ジュンガルによるアルティシャールの征服は、ジュンガルのオイラト率いるジュンガル・ハン国が、アルティシャール(新疆南部のタリム盆地)のチンギス・ハーン朝が支配するヤルケント・ハン国を征服し、服従させる結果となった。これにより、ヤルケント・ハン国(チャガタイ族最後の後継国家)の独立は完全に終焉を迎えた。[ 3 ]
タリム盆地南部を指すアルティシャールは、チャガタイ・ヤルケント・ハーン国の中心領土であった。17世紀半ばまでに、ハーン国はアブドゥッラー・ハーンの下で台頭するオイラトの勢力に抵抗し、ホータン地方とアクスへのオイラトの侵攻を撃退した。[ 4 ]オイラトからの圧力は、アブドゥッラー・ハーン晩年、ジュンガル・コンタイジのセンゲ(1653~71年)の下で増大し始めた。センゲとアブドゥッラー・ハーンの間の激しい戦いは休戦で終わったが、ジュンガル人は今度はアブドゥッラーの息子ヨルバルスに反乱を起こすよう促し始めた。[ 5 ] [ 6 ]
預言者ムハンマドの子孫である ナクシュバンディー・スーフィー教団のホージャ派は、 17世紀初頭にチャガタイド・ハーンに代わってタリム盆地の支配権を握った。ホージャ派の中には、アファキ派(白山派)とイシャキ派(黒山派)という二つの派閥があり、覇権争いが繰り広げられた。

1678年、イスマイル・ハーンはアファク・ホージャのアク・タグリク・ホージャへ向かい、第5世ダライ・ラマに助けを求めた。ダライ・ラマはジュンガル・ハーン国の指導者ガルダン・ボシュグトゥに手紙を書き、イスマイル・ハーンのために介入するよう求めた。[ 3 ]
手紙を受け取った後、ガルダンはハミとトルファンの都市に移動し、1679年までにこれらの都市を占領または包囲した。 [ 7 ] [ 8 ]翌年、ガルダンは12万人のジュンガル騎兵を率いてタリム盆地に進軍し、アクシュとウチ・トルファン、カシュガル、ヤルカンド[ 9 ]、ホータンを通り、イスマイルの家族を殺害し、アブド・アル・ラシード・ハーン2世を地域の支配者として確立した。[ 10 ] [ 11 ]第5世ダライ・ラマは、ジュンガル・ハーンのガルダンからイスラム教徒から奪った戦利品を受け取った。イスラム教徒は彼らによって「異端者」と呼ばれた。[ 12 ]
ガルダンはヤルカンドを占領した後、彼に多大な貢献をしたアファク・ホジャに権力を譲らず、チャガタイの旧家の一員であるトゥルファンのバーバ・ハンの息子、アブドゥル・ラシュド・ハン2世をハンに任命し、彼を臣下にした。その後、ガルダンは軍を率いて天山山脈 の北に戻り、カザフ・ハン国を攻撃した。しかし、アブドゥル・ラシュド・ハンとアファク・ホジャの間にはすぐに緊張が生じ、後者は再びこの地域から逃亡した。1682年にヤルカンドで暴動が勃発し、アブドゥル・ラシュド・ハンはイリに逃亡した。その後、弟のムハンマド・アミンがハンに即位した。[ 13 ]
ムハンマドはジュンガルとの戦いで、清朝、ブハラ・ハン国、ムガル帝国に助けを求めた。1693年、ムハンマドはジュンガル・ハン国への攻撃に成功し、3万人の捕虜を捕らえた。しかし、アファク・ホジャが再び現れ、支持者による反乱でムハンマドを倒した。アファクの息子ヤヒヤ・ホジャが即位したが、1695年に地元の反乱を鎮圧中に父とともに殺害され、その治世は短命に終わった。1696年、アクバシュ・ハンが即位したが、カシュガルの民衆は彼を認めず、代わりにキルギスと同盟を結んでヤルカンドを攻撃し、アクバシュを捕虜にした。ヤルカンドのベグはジュンガルに渡り、ジュンガルは軍隊を派遣して1705年にキルギスを追放した。ジュンガルはチャガタイ族以外の支配者ミルザ・アリム・シャー・ベグを擁立し、チャガタイ・ハーンの支配を永久に終わらせた。ハミのアブドゥッラー・タルハン・ベグも1696年に反乱を起こし、清朝に寝返った。[ 14 ]