ザンボアンガ共和国は、1899年5月にフィリピンのザンボアンガのスペイン政府が正式に降伏し、レアル・フエルテ・デ・ヌエストラ・セニョーラ・ラ・ビルヘン・デル・ピラール・デ・サラゴサを割譲した後、ビセンテ・アルバレス将軍とザンボアンガ革命軍によって設立された短命の革命政府であった。1899年5月28日、アルバレスはスペイン帝国からの独立を宣言し、共和国初の、そして唯一の真の選挙で選ばれた大統領となった。[ 1 ]
1899年2月28日、サンタマリアの民家で革命政府が組織され、ビセンテ・アルバレス将軍が暫定大統領兼最高司令官に選出された。彼はその後、フィリピンにおける最後のスペイン軍拠点であるピラール要塞を攻略する計画を立てた。
1899年5月18日、アルバレス率いるザンボアンガ革命政府へのピラール要塞の降伏により、ザンボアンガ州は正式に設立された。1899年5月23日、スペイン軍はザンボアンガ市民の反乱を軽蔑し、市内の建物のほとんどを焼き払った後、ついにザンボアンガから撤退した。 [ 2 ]
アルバレスの任期は、テトゥアンの司令官イシドロ・ミデルが仲間のダトゥ・マンディと共に大統領の座と引き換えにアメリカ軍と協力したことで短縮された。ミデルはその後、アルバレスがバシランで兵力を増強するために滞在していたため、ザンボアンガの代理司令官メラニオ・カリクスト少佐の暗殺を命じた。1899年11月16日、ミデルはピラール砦に白旗を掲げ、占領中のアメリカ軍に進軍を促し、アルバレス政権の転覆につながった。アルバレスと彼の同盟者は近くのメルセデスの町に逃げ、その後バシランへ行き、最終的に身を隠した。[ 3 ]: 532 1899年12月、アメリカ第23歩兵連隊のプラット大尉がザンボアンガに到着し、ピラール砦を制圧した。[ 4 ]その後、この新興共和国は米国の保護国となり、ミデルは約16ヶ月間大統領の座にとどまることが許された。
1901年3月、アメリカは共和国に選挙の実施を許可し、マリアノ・アルキサがミデルの後任として大統領に選出された。[ 3 ]: 533しかし、アルキサ政権はザンボアンガに対して実効的な権限を行使できず、最終的に1903年3月、ザンボアンガ共和国は解散した。[ 5 ]こうしてアメリカ植民地政府は、ザンボアンガをミンダナオ島の地方行政区として新たに設立されたモロ州の州都に指定し、レナード・ウッド准将が知事に就任した。
アルバレス大統領の任期中、ザンボアンガ共和国は、スペイン、アメリカ、そしてこれらの島々の先住民との戦争の最中、ミンダナオ島、バシラン島、スールー諸島を含むフィリピン南部全域に対する領有権を主張した。しかし、共和国の実際の主権は、現在のザンボアンガ市の境界内にしか及ばなかった。