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逆生態学とは、検討対象の生物について事前の仮定をせずに、ゲノミクスを用いて生態学を研究することを指す。この用語は、2007年にニュージーランドのクライストチャーチで開催された生態ゲノミクスに関する会議でマシュー・ロックマンによって提案された。 [1]ロックマンは、遺伝子の機能がその遺伝子の異なる遺伝子配列の表現型への影響を比較することによって研究される逆遺伝学という用語との類似性を描いていた。逆生態学を採用している研究者のほとんどは、何らかの集団ゲノミクス手法を利用している。これには、選択の兆候を示すゲノム領域または部位を特定するために、少なくとも2つの集団からの複数の個体に対してゲノムスキャンを実行することが必要である。これらのゲノムスキャンでは通常、一塩基多型（SNP）マーカーが使用されますが、マイクロサテライトも（解像度は低下しますが）使用できます。
方法論
逆生態学は、ゲノムアプローチを用いて地球上の生物の環境やその他の生態学的特性を理解するために研究者によって利用されてきました。細菌の遺伝子を調べることで、科学者は今日、あるいは何百万年も前の生物の環境がどのようなものかを再構築することができます。このデータは、地球上の生命の歴史における重要な出来事を理解するのに役立ちます。2010年に、研究者は、特定のゲノム領域のGC含有量に基づいて細菌の生息温度範囲を推測する逆生態学を実行する技術を発表しました。[2]
2011年、カリフォルニア大学バークレー校の研究者たちは、まずゲノムを調べ、集団全体の変異を調べることで生物の適応特性を判断できることを実証しました。[3]
参照
参考文献
- ^ Li, YF; et al. (2008). 「「リバースエコロジー」と集団ゲノミクスの力」Evolution . 62 (12): 2984–2994. doi :10.1111/j.1558-5646.2008.00486.x. PMC 2626434 . PMID 18752601.
- ^ Zheng H、Wu H (2010 年 12 月)。「原核生物種のグアニン-シトシン含有量レベルと温度範囲条件の相関関係に関する遺伝子中心の関連分析」。BMC Bioinformatics . 11 ( Suppl 11): S7。doi : 10.1186 /1471-2105-11-S11- S7。PMC 3024870。PMID 21172057。
- ^ Ellison C, et al. (2011). 「モデル微生物真核生物の野生分離株における集団ゲノミクスと局所適応」Proceedings of the National Academy of Sciences . 108 (7): 2831–2836. Bibcode :2011PNAS..108.2831E. doi : 10.1073/pnas.1014971108 . PMC 3041088 . PMID 21282627.