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| コンテンツ | |
|---|---|
| 説明 | TopFINDは、タンパク質末端、プロテアーゼによるタンパク質分解処理、末端アミノ酸修飾、および UniProt および MEROPS データベースとのコミュニティ貢献を組み合わせることで作成された、推定機能的意味合いに関する知識を統合したタンパク質データの中心的なリソースである、末端指向タンパク質機能推定データベースです。 |
キャプチャされたデータの種類 | タンパク質の注釈 |
| 生物 | ホモ・サピエンス、M. musculus、A. thaliana、S. cerevisiae、E. coli |
| 接触 | |
| 研究センター | ブリティッシュコロンビア大学（UBC）、カナダ |
| 研究室 | クリストファー・オーバーオール |
| 著者 | フィリップ・F・ランゲ |
| 主な引用 | TopFIND 2.0 - タンパク質末端をタンパク質分解処理および修飾と結び付けてタンパク質機能を変化させる[1] |
| 発売日 | 2011 |
| アクセス | |
| データ形式 | カスタムのカンマ区切りファイル、SQL、XML。 |
| Webサイト | クリップサーブ |
| その他 | |
| ライセンス | クリエイティブ・コモンズ表示 - 改変禁止 |
| キュレーションポリシー | はい - 手動および自動。データベース キュレーターと計算アルゴリズムによって生成される自動注釈のルール。 |
TopFINDは、タンパク質末端、プロテアーゼによるその形成、および機能的意味に焦点を当てた統合知識ベースである末端指向タンパク質機能推論データベース（TopFIND ）です。研究文献、科学コミュニティによる貢献、および生物学データベースから得られたタンパク質の処理と処理状態、およびその機能的意味に関する情報が含まれています。[2]
背景
タンパク質の最も基本的な特性の 1 つは、ポリペプチド鎖の始まりと終わりを定義する N 末端と C 末端です。遺伝的にコード化されている一方で、タンパク質末端アイソフォームは翻訳中にも生成されることが多く、その後、末端は非常に動的で、その末端がさまざまなエキソペプチダーゼによって頻繁にトリミングされます。ネオ末端は、プロセシングと呼ばれる正確で限定的なタンパク質分解の後に、エンドペプチダーゼによって生成されることもあります。多くのタンパク質の成熟に必要なプロセシングは、その後に発生することもあり、多くの場合、劇的な機能的結果をもたらします。異常なタンパク質分解は、関節炎[3]や癌[4]などの広範囲の疾患を引き起こす可能性があります。したがって、タンパク質の多機能性安定形態のタンパク質分解生成、タンパク質のタンパク質分解に対する普遍的な感受性、およびその不可逆性は、タンパク質分解を、多くの高度に研究されている翻訳後修飾と区別するものです。プロテアーゼはプロテアーゼウェブ[5] [6]で密接に相互接続されており、疾患における異常な活性は、特徴的なタンパク質末端を持つ診断フラグメントプロファイルにつながる可能性があります。[7]タンパク質分解後、新しく形成されたタンパク質末端はさらに修飾される可能性があり、[8]このプロセスはタンパク質の機能と安定性に影響します。[9]
ナレッジベースコンテンツ
TopFIND は、利用可能なすべての in silico、in vitro、in vivo 手法によって発見されたタンパク質の N 末端と C 末端を包括的にカバーするリソースです。UniProtとMEROPSのデータをシームレスに統合することで既存の知識を活用し、コミュニティの投稿や手動の文献キュレーションからの新しいデータへのアクセスを提供します。アセチル化やシトルリン化などのタンパク質末端の修飾を簡単にアクセスおよび検索できるようにし、タンパク質全体の末端修飾の範囲と分布を特定および分析する手段を提供します。開始以来、TopFIND はさらに多くの種に拡張されています。[1]
データアクセス
データは、末端、その修飾、またはタンパク質分解切断の観察につながった厳選された背景情報と基礎となる証拠との関係に重点を置いてユーザーに提示されます。簡単に言えば、タンパク質情報、そのドメイン構造、タンパク質末端、末端修飾、および他のタンパク質のおよび他のタンパク質によるタンパク質分解処理がリストされます。すべての情報には、元のソース、識別方法、信頼性の測定、または関連する出版物などのメタデータが付随します。位置相互相関評価は、末端と切断部位をタンパク質の特徴 (アミノ酸バリアントなど) およびドメインと一致させ、潜在的な影響と依存性を独自の方法で強調します。また、タンパク質相互作用と結び付けられたプロテアーゼ、基質、またはプロテアーゼ阻害剤としての機能的依存性を示すすべてのタンパク質のネットワークビューが提供され、ネットワーク全体の影響を簡単に評価できます。強力でありながらユーザーフレンドリーなフィルタリングメカニズムにより、使用された方法論、in vivo 関連性、信頼性、またはデータソース (単一の研究室または出版物に限定など) などのパラメーターに基づいて、提示されたデータをフィルタリングできます。これにより、生理学的関連データを評価し、ベンチ科学者に関連する機能情報と仮説を推測する手段が提供されます。後のリリースでは、実験データにおけるタンパク質分解経路の評価のための分析ツールが追加されました。[10]
参照
参考文献
- ^ ab Lange, PF; Huesgen, PF; Overall, CM (2011). 「TopFIND 2.0 - タンパク質末端とタンパク質分解処理およびタンパク質機能を変化させる修飾のリンク」. Nucleic Acids Research . 40 (データベース号): D351–D361. doi :10.1093/nar/gkr1025. PMC 3244998. PMID 22102574 .
