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1896年、マレー連邦高等弁務官の職が創設されました。高等弁務官は、マラヤにある4つのイギリス保護領からなる連邦国家、マレー連邦においてイギリス政府を代表する役割を担いました。高等弁務官の公邸は、マレー連邦の首都クアラルンプールのペルダナ湖庭園内にあるキングス・ハウス（現在はホテル「カルコサ・セリ・ネガラ」の一部）でした。キングス・ハウスは、王室の要人や賓客にとって重要な場所でした。
海峡植民地総督は、常にマレー連邦の高等弁務官を兼任していた。総督の公邸は海峡植民地の首都シンガポールにあり、総督官邸（現在はイスタナ、シンガポール大統領官邸）として知られていた。
ペルリス、ケダ、クランタン、トレンガヌ、ジョホールの5つの保護州（総称して非連邦マレー諸州と呼ばれる）のそれぞれにおいて、英国政府は顧問によって代表されていた。ペルリス政府顧問、ケダ州スルタン顧問、クランタン政府顧問、トレンガヌ顧問、ジョホール政府総顧問である。
海峡植民地は1946年に解体され、シンガポールは独立した直轄植民地となった。残りの海峡植民地（ペナンとマラッカ）は、マレー連邦諸州、ペルリス、ケダ、クランタン、トレンガヌ、ジョホールと合併し、別の直轄植民地であるマレー連合を形成した。マレー連邦諸州、ペルリス、ケダ、クランタン、トレンガヌ、ジョホールの現地支配者は、その権力をイギリスに譲渡し、これらの地域はイギリスの植民地となった。新しい直轄植民地であるマレー連合は、総督（マレー連合総督）によって統治された。
1948年、イギリス政府は旧保護領の現地支配者に権力を返還し、マラヤ連合はマラヤ連邦へと改組された。マラヤ連邦は保護領と直轄植民地（ペナンとマラッカはマラヤ連合時代を通じて直轄植民地のままであった）からなる連邦国家であった。マラヤ連邦の長はマラヤ高等弁務官であった。
マラヤがイギリスから独立した際、事実上の国家元首であったマラヤ高等弁務官の地位は、9つのマレー諸州の君主によって任命されたマラヤの最高統治者、すなわちヤン・ディペルトゥアン・アゴンに取って代わられた。「高等弁務官」という称号は、独立したマラヤ（そして後にマレーシア）におけるイギリスの最高位外交官の称号となり、これは英連邦諸国における慣例となっている。