BRENDA組織オントロジー

BRENDA組織オントロジー
コンテンツ
説明	酵素源となるすべての生物のオントロジー。
接触
主な引用	21030441 の検索結果
発売日	2003
アクセス
Webサイト	http://www.brenda-enzymes.org/ontology.php?ontology_id=3

BRENDA組織オントロジー（BTO）は、包括的に構造化された百科事典です。酵素源として、すべての分類群（動物、植物、菌類、原生動物）の生物の組織、器官、解剖学的構造、植物部位、細胞培養、細胞型、細胞株の用語、分類、定義を提供します。情報は、BRENDA（「BRaunschweig ENzyme DAtabase」）^[1]酵素情報システムの機能データに接続されています。

BTO は、生命科学における最初の組織固有のオントロジーの 1 つであり、特定の生物または特定の生物グループに限定されず、幅広い組織および細胞タイプの情報へのユーザーフレンドリーなアクセスを提供します。オントロジー検索サービス(ses)、MIRIAM レジストリ、EBI-EMBLのTissueDistributionDB (ハイデルベルクのドイツ癌研究センター(DKFZ)の組織同義語ライブラリを含む)、米国スタンフォードの国立生物医学オントロジーセンターのバイオポータルプラットフォームなどのデータベースは、BTO に依存しており、それぞれのプラットフォームに不可欠な情報リポジトリとして百科事典を実装しています。

BTOにより、医学研究や薬学のユーザーは、診断、治療、医薬品開発において重要な役割を果たす組織内の疾患関連酵素の発生と組織学的検出を検索することができます。生化学とバイオテクノロジーでは、酵素機能データにリンクされた生物固有の組織用語は、生命科学における代謝と調節を理解するための重要なリソースです。オントロジーは、制御され構造化された語彙を提供する分類システムを表します。^[2]それらは進化の相関関係を説明し、リンクするための重要なツールです。

BTOの開発は2003年に始まり、BRENDAの生化学および分子生物学の酵素データを、階層的で標準化された組織固有の用語のコレクションに接続することを目的としています。BRENDAの機能酵素データと情報は、生化学、生物学、化学の専門家によって手動で注釈が付けられ、構造化されています。2022年10月までに、BTOには6,527を超える用語が含まれ、6,065の同義語と5,474の定義にリンクされています。用語は、Gene Ontology Consortium（GO、^[3]）の一般的なカテゴリ、ルール、および形式に分類され、オープンソースのOBO-Editを使用して作成された有向非巡回グラフ（DAG）として編成されています。 ^[4]各レベルのすべての用語は、BRENDAの酵素データに直接接続されています。BTOは、組織特異的に発現するさまざまな酵素を区別するのに適したツールです。

コンテンツと機能

BTO は、BRENDA 酵素情報システムの包括的な酵素固有のデータを利用しています。現在 (2019 年 10 月)、11,000 を超えるタンパク質からの 112,200 の酵素-生物-組織固有のデータが BRENDA に保存されています。これらのエントリは、150,000 を超えるさまざまな文献参照から手動で注釈が付けられました。BTO のすべての用語は、OBO 形式に従って評価および分類され、特定の関係によって接続されています。各用語は、オントロジー内の個別のエントリであり、一意の BTO 識別子 (BTO-ID) に自動的に割り当てられます。BTO-ID は、外部の生化学データベースへの相互参照を作成するための安定したアクセッション番号として機能します。外部データベース ( UniProtなど) からの組織および細胞タイプ固有の用語も BTO に統合されています。

用語は 4 つの主なカテゴリ (サブグラフ) に分類されます。

動物
植物
菌類
その他の情報源

主要カテゴリ（=ノード）の下にさらにレベルが定義され、「親」、「子」、「孫」が特定の関係（=エッジ）を介して分類されます。

is_a (例: 骨格筋繊維 is_a 筋繊維)
part_of (例: 筋繊維 part_of 筋肉)
発生/派生する（例：筋腫細胞は筋繊維から発生/派生する）
related_to (他の用語ではカバーされていない用語間のより一般的な関係の説明)

用語のほとんどは、特定の生物、器官、組織、または細胞の種類に明確に関連付けられています。植物と動物の両方の組織には、「表皮」など、同じ名称がいくつかあります。これらの組織用語を区別し、植物組織の BTO に正しく分類するために、用語の前に接頭辞「植物」が付けられます (例:「植物表皮」)。

