

ソフトウェア

オープンソースソフトウェアdcGORは、ドメイン中心のオントロジーと注釈を分析するためにRプログラミング言語を使用して開発されています。 ^[7] サポートされている分析には以下が含まれます。

幅広いオントロジーとそのドメイン中心の注釈への容易なアクセス。
カスタマイズされたオントロジーと注釈を構築できる。
ドメインベースのエンリッチメント分析と視覚化。
オントロジー注釈に従ったドメイン（意味的類似性）ネットワークの構築。
ランダムウォーカーアルゴリズムを使用して接触（統計的有意性）ネットワークを推定するための有意性分析。
高性能並列コンピューティング。

積極的に開発中の機能は次のとおりです。

ドメイン中心のオントロジー注釈を作成するためのアルゴリズムと実装。
入力タンパク質ドメインアーキテクチャのオントロジー用語予測。
最大尤度/節約法を用いた祖先の個別特性の再構築。

参照

参考文献

^ Fang, H.; Gough, J. (2012). 「DcGO: 機能、表現型、疾患などに関するドメイン中心のオントロジーのデータベース」。Nucleic Acids Research . 41 (データベース号): D536–D544. doi :10.1093/nar/gks1080. PMC 3531119 . PMID 23161684.
^ De Lima Morais, DA; Fang, H.; Rackham, OJL; Wilson, D.; Pethica, R.; Chothia, C .; Gough, J. (2010). 「ドメイン中心の遺伝子オントロジー法を含む SUPERFAMILY 1.75」。Nucleic Acids Research . 39 (データベース号): D427–D434. doi :10.1093/nar/gkq1130. PMC 3013712 . PMID 21062816.
^ Fang, H.; Gough, J. (2013). 「dcGO Predictor による機能ゲノミクスへのドメイン中心のソリューション」BMC Bioinformatics . 14 (Suppl 3): S9. doi : 10.1186/1471-2105-14-S3-S9 . PMC 3584936 . PMID 23514627.
^ ラディヴォジャック、P.;ウェストバージニア州クラーク。テリトリー州オロン。シュノース、AM;ウィットコップ、T.ソコロフ、A.グレイム、K.ファンク、C.ヴァースポール、Ｋ．ベン・ハー、A.パンディ、G.ユネス、JM。タルウォーカー、アスファルト州。レポ、S.ミシガン州ソウザ。ピオベサン、D.カサディオ、R.ワン、Z。チェン、J.ファン、H.ゴフ、J.コスキネン、P.トーレーネン、P.ノクソ＝コイヴィスト、J.ホルム、L.コゼット、D.バカン、DWA;ブライソン、K.ジョーンズ、DT;他。（2013年）。「計算によるタンパク質機能予測の大規模評価」。ネイチャーメソッド。10 (3): 221–227. doi :10.1038/nmeth.2340. PMC 3584181. PMID 23353650 .
^ Fang, H; Gough, J (2013). 「機能ドメインネットワークを歩くことによって推定される疾患-薬物-表現型マトリックス」。Molecular BioSystems . 9 (7): 1686–96. doi :10.1039/c3mb25495j. PMID 23462907.
^ Fang, H.; Oates, ME; Pethica, RB; Greenwood, JM; Sardar, AJ; Rackham, OJL; Donoghue, PCJ; Stamatakis, A.; De Lima Morais, DA; Gough, J. (2013). 「ゲノム研究の参考資料としての毎日更新される（配列された）生命の樹」。Scientific Reports . 3 : 2015. Bibcode : 2013NatSR ...3E2015F. doi :10.1038/srep02015. PMC 6504836. PMID 23778980.
^ Fang, H (2014). 「DcGOR: オントロジーとタンパク質ドメイン注釈を分析するためのRパッケージ」. PLOS Computational Biology . 10 (10): e1003929. Bibcode :2014PLSCB..10E3929F. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003929 . PMC 4214615. PMID 25356683 .

外部リンク

スーパーファミリー
スコープ

[1] Fang, H.; Gough, J. (2012). 「DcGO: 機能、表現型、疾患などに関するドメイン中心のオントロジーのデータベース」。Nucleic Acids Research . 41 (データベース号): D536–D544. doi :10.1093/nar/gks1080. PMC 3531119 . PMID 23161684.

[2] De Lima Morais, DA; Fang, H.; Rackham, OJL; Wilson, D.; Pethica, R.; Chothia, C .; Gough, J. (2010). 「ドメイン中心の遺伝子オントロジー法を含む SUPERFAMILY 1.75」。Nucleic Acids Research . 39 (データベース号): D427–D434. doi :10.1093/nar/gkq1130. PMC 3013712 . PMID 21062816.

[3] Fang, H.; Gough, J. (2013). 「dcGO Predictor による機能ゲノミクスへのドメイン中心のソリューション」BMC Bioinformatics . 14 (Suppl 3): S9. doi : 10.1186/1471-2105-14-S3-S9 . PMC 3584936 . PMID 23514627.

[4] ラディヴォジャック、P.;ウェストバージニア州クラーク。テリトリー州オロン。シュノース、AM;ウィットコップ、T.ソコロフ、A.グレイム、K.ファンク、C.ヴァースポール、Ｋ．ベン・ハー、A.パンディ、G.ユネス、JM。タルウォーカー、アスファルト州。レポ、S.ミシガン州ソウザ。ピオベサン、D.カサディオ、R.ワン、Z。チェン、J.ファン、H.ゴフ、J.コスキネン、P.トーレーネン、P.ノクソ＝コイヴィスト、J.ホルム、L.コゼット、D.バカン、DWA;ブライソン、K.ジョーンズ、DT;他。（2013年）。「計算によるタンパク質機能予測の大規模評価」。ネイチャーメソッド。10 (3): 221–227. doi :10.1038/nmeth.2340. PMC 3584181. PMID 23353650 .

[5] Fang, H; Gough, J (2013). 「機能ドメインネットワークを歩くことによって推定される疾患-薬物-表現型マトリックス」。Molecular BioSystems . 9 (7): 1686–96. doi :10.1039/c3mb25495j. PMID 23462907.

[6] Fang, H.; Oates, ME; Pethica, RB; Greenwood, JM; Sardar, AJ; Rackham, OJL; Donoghue, PCJ; Stamatakis, A.; De Lima Morais, DA; Gough, J. (2013). 「ゲノム研究の参考資料としての毎日更新される（配列された）生命の樹」。Scientific Reports . 3 : 2015. Bibcode : 2013NatSR ...3E2015F. doi :10.1038/srep02015. PMC 6504836. PMID 23778980.

[7] Fang, H (2014). 「DcGOR: オントロジーとタンパク質ドメイン注釈を分析するためのRパッケージ」. PLOS Computational Biology . 10 (10): e1003929. Bibcode :2014PLSCB..10E3929F. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003929 . PMC 4214615. PMID 25356683 .