時空間疫学モデラー

幹

開発者	IBM、BfR、Eclipse Foundation
初回リリース	2006
安定版リリース	バージョン4.0.0
リポジトリ	dev.eclipse.org/svnroot/technology/org.eclipse.stem/
書かれた	Javaソフトウェア
オペレーティング·システム	任意（Javaソフトウェア）
利用可能	英語（Java 各国語サポート付き）
タイプ	科学ソフトウェア
ライセンス	プレミアリーグ
Webサイト	詳しくはこちら

時空間疫学モデラー( STEM )は、Eclipse Foundationから入手できる無料ソフトウェアです。もともとIBM Researchによって開発された STEM は、科学者が感染症の空間モデルと時間モデルを作成して使用できるように設計されたフレームワークおよび開発ツールです。STEM は、 OSGi標準に基づくコンポーネント ソフトウェア アーキテクチャを使用します。Eclipse Equinox プラットフォームは、その標準のリファレンス実装です。コンポーネント ソフトウェア アーキテクチャを使用することで、コードやデータなど、疾病モデルに必要なすべてのコンポーネントまたは要素が、ソフトウェア ビルディング ブロックとして利用でき、個別に交換、拡張、再利用、または置換できます。これらのビルディング ブロックまたはプラグインは、 Eclipse「プラグイン」または「拡張機能」と呼ばれます。STEM プラグインには、関心のある行政地域の分母データが含まれています。地域は、標準 ( ISO3166 ) コードによってインデックス付けされています。

STEM には現在、国際標準化機構が管理する地理コーディング標準で定義された 244 か国と従属地域用のプラグインが多数含まれています。これらのプラグインには、地理データ、人口データ、人口統計、および疾病の基本モデルを含むグローバル データが含まれています。STEMで配布される疾病モデルには、疫学的コンパートメント モデルが含まれます。その他のプラグインは、最近隣関係や隣接関係などの地域間の関係や、道路による接続や航空輸送モデルなどの輸送に関する情報を記述します。

地域間の関係は、病気が場所から場所へどのように広がるかのモデルに含めることができます。これを実現するために、STEM は世界を「グラフ」として表現します。グラフのノードは場所または地域に対応し、グラフのエッジは地域間の関係または接続を表します。ノードとエッジの両方に、さまざまな分母データとモデルを使用してラベルを付けたり「装飾」したりできます。このグラフィカル表現は、Eclipse Modeling Framework (EMF) を使用して実装されます。モデルは個別のサブグラフを使用して構築できるため、STEM ではモデルの構成が可能です。さまざまな国を定義する定義済みのサブグラフは、ドラッグ アンド ドロップ インターフェイスを使用して組み立てることができます。新しいエッジ セットでモデルを拡張するだけで、新しい病気のベクトルを既存のモデルに追加できます。このアーキテクチャはコラボレーションもサポートしており、ユーザーは新しいモデルを作成して新しいシナリオを構成するだけでなく、これらのモデルとシナリオを再利用可能なコンポーネントとして交換して、お互いの作業に基づいて構築することができます。オープンソースプロジェクトであるため、ユーザーは独自のプラグイン (データとモデルの両方) を作成し、適切な場合はその作業をプロジェクトに還元することが推奨されます。

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