組織用語の 80% 以上には、意味とコンテキストを説明する定義があります。これらの定義は、医学辞書や細胞株データベース ( Webster's Dictionary、DSMZ ) などから取得されます。

可用性

BTO のエントリは、BRENDA のメジャーアップデートの一環として 2 年ごとに更新されます。これは、BRENDA Web サイトの「オントロジーエクスプローラー」カテゴリから入手できます。酵素ソースタームは、BTO クエリフォームから検索できます。その結果、ユーザーは BRENDA の酵素情報に直接リンクされた EC 番号のリストを受け取ります。BRENDA の「ソース組織」検索フォーム (「クラシックビュー」) から検索することもできます。結果ページには、検索された組織タームで分離または検出されたすべての酵素が、BTO に直接リンクされて表示されます。

BTO と BRENDA は、学術ユーザーが自由にアクセスできます。BRENDA ウェブサイトの「Ontology Explorer」から、または「Obofoundry」から OBO 形式で無料でダウンロードできます。

参考文献

^ Chang, A., Jeske, L., Ulbrich, S., Hofmann, J., Koblitz, J., Schomburg, I., Neumann-Schaal, M., Jahn, D., Schomburg, D. (2021): 「BRENDA、2021 年の ELIXIR コアデータリソース: 新しい開発と更新」、Nucleic Acids Res.、49 (データベース号): D498–D508
^ Schomburg, I., Chang, A., Schomburg, D. (2014): 「酵素学の標準化 - 世界の酵素情報システム BRENDA におけるデータ統合」、Perspectives in Science、1: 15–23
^ Roncaglia, P.、Martone, ME、Hill, DP、Berardini, TZ、Foulger, RE、Imam, FT、Drabkin, H.、Mungall, CJ、Lomax, J. (2013)：「遺伝子オントロジー（GO）細胞成分オントロジー：SAO（細胞内解剖オントロジー）との統合およびその他の最近の開発」、J. Biomed. Semantics、4：20
^ Smith, B.、Ashburner, M.、Rosse, C.、Bard, J.、Bug, W.、Ceusters, W.、Goldberg, LJ、Eilbeck, K.、Ireland, A.、Mungall, CJ; OBI コンソーシアム、Leontis, N.、Rocca-Serra, P.、Ruttenberg, A.、Sansone, SA、Scheuermann, RH、Shah, N.、Whetzel, PL、Lewis, S. (2010)：「OBO ファウンドリー：バイオメディカルデータ統合をサポートするオントロジーの協調的進化」、Nat. Biotechnol.、25: 1251–1255

リンク

BTO (BRENDA 組織オントロジー)
BRENDA オントロジーエクスプローラー
BRENDAウェブサイト
ExplorEnz – 酵素の命名法
オボファウンドリー
遺伝子オントロジーコンソーシアム
EBI-EMBL
米国スタンフォード大学国立生物医学オントロジーセンターのバイオポータル

[Chang2021-1] Chang, A., Jeske, L., Ulbrich, S., Hofmann, J., Koblitz, J., Schomburg, I., Neumann-Schaal, M., Jahn, D., Schomburg, D. (2021): 「BRENDA、2021 年の ELIXIR コアデータリソース: 新しい開発と更新」、Nucleic Acids Res.、49 (データベース号): D498–D508

[Schomburg2014-2] Schomburg, I., Chang, A., Schomburg, D. (2014): 「酵素学の標準化 - 世界の酵素情報システム BRENDA におけるデータ統合」、Perspectives in Science、1: 15–23

[Roncaglia2013-3] Roncaglia, P.、Martone, ME、Hill, DP、Berardini, TZ、Foulger, RE、Imam, FT、Drabkin, H.、Mungall, CJ、Lomax, J. (2013)：「遺伝子オントロジー（GO）細胞成分オントロジー：SAO（細胞内解剖オントロジー）との統合およびその他の最近の開発」、J. Biomed. Semantics、4：20

[Smith2010-4] Smith, B.、Ashburner, M.、Rosse, C.、Bard, J.、Bug, W.、Ceusters, W.、Goldberg, LJ、Eilbeck, K.、Ireland, A.、Mungall, CJ; OBI コンソーシアム、Leontis, N.、Rocca-Serra, P.、Ruttenberg, A.、Sansone, SA、Scheuermann, RH、Shah, N.、Whetzel, PL、Lewis, S. (2010)：「OBO ファウンドリー：バイオメディカルデータ統合をサポートするオントロジーの協調的進化」、Nat. Biotechnol.、25: 1251–1255