バイオマート

	BioMart クイッククエリインターフェース
書かれた	ジャワ
オペレーティング·システム	Unixライク
利用可能	英語
タイプ	連合データベースシステム
ライセンス	LGPL
Webサイト	useeast.ensembl.org/info/data/biomart/index.html

BioMart は、分散した研究データへの単一のアクセスポイントを提供するコミュニティ主導のプロジェクトです。BioMart プロジェクトは、国際的な科学コミュニティにオープンソースソフトウェアとデータサービスを提供します。BioMart ソフトウェアは主に生物医学研究コミュニティで使用されていますが、あらゆる種類のデータを BioMart フレームワークに組み込むことができるように設計されています。BioMart プロジェクトは、欧州バイオインフォマティクス研究所でヒトゲノムプロジェクトのデータ管理ソリューションとして始まりました^[1]。^[2]それ以来、BioMart は 5 大陸のさまざまなデータベースプロジェクトを含む複数の研究所のコラボレーションに成長しました。^[3]^[4]^[5]^[6]

Ensemblとの統合

BioMart は研究者やバイオインフォマティクス研究者にとって強力なツールであり、Ensembl からデータをエクスポートできます。これには、遺伝子 ID、遺伝子の位置、関連する変異、タンパク質ドメイン、配列などのデータが含まれます。BioMArt では、FASTA、XLS、CSV、TSV、HTML などの便利なファイル形式にデータをエクスポートできます。研究者は、エクスポートされたデータをゲノム研究、遺伝子発現分析、比較ゲノムなど、さまざまなアプリケーションで使用できます。BioMart の直感的なインターフェイスにより、ユーザーはクエリをカスタマイズして、特定のデータセットや興味のある機能に簡単にアクセスできます^[7]

ソフトウェア

BioMartは、地理的に分散した異種データソースへの統一されたアクセスを提供する、無料で利用できるオープンソースの連合データベースシステムです。 [ 8 ^{] BioMartを使用すると、異なる}サーバーにホストされているデータベースをユーザーにシームレスに提供できるため、共同プロジェクトが容易になります。BioMartには、大規模なデータセットを効率的に管理するための複数のレベルのクエリ最適化が含まれており、ユーザーにとって最も便利な方法でクエリを実行できるように、さまざまなグラフィカルユーザーインターフェイスとアプリケーションプログラミングインターフェイスが用意されています。BioMartの機能は、 Bioconductor、^[9] Galaxy、^[10] Cytoscape、^[11] Tavernaなどの広く使用されているソフトウェアパッケージとの統合によって拡張されています。^[12]

データソースとコミュニティ

BioMartデータソースには、Atras of UTR Regulatory Activity（AURA）、COSMIC cancer database、Ensembl Genomes、HapMap、InterPro、Mouse Genome Informatics（MGI）、Rfam、UniProtなど約40種類あります。アクセスは、英国の欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI）やウェルカムトラストサンガー研究所、米国のコールドスプリングハーバー研究所や国立生物工学情報センター（NCBI）、フランス国立科学研究センター（CNRS）などの機関によって提供されています。^[13] BioMart Central Portalは、増え続けるデータソースへの便利な単一アクセスポイントを提供するために設立されました。^[3]^[5]^[6]

参考文献

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外部リンク

DATABASE BioMart専用号
ネイチャーメソッズ「定量データ：共有することを学ぶ」特集 BioMart
バイオマートプロジェクトのホームページ
BioMart ユーザーメーリングリスト

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[community-13] 「BioMart」www.biomart.org . 2016年7月14日閲覧。