- ^ Lange, PF; Overall, CM (2011). 「TopFIND、タンパク質末端と機能を結び付ける知識ベース」Nature Methods . 8 (9): 703–704. doi :10.1038/nmeth.1669. PMID 21822272. S2CID 7195106.
- ^ Cox JH、Starr AE、Kappelhoff R、Yan R、Roberts CR、Overall CM（2010年12月）。「マウスのマトリックスメタロプロテアーゼ8欠損は、好中球アポトーシスの遅延とカスパーゼ11発現の減少により炎症性関節炎を悪化させる」。関節炎とリウマチ。62 （12）：3645–3655。doi ：10.1002/art.27757。PMID 21120997 。
{{cite journal}}: CS1 maint: 複数の名前: 著者リスト (リンク) - ^オーバーオール CM、 Kleifeld O (2006 年 3 月)。「腫瘍微小環境 - 意見: がん治療における薬物標的および抗標的としてのマトリックスメタロプロテアーゼの検証」。Nature Reviews Cancer。6 ( 3): 227–239。doi : 10.1038/nrc1821。PMID 16498445。S2CID 21114447 。
- ^ Fortelny, Nikolaus; Cox, Jennifer H.; Kappelhoff, Reinhild; Starr, Amanda E.; Lange, Philipp F.; Pavlidis, Paul; Overall, Christopher M. (2014). 「ネットワーク分析により、ヒトプロテアーゼウェブにおけるプロテアーゼ間の広範な機能制御が明らかになった」. PLOS Biology . 12 (5): e1001869. doi : 10.1371/journal.pbio.1001869 . PMC 4035269. PMID 24865846 .
- ^ Fortelny, Nikolaus; Butler, Georgina S.; Overall, Christopher M.; Pavlidis, Paul (2017). 「プロテアーゼ阻害剤相互作用予測: タンパク質間相互作用の複雑性に関する教訓」. Molecular & Cellular Proteomics . 16 (6): 1038–1051. doi : 10.1074/mcp.M116.065706 . PMC 5461536. PMID 28385878 .
- ^ Huesgen, Pitter F.; Lange, Philipp F.; Overall, Christopher M. (2014). 「疾患の候補バイオマーカーとしてのタンパク質末端および特異的タンパク質分解シグネチャの集合」。 プロテオミクス: 臨床応用。8 (5–6): 338–350。doi : 10.1002 /prca.201300104。PMID 24497460。S2CID 24591183 。
- ^ Lange, Philipp F.; Overall, Christopher M. (2013). 「タンパク質TAILS: 末端がタンパク質分解と機能について語るとき」Current Opinion in Chemical Biology . 17 (1): 73–82. doi : 10.1016/j.cbpa.2012.11.025 . PMID 23298954.
- ^ Lange, Philipp F.; Huesgen, Pitter F.; Nguyen, Karen; Overall, Christopher M. (2014). 「ヒトプロテオームプロジェクトのためのN末端の注釈：N末端とNαアセチル化状態は、ヒト赤血球プロテオームにおける安定切断タンパク質種と分解残留物を区別する」。Journal of Proteome Research。13 ( 4 ) : 2028–2044。doi :10.1021/pr401191w。PMC 3979129。PMID 24555563。
- ^ Fortelny, Nikolaus; Yang, Sharon; Pavlidis, Paul; Lange, Philipp F.; Overall, Christopher M. (2015). 「Proteome TopFIND 3.0 with TopFINDer and PathFINDer: タンパク質末端と翻訳前および翻訳後イベントとの関連を調べるためのデータベースおよび分析ツール」Nucleic Acids Research . 43 (データベース号): D290–D297. doi :10.1093/nar/gku1012. PMC 4383881 . PMID 25332401.
外部リンク
- TopFIND - メインウェブサイトとウェブインターフェース
- ホスト機関のウェブサイト
- フィリップ・ランゲの研究グループ - 発明家およびコア開発者
- クリストファー・オーバーオール研究グループ - TopFIND の本拠地
- Merops - ペプチダーゼデータベース
- ユニプロット
- 米国国立医学図書館医学件名標目表(MeSH)のプロテアーゼ