サイクランチ

SciCrunchは、科学リソースに関する共同編集の知識ベースです。研究者のためのコミュニティポータルであり、データとデータベースのコンテンツ管理システムです。研究コミュニティに共通のデータソースと、科学出版物で使用できる研究リソース識別子（ RRID ）に関するデータを提供することを目的としています。2014年に2つのジャーナルのパイロットとして開始した後、2022年までに1,000を超えるジャーナルが使用し、50万を超えるRRIDが科学文献で引用されています。^{[1]ある意味では、}ウィキメディア財団のプロジェクトのためのウィキデータと同様に、科学と学術出版のためのものです。カリフォルニア大学サンディエゴ校がホストするSciCrunchは、研究者のコミュニティが独自のポータルを作成し、研究分野に関連するリソース、データベース、ツールへのアクセスを提供できるようにも設計されました^[2]

研究リソース識別子

研究資源識別子（RRID）は世界的に一意かつ永続的な識別子です。^[3] これらは、リソース識別イニシアチブによって導入され、推進されています。^[3] ここでのリソースとは、試薬、ツール、材料などの研究リソースを指します。^[3]^[4] このようなリソースの例としては、実験で使用される細胞株や、計算分析で使用されるソフトウェアツールなどが挙げられます。リソース識別ポータル（https://scicrunch.org/resources）は、この取り組みを支援するために作成され、これらの識別子を検索および作成できる中心的なサービスです。^[3]^{[5]これらの識別子は、補足ファイルとは異なり、}データマイニングによって完全に検索可能で、基本的な方法論が時間の経過とともに変化するにつれて新しいバージョンに更新できます。

RRID引用の形式

主要な生物学的リソースに関する研究リソースの引用に関する推奨事項を以下に示します。

抗体: Millipore Cat# MAB377 (ロット) RRID:AB_2298772
モデル生物:NXR Cat# 1049、RRID:NXR_1049
細胞株: Coriell Cat# GM03745、RRID:CVCL_1H60
プラスミド: pMD2.G プラスミド、RRID:Addgene_12259
生体サンプル: 糖尿病のない女性、HPAP、カタログ番号 HPAP-066、RRID:SAMN19842595
ツール: CellProfiler 画像解析ソフトウェア、(バージョンまたは日付) RRID:SCR_007358

リソース識別ポータルには、既存の RRID と、リソースに一致する RRID がまだ存在しない場合に新しい RRID を作成する手順がリストされます。

RRIDの特徴

説明: 各 RRID には、ID、タイプ、URL、および名前が含まれます。他にも何百もの属性がありますが、そのほとんどはタイプに固有のものです。たとえば、抗体タイプの RRID には、試薬がモノクローナルかポリクローナルかを示すクローン性と呼ばれる属性が含まれます。一方、細胞株には、説明されている細胞株の起源を示す「親細胞株」という属性があります。

RRID引用: RRIDは、研究の実施に使用された研究リソースを示します。それらは、カジュアルな引用を意図したものではありません。科学論文で使用されたRRIDは、Hypothes.isとの提携により、自動化ツール^[6]と半自動化ツールの両方を使用して文献からマイニングされました。特定のRRIDを引用している論文を定義するデータは、通常、そのRRIDのリゾルバページで入手できます。たとえば、https://scicrunch.org/resolver/CVCL_0038には、この細胞株を研究で使用した44件の論文（2023年4月11日現在）のリストが表示されます。各参考文献には、著者がリソースを定義した文の短いスニペットを含めることで、著者がRRIDをどのように使用したかを示します。

RRID の外部リゾルバサービス:カリフォルニアデジタルライブラリの名前から物へのリゾルバは、次のパターンを使用して任意の RRID を解決できます https://n2t.net/[RRID] 例 https://n2t.net/RRID:NXR_1049

Identifiers.orgリゾルバは、次のパターン https://identifiers.org/RRID/[RRID] を使用して任意の RRID を解決することもできます。例 https://identifiers.org/RRID/RRID:NXR_1049

RRIDの使用を推奨する機関および出版社

多くの出版社、イニシアチブ、研究機関がSciCrunchのRRIDの使用を推奨しています：Natureの共通引用形式記事、^[7] Cell Press、eLife、FORCE11、Frontiers Media、^[8] GigaScience、^[9] MIRIAM Registry、^[10] NIH、^[11] PLOS BiologyおよびPLOS Genetics。^[12]

