オートトランスポーターファミリー

利用可能なタンパク質構造:
パム	構造 / ECOD
ＰＤＢ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBサム	構造の概要
ＰＤＢ	1uyo X:810-1074 1uyn X:810-1074

オートトランスポーターベータドメイン
オートトランスポーターベータドメイン
	髄膜炎菌由来のオートトランスポータードメインNalPの構造。PDBエントリー1uyn
識別子
シンボル	オートトランスポーター
パム	PF03797
インタープロ	著作権
プロサイト	PDOC51208
SCOP2	1uyn / スコープ / SUPFAM
TCDB	1.B.12
OPMスーパーファミリー	28
OPMタンパク質	1uyo
パム
利用可能なタンパク質構造:
パム	構造 / ECOD
ＰＤＢ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBサム	構造の概要
ＰＤＢ	1uyo X:810-1074 1uyn X:810-1074

分子生物学では、オートトランスポータードメインは、細菌の外膜タンパク質に見られる構造ドメインです。ドメインは常にタンパク質のC 末端に位置し、ベータバレル構造を形成します。バレルは膜内で方向付けられ、パッセンジャードメインと呼ばれるタンパク質のN 末端部分が細胞表面に提示されます。これらのタンパク質は、通常、病原性細菌の感染または毒性に関連する毒性因子です。

オートトランスポーターという名前は、当初このタンパク質がパッセンジャードメインを外膜を通して輸送するのに自給自足であるという理解に由来している。この見解はその後、ベンツとシュミットによって異議が唱えられた。^[2]

グラム陰性細菌の外膜を介したポリペプチド鎖の分泌は、さまざまな経路で起こる可能性がある。タイプ V(a)、すなわちオートトランスポーター分泌経路は、グラム陰性細菌の 7 つの既知の分泌型の中で、最も多くの分泌毒性因子を構成する。この分泌経路の例としては、淋菌の典型的な IgA1 プロテアーゼが挙げられる。^[3]このタンパク質は、 Sec 機構を介して内膜を横切って輸送されるシグナルペプチドによって内膜に向けられる。ペリプラズムに入ると、オートトランスポータードメインが外膜に挿入される。パッセンジャードメインはオートトランスポータードメインの中心を通過して細胞の外側に提示されるが、これが起こるメカニズムは不明である。^[4]

C末端トランスロケータドメインは、外膜βバレルドメインに対応する。N末端パッセンジャードメインは膜を越えて転座し、トランスロケータドメインから切断される場合とされない場合がある。^[5]切断が自己触媒的であるタンパク質では、ペプチダーゼドメインはMEROPSペプチダーゼファミリーS6およびS8に属する。今日までに構造的に特徴付けられたパッセンジャードメインは、パータクチンに代表されるβヘリックスと呼ばれるタンパク質フォールドによって支配されていることが示されている。このドメインのフォールディングは、外膜転座の方法と本質的に関連していると考えられている。

参照

三量体オートトランスポーター接着因子 (TAA)

参考文献

^ オーメン CJ、ファンウルセン P、ファンゲルダー P、フェイジェン M、トマセン J、グロス P (2004 年 3 月)。「細菌の自動輸送体のトランスロケータードメインの構造」。EMBO ジャーナル。23 (6): 1257–66。土井：10.1038/sj.emboj.7600148。PMC 381419。PMID 15014442。
^ Benz I、Schmidt MA (2011 年 8 月)。「微生物病原体におけるオート トランスポータータンパク質の構造と機能」。International Journal of Medical Microbiology。301 ( 6): 461–8。doi : 10.1016 /j.ijmm.2011.03.003。PMID 21616712 。
^ Pohlner J, Halter R, Beyreuther K, Meyer TF (1987). 「Neisseria gonorrhoeae IgA プロテアーゼの遺伝子構造と細胞外分泌」Nature . 325 (6103): 458–62. doi :10.1038/325458a0. PMID 3027577. S2CID 25569.
^ Leo JC、Grin I、Linke D (2012 年 4 月)。「タイプ V 分泌: 細菌外膜を介した自動輸送のメカニズム」。ロンドン王立協会哲学論文集。シリーズ B、生物科学。367 ( 1592): 1088–101。doi : 10.1098/rstb.2011.0208。PMC 3297439。PMID 22411980。
^ Henderson IR、Navarro-Garcia F、Nataro JP (1998 年 9 月)。「大脱走: オートトランスポータータンパク質の構造と機能」。Trends in Microbiology 6 ( 9): 370–8。doi : 10.1016 /s0966-842x(98)01318-3。PMID 9778731。

さらに読む

ベイガ E、菅原 E、二階堂 H、デ・ロレンソ V、フェルナンデス LA (2002 年 5 月)。「自動輸送されたタンパク質の輸出は、C 末端ドメインによって形成されたオリゴマー環を通って進行します。」EMBO ジャーナル。21 (9): 2122–31。土井：10.1093/emboj/21.9.2122。PMC 125980。PMID 11980709。
オーメン CJ、ファンウルセン P、ファンゲルダー P、フェイジェン M、トマセン J、グロス P (2004 年 3 月)。「細菌の自動輸送体のトランスロケータードメインの構造」。EMBO ジャーナル。23 (6): 1257–66。土井：10.1038/sj.emboj.7600148。PMC 381419。PMID 15014442。

[pmid15014442-1] オーメン CJ、ファンウルセン P、ファンゲルダー P、フェイジェン M、トマセン J、グロス P (2004 年 3 月)。「細菌の自動輸送体のトランスロケータードメインの構造」。EMBO ジャーナル。23 (6): 1257–66。土井：10.1038/sj.emboj.7600148。PMC 381419。PMID 15014442。

[2] ^ Benz I、Schmidt MA (2011 年 8 月)。「微生物病原体におけるオート トランスポータータンパク質の構造と機能」。International Journal of Medical Microbiology。301 ( 6): 461–8。doi : 10.1016 /j.ijmm.2011.03.003。PMID 21616712 。

[PUB00008434-3] Pohlner J, Halter R, Beyreuther K, Meyer TF (1987). 「Neisseria gonorrhoeae IgA プロテアーゼの遺伝子構造と細胞外分泌」Nature . 325 (6103): 458–62. doi :10.1038/325458a0. PMID 3027577. S2CID 25569.

[4] Leo JC、Grin I、Linke D (2012 年 4 月)。「タイプ V 分泌: 細菌外膜を介した自動輸送のメカニズム」。ロンドン王立協会哲学論文集。シリーズ B、生物科学。367 ( 1592): 1088–101。doi : 10.1098/rstb.2011.0208。PMC 3297439。PMID 22411980。

[PUB00008435-5] Henderson IR、Navarro-Garcia F、Nataro JP (1998 年 9 月)。「大脱走: オートトランスポータータンパク質の構造と機能」。Trends in Microbiology 6 ( 9): 370–8。doi : 10.1016 /s0966-842x(98)01318-3。PMID 9778731。