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| zf-B_ボックス | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 発達タンパク質xnf7 Bボックスの構造 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | zf-B_ボックス | ||||||||
| パム | PF00643 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| プロサイト | PDOC50015 | ||||||||
| SCOP2 | 1fre / スコープ / SUPFAM | ||||||||
| 医療機器 | cd00021 | ||||||||
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分子生物学では、B ボックス型ジンクフィンガードメインは、長さが約 40 アミノ酸残基の短いタンパク質ドメインです。B ボックス型ジンクフィンガーは 2 つのグループに分けられ、タイプ 1 とタイプ 2 の B ボックスドメインはコンセンサス配列と7～8 個の亜鉛結合残基の間隔が異なります。いくつかのタンパク質にはタイプ 1 とタイプ 2 の両方の B ボックスが含まれており、これら 2 つのドメインの間にはある程度の協同性があることが示唆されています。
発生
B ボックス ドメインは、さまざまな生物の 1500 種類以上のタンパク質に見られます。これらは、N 末端の RING フィンガー (元々は A ボックスと呼ばれていました)、それに続く 1 ～ 2 個の B ボックス ドメイン、およびコイルドコイルドメイン (Ring、B ボックス、Coiled-Coil の頭文字をとって RBCC とも呼ばれます) で構成される TRIM (3 者間モチーフ) タンパク質に見られます。TRIM タンパク質にはタイプ 2 B ボックス ドメインが含まれ、タイプ 1 B ボックスも含まれる場合があります。RING ドメインもコイルドコイル ドメインも含まれないタンパク質では、B ボックス ドメインは主にタイプ 2 です。タイプ 2 B ボックス タンパク質の多くは、ユビキチン化に関与しています。B ボックス ジンク フィンガー ドメインを含むタンパク質には、転写因子、リボ核タンパク質、プロトオンコタンパク質などがあります。例えば、MID1、MID2、TRIM9、TNL、TRIM36、TRIM63、TRIFIC、NCL1、CONSTANS様タンパク質など。[1]
微小管関連E3リガーゼMID1（EC）には、タイプ1 Bボックスジンクフィンガードメインが含まれています。MID1は、アルファ4に特異的に結合し、次にホスファターゼ2Aの触媒サブユニット（ PP2Ac）をリクルートします。この複合体は、プロテアソーム媒介分解のためのPP2Acの標的化に必要です。MID1 Bボックスは2つの亜鉛イオンを調整し、ZZ、PHD、RING、およびFYVEジンクフィンガーに似たベータ/ベータ/アルファクロスブレース構造を採用しています。[2] [3]
相同遺伝子
このドメインの原核生物相同体は、いくつかの細菌系統とメタン生成古細菌に存在し、菱形様セリンペプチダーゼや亜鉛依存性メタロペプチダーゼなどのペプチダーゼドメインとの融合を示すことが多い。他のバージョンは通常、膜貫通ヘリックスを含み、DNAJ、FHA、SH3、WD40、テトラトリコペプチドリピートなどのドメインとの融合も示す可能性がある。これらの関連性を合わせると、Bボックスジンクフィンガードメインの原核生物相同体が、膜関連タンパク質のタンパク質分解処理、折り畳み、または安定性において役割を果たしていることが示唆される。ドメイン構造の構文は、AN1ジンクフィンガーおよびLIMドメインの原核生物相同体に見られるものと非常によく似ている。[4]
参考文献
- ^ Short KM、Cox TC (2006 年 3 月)。「RBCC/TRIM スーパーファミリーのサブ分類により、微小管結合に必要な新しいモチーフが明らかになった」。J . Biol. Chem . 281 (13): 8970–80. doi : 10.1074/jbc.M512755200 . PMID 16434393。
- ^ Massiah MA、Matts JA、Short KM、Simmons BN、Singireddy S、Yi Z、Cox TC (2007 年 5 月)。「MID1 B-box2 CHC(D/C)C(2)H(2) 亜鉛結合ドメインの溶液構造: 進化的に保存された RING フォールドの洞察」。J . Mol. Biol . 369 (1): 1–10. doi :10.1016/j.jmb.2007.03.017. PMID 17428496。
- ^ Massiah MA、Simmons BN、Short KM、Cox TC (2006 年 4 月)。「ヒト MID1 の RBCC/TRIM B-box1 ドメインの溶液構造: RING 付き B-box」。J. Mol. Biol . 358 (2): 532–45. doi :10.1016/j.jmb.2006.02.009. PMID 16529770。
- ^ Burroughs AM、Iyer LM、Aravind L (2011 年 7 月)。「原核生物における RING フィンガーおよびその他の二核トレブル クレフ ドメインの機能的多様化とユビキチン システムの初期進化」。Mol . Biosyst . 7 (1): 2261–77. doi :10.1039/C1MB05061C. PMC 5938088. PMID 21547297 。
外部リンク
- CO 類似ファミリー、PlantTFDB: 植物転写因子データベースの DBB ファミリー