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MIRIAMガイドラインの副産物であるMIRIAMレジストリは、統一リソース識別子の作成に使用される名前空間と関連情報のデータベースです。主に生物科学分野で使用されるデータベースとリソースのコミュニティ承認済み名前空間のセットが含まれています。これらの共有名前空間を「データ コレクション」識別子と組み合わせると、データ リポジトリに保存されている知識のグローバルに一意の識別子を作成できます。URI を使用してモデルに注釈を付ける方法の詳細については、SBML レベル 2 バージョン 2 (およびそれ以上) の仕様を参照してください。
「データ コレクション」は、プロバイダーによって生成されるデータのセットとして定義されます。「リソース」は、そのデータの配布元として定義されます。このような説明により、多数のリソースを 1 つのコレクションに関連付けることができ、ワールド ワイド ウェブ上で生物学的情報がどのように利用可能かを正確に表現できます。多くの場合、1 つのデータ コレクションからの同じ情報がさまざまなリソースによってミラーリングされたり、コア情報が他のデータで補足されたりします。
- データ収集名: 遺伝子オントロジー
- データ収集識別子: MIR:00000022
- データ収集の同義語: GO
- データ収集識別子パターン: ^GO:\d{7}$
- データ収集名前空間: urn:miriam:obo.go
- データ収集「ルート URL」: http://identifiers.org/obo.go/
- データ収集「ルートURN」: urn:miriam:obo.go:
- コレクションリソース:
- リソース #1
- リソース識別子: MIR:00100012
- リソースロケーションのウェブサイト: http://www.ebi.ac.uk/ego/
- リソース アクセス URL (トークン化): http://www.ebi.ac.uk/ego/DisplayGoTerm?selected=$1
- リソースの説明: QuickGO (遺伝子オントロジー ブラウザー)
- リソース機関: 欧州バイオインフォマティクス研究所、英国
- リソース #2
- [...]
- リソース #1
MIRIAMレジストリは、誰でも無料で利用できるキュレーションされたリソースです。新しいコレクションの申請はウェブサイトから行うことができます。[1]
MIRIAM システムを使用する識別子
MIRIAM ガイドラインでは、モデル コンポーネントの注釈にユニフォーム リソース識別子 (URI) を使用することが義務付けられています。これらは、MIRIAM レジストリで定義された名前空間の共有リストを使用して作成されます。
MIRIAM URI
MIRIAM レジストリで定義された名前空間を使用すると、URN 形式と URL 形式の両方で識別子を作成できます。これには、コレクション固有の一意の識別子と、情報空間をグローバルに制限する名前空間が必要です。レジストリ内の各データ コレクションには、名前空間と各 URI 形式のルートの両方が与えられます。両方の形式は同じ名前空間から派生します。例:
- 骨壷の形:
urn:miriam:pubmed:16333295 - URLフォーム:
http://identifiers.org/pubmed/16333295
この例では、コレクション固有の識別子は 16333295 で、名前空間は pubmed です。
URN 形式の識別子では、参照先のレコードにアクセスするために Web サービスまたはプログラムによる手段を使用する必要があります。つまり、URN 形式をブラウザ ウィンドウに入力するだけでは参照先の情報にアクセスすることはできません。URL 形式は直接解決可能であり、Identifiers.orgによって提供される解決レイヤーに依存します。
サポート機能と可用性
MIRIAMレジストリの効率的な使用とアノテーションスキームの迅速な導入を可能にするために、いくつかのサポート機能が提供されています。[2]これらには、 Webサービス、レジストリ自体にアクセスするためのWebサイトインターフェイス[3]、Javaライブラリ[4]が含まれます。
MIRIAMレジストリは、欧州バイオインフォマティクス研究所のプロテオミクスサービスチームによって開発されました。サポート機能を含むプロジェクト全体のソースコードは、SourceForge.netから入手できます。[5]
MIRIAMレジストリは、 BioModels Database、[6] [7] SABIO-RK、[8] COPASI、[9]などの世界的なプロジェクトで使用されています。より詳細なリストはウェブサイトで確認できます。[10]
参照
参考文献
- ^ 「新しいコレクション提出ページ」 Ebi.ac.uk . 2012年10月9日閲覧。
- ^ Laibe, Camille; Le Novère, Nicolas (2007). 「MIRIAM リソース: システム生物学における堅牢な相互参照を生成および解決するためのツール」. BMC Systems Biology . 1:58 . doi : 10.1186/1752-0509-1-58 . PMC 2259379. PMID 18078503 .
- ^ 「MIRIAM リソース ウェブサイト」 Ebi.ac.uk . 2012 年 10 月 9 日閲覧。
- ^ Li, C.; Courtot, M.; Le Novere, N.; Laibe, C. (2009). 「BioModels.net Web サービス、計算モデリング ソフトウェア用の無料の統合ツールキット」。Briefings in Bioinformatics . 11 (3): 270–7. doi :10.1093/bib/bbp056. PMC 2913671 . PMID 19939940.
- ^ 「MIRIAM | SourceForge.net で無料の科学・工学ソフトウェアをダウンロード」。2012 年 5 月 10 日時点のオリジナルよりアーカイブ。2012 年 10 月 23 日閲覧。SourceForge.net の MIRIAM プロジェクト[非一次ソースが必要]
- ^ Li, C; Donizelli, M; Rodriguez, N; Dharuri, H; Endler, L; Chelliah, V; Li, L; He, E; Henry, A; Stefan, Melanie I; Snoep, Jacky L; Hucka, Michael; Le Novère, Nicolas; Laibe, Camille (2010). 「BioModels データベース: 公開された定量的運動モデルのための強化、キュレーション、注釈付きリソース」BMC Systems Biology . 4 : 92. doi : 10.1186/1752-0509-4-92 . PMC 2909940 . PMID 20587024.
- ^ 「BioModels データベース ウェブサイト」 Ebi.ac.uk . 2012 年 10 月 9 日閲覧。
- ^ SDBV. 「SABIO-反応速度論データベース仮想セル」。Sabio.villa-bosch.de 。 2012年10月9日閲覧。
- ^ 「Complex Pathway Simulator と SBMLeditor」。Copasi.org。2012年 10 月 9 日閲覧。
- ^ 「MIRIAM の使用法」 Ebi.ac.uk . 2012 年 10 月 9 日閲覧。