参照

参考文献

^ Bandrowski , Anita (2022). 「GigaScienceの10年：科学文献の50万件のRRIDから何を学ぶことができるか？」GigaScience . 11. doi :10.1093/gigascience/giac058. ISSN 2047-217X. PMC 9197678. PMID 35701373 .
^ Jeffrey, Grethe; Anita, Bandrowski; Davis, Banks; Christopher, Condit; Amarnath, Gupta; Stephen, Larson; Yueling, Li; Ibrahim, Ozyurt; Andrea, Stagg; Patricia, Whetzel; Luis, Marenco; Perry, Miller; Rixin, Wang; Gordon, Shepherd; Maryann, Martone (2014). 「SciCrunch: 科学コミュニティのための協力的かつ共同的なデータおよびリソース発見プラットフォーム」。Frontiers in Neuroinformatics . 8 . doi : 10.3389/conf.fninf.2014.18.00069 .
^ abcd Bandrowski, Anita; Brush, Matthew; Grethe, Jeffery S.; Haendel, Melissa A.; Kennedy, David N.; Hill, Sean; Hof, Patrick R.; Martone, Maryann E.; Pols, Maaike; Tan, Serena; Washington, Nicole; Zudilova-Seinstra, Elena; Vasilevsky, Nicole (2015 年 11 月 19 日). 「リソース識別イニシアチブ: 出版における文化的シフト」. F1000Research . 2. 4 (134): 134. doi : 10.12688/f1000research.6555.2 . PMC 4648211. PMID 26594330 .
^ 「リソースとは何か?」scicrunch.org . SciCrunch . 2023年4月11日閲覧。
^ 「リソース識別ポータル」。scicrunch.org。SciCrunch。2023年4月11日閲覧。
^ Ozyurt (2016). 「Web 用リソース曖昧性解消ツール: 科学文献からの生物医学リソースとその引用の抽出」. PLoS One . 11 (1): e0146300. Bibcode :2016PLoSO..1146300O. doi : 10.1371/journal.pone.0146300 . PMC 5156472. PMID 26730820 .
^ Singh Chawla、Dalmeet（2015年5月29日）。「研究者らは研究室のリソース を引用するための標準フォーマットを主張」Nature。doi：10.1038/nature.2015.17652。S2CID 211730637 。
^ 「Frontiers 著者ガイドライン」。Frontiers 。 2016年4月19日閲覧。
^ 「テクニカルノート | GigaScience | Oxford Academic」。academic.oup.com 。 2019年7月15日閲覧。
^ "identifiers.org".データ収集: RRID 。2016 年4 月 18 日に取得。
^ 「NIDA は、科学研究のリソースを可視化するために SciCrunch と RRID を支援します」。FORCE11 2016年 3 月 7 日。2016年4 月 18 日閲覧。
^ 「PLOS BiologyとPLOS Geneticsにおける研究リソース識別イニシアチブの紹介」PLOS Biologue 2015年1月29日。

外部リンク

公式サイト
研究所と出版社の完全なリスト
RRID リゾルバ
SciCrunch と RRID についてもっと知る: Anita Bandrowski 博士へのインタビュー

[1] ^ Bandrowski , Anita (2022). 「GigaScienceの10年：科学文献の50万件のRRIDから何を学ぶことができるか？」GigaScience . 11. doi :10.1093/gigascience/giac058. ISSN 2047-217X. PMC 9197678. PMID 35701373 .

[2] Jeffrey, Grethe; Anita, Bandrowski; Davis, Banks; Christopher, Condit; Amarnath, Gupta; Stephen, Larson; Yueling, Li; Ibrahim, Ozyurt; Andrea, Stagg; Patricia, Whetzel; Luis, Marenco; Perry, Miller; Rixin, Wang; Gordon, Shepherd; Maryann, Martone (2014). 「SciCrunch: 科学コミュニティのための協力的かつ共同的なデータおよびリソース発見プラットフォーム」。Frontiers in Neuroinformatics . 8 . doi : 10.3389/conf.fninf.2014.18.00069 .

[bandrowski2015-3] Bandrowski, Anita; Brush, Matthew; Grethe, Jeffery S.; Haendel, Melissa A.; Kennedy, David N.; Hill, Sean; Hof, Patrick R