UTOPIA（バイオインフォマティクスツール）

UTOPIA ( User-friendly Tools for Operating Informatics Applications ) は、バイオインフォマティクスデータの可視化と分析のための無料ツール群です。オントロジー駆動型データ モデルに基づいており、タンパク質配列の表示と整列、複雑な分子構造の 3D レンダリング、Web サービスやデータ オブジェクトなどのリソースの検索と使用のためのアプリケーションが含まれています。 ^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]}主な構成要素は、タンパク質分析スイートと UTOPIA ドキュメントの 2 つです。

Utopia Protein Analysisスイートは、タンパク質配列とタンパク質構造を解析するためのインタラクティブなツールのコレクションです。前面にはユーザーフレンドリーで応答性の高い視覚化アプリケーションがあり、その背後にはこれらのアプリケーションが連携して動作することを可能にし、ファイル形式やWebサービスを扱う面倒な作業の多くを隠蔽する高度なモデルがあります。^{[ 1 ]}

Utopia Documents は、ポータブル ドキュメント フォーマット (pdf)の利便性と信頼性とウェブの柔軟性とパワーを組み合わせることで、科学文献を読むための新しい視点をもたらします。 ^{[ 3 ] [ 5 ] [ 6 ]}

2003年から2005年にかけて、UTOPIAの研究は、マンチェスター大学に拠点を置くe-Science North West Centreを通じて、英国工学・物理科学研究会議、英国貿易産業省、および欧州分子生物学ネットワーク（EMBnet）から資金提供を受けました。2005年以降は、EMBRACE欧州卓越ネットワークの下で研究が継続されています。

UTOPIAのCINEMA（Colour INteractive Editor for Multiple Alignments）は、配列アライメントのためのツールであり、もともとリーズ大学でGタンパク質共役受容体（GPCR）の解析を支援するために開発されたソフトウェアの最新版です。 ^{[ 7 ]} SOMAP ^{[ 8 ]}は、スクリーン指向の多重アライメント手順であり、1980年代後半にVMSコンピュータオペレーティングシステム上で開発され、モノクロテキストベースのVT100ビデオ端末を使用し、コンテキストに応じたヘルプとプルダウンメニューを備えていましたが、これらはオペレーティングシステムの標準機能になるずっと前のことでした。

SOMAPに続いて、VISTAS ^{[ 9 ]} (VIsualizing STructures And Sequences) と呼ばれるUnixツールが登場し、3D分子構造のレンダリングや、配列特性のプロットおよび統計的表現の生成が可能になった。

マンチェスター大学で開発されたCINEMA ^{[ 10 ]}の最初のツールは、ウェブページ経由で起動するJavaベースのアプレットで、現在も利用可能ですが、メンテナンスは終了しています。CINEMA-MX ^{[ 11 ]}と呼ばれるスタンドアロンのJavaバージョンもリリースされましたが、現在は入手困難です。

CINEMAのC ++版であるCINEMA5は、UTOPIAプロジェクトの一環として初期に開発され、スタンドアロンの配列アライメントアプリケーションとしてリリースされました。現在は、UTOPIAの他の可視化アプリケーションと統合されたバージョンに置き換えられ、名称も単にCINEMAに戻されました。