クスコ包囲戦(クスコの戦いとも呼ばれる)は、トゥパク・アマル2世の反乱の第一段階における最も決定的な戦闘の一つであった。トゥパク・アマル2世の主力反乱軍は、他の指導者たちからもっと早く行動するように警告されていたにもかかわらず、1781年1月4日にクスコを包囲した。ガブリエル・デ・アビレス率いるリマからの最初の増援部隊は数日前に到着していた。王党派は都市の防衛に成功し、トゥパク・アマルは1月11日に反乱軍の撤退を命じた。
ミカエラ・バスティダスは、サンガララの戦いの後、クスコは準備不足で、リマからの援軍が到着するまでに数ヶ月かかることから、トゥパク・アマル2世にクスコを攻撃するよう促した。しかし、トゥパク・アマル2世は、アルティプラノを制圧し、トゥパク・カタリの反乱軍と合流することで、軍隊を拡大・増強する計画を立てていた。南部での成功にもかかわらず、バスティダスはクスコからの攻撃を恐れ、ティンタとトゥンガスーカの反乱軍の拠点に戻るようアマルに呼びかける手紙を何度も送った。アマルは1780年12月に戻り、1781年1月初旬にクスコを攻撃することに同意した。彼は主力軍を動員し、王党派の反撃に備えて、バスティダスとトマサ・ティト・コンデマイタがティンタで小規模な部隊を率いた。[ 1 ]
モスコソ司教とクスコ戦争評議会は、反乱軍の支援を阻止するために地域一帯で宣伝活動を行い、援軍が到着するまで攻撃を開始しないよう命令した。11月24日の蜂起の知らせを受けたアグスティン・デ・ハウレギ副王は、11月28日にガブリエル・デ・アビレスに600人の兵を率いさせてクスコに派遣し、道中で兵士を募るよう命じた。援軍は1月1日にクスコに到着したが、これはトゥパック・アマル2世の予想よりも早かった。ホセ・アントニオ・デ・アレチェとホセ・デル・バジェ率いる援軍は12月20日にリマを出発した。
12月20日、トゥパック・アマルは軍にクスコ市へ出発するよう命じた。彼の軍は、彼と彼の2人の息子、イポリトとマリアノ、そしてクレオールの砲兵アントニオ・デ・フィゲロアによって指揮された。[ 2 ]アントニオ・カステロは、小規模な先鋒部隊を率いて谷を進み、兵士を募集し、王党派軍を攻撃し、農園を略奪し、北から都市を包囲するよう命じられた。一方、ディエゴ・クリストバルは、第二戦線を開いてサクサイワマン要塞を占領する目的で聖なる谷に戻った。[ 3 ]

12月23日、クスコの軍事評議会はトゥパク・アマルの攻撃計画を知った。市は3,000人の精鋭部隊によって守られていた。市内の兵舎はイグレシア・デ・ラ・コンパニーア・デ・ヘススに設置された。王党派は特に夜間に巡回を行い、6つの民兵中隊を編成し、武器弾薬を購入または徴発し、聖職者や学生を訓練した。モスコソ司教は民兵を装備するための武器の購入または製造のための資金調達活動を主導し、11月から12月の間に110,881ペソというかなりの金額を集めた。内部の裏切り者を恐れ、反乱軍の到着までの数日間は誰も市外に出ることを禁じられた。 12月19日、イグナシオ・デ・サンティエステバン・ルイス・カノはトゥンガスーカ南西の高地から、先住民が忠誠を保つよう促す彼の言葉を嘲笑うばかりなので援軍が必要だと書き送った。[ 3 ]
アントニオ・カステロの陽動作戦に引っかかった王党派は、聖なる谷からクスコの入り口に軍隊を派遣した。軽装でこの地域の険しい地形に慣れていたトゥパック・アマルとその部隊は、谷の南にある山頂を通る遠回りなルートを通ることで敵を回避した。彼らは大勢であったにもかかわらず、迅速かつ静かに到着し、大声で叫び、歌い、太鼓を叩き、花火を打ち上げ、武器を発砲し、彼らを見た者や聞いた者すべてを威嚇することに成功した。ある目撃者によると、山は「4万人の反乱軍が棘のように突き出たヤマアラシの背中のように見えた」という。[ 3 ]
これらの策略にもかかわらず、反乱軍はすぐにクスコを攻撃しなかった。トゥパック・アマルは、クスコ市が彼の側に加わることを期待し、モスコソ司教、住民、市議会に詳細な手紙を送ったからである。[ 3 ]これらの手紙は拒否され、ティンタ近郊で起こったこととは異なり、クスコとその周辺の先住民やその他の地元住民の一部は、地元の指導者がそうすることを阻止したか、あるいは望まなかったため、反乱軍側に加わらなかった。[ 4 ]後世の分析家は、トゥパック・アマルの手紙は彼の考えや計画を知る手がかりになると考えている。手紙は、メスティソやクレオールの住民の支持を維持または獲得しようとする彼の努力、そしておそらくは、クスコ市が立ち上がって彼を支持するだろうという彼の自信を示している。また、この手紙は、指導者が流血なしにクスコを奪取しようとした兆候でもある。しかし、ほとんどの人は、この書簡を奇妙だが重要な時間の浪費と見ており、市の当局がガブリエル・デ・アビレスの軍隊の到着に備えることを許したと考えている。トゥパク・アマルーが南部から勝利のうちに帰還したという知らせを受けて以来、アビレス大佐は強行軍によって進軍を加速させ、1781年1月1日にクスコに入城した。
1月4日、トゥパク・アマルは部隊の動員を命じ、都市を包囲し、包囲を開始した。両軍は血みどろの白兵戦を繰り広げ、武器や大砲も殺戮に拍車をかけた。[ 3 ]革命軍は勇敢かつ粘り強く攻撃し、クスコ防衛軍の最高司令部は効果的に任務を遂行し、司教と市長は特に注目すべき役割を果たした。パルロのコレヒドールとその忠実なカシケが指揮する8,000人の兵士によって増強され、都市を防衛する部隊は12,000人以上の兵士で構成された。[ 3 ]
最終的に、市民からの支援の欠如と、クスコの丘陵地帯にある反乱軍の陣地の過酷な状況による脱走兵の増加に落胆し、王党派が前線に配置した先住民部隊を虐殺することを拒否したトゥパク・アマルは、1781年1月11日に包囲の終結を命じた。
反乱軍の撤退後、反乱軍の勢いは鈍り、クスコの王党派は祝賀ムードに包まれた。トゥパック・アマル2世はパウカルタンボを占領し、南部での作戦を継続することを望んでいた。クスコは防衛され、スペインに忠誠を誓っていたが、周辺地域は脱走兵やプロパガンダにもかかわらず、依然として大部分が反乱軍を支持していた。リマからの最後の、より大規模で精鋭の増援部隊が1781年2月24日にクスコに到着し、その数は2万人を超えていた。[ 5 ]
クレオールとメスティソは包囲戦の失敗後、スペインへの忠誠を移し始め、主にアイマラ族とケチュア族の反乱軍の間で反スペイン感情が高まった。ミカエラ・バスティダスとトゥパク・アマルが深く信頼していた高位将校アントニオ・デ・フィゲロアは、包囲戦中に大砲の砲撃地点をずらすことで反乱軍を妨害した可能性がある。彼は後に反乱軍を裏切り、王党派に加わった。[ 2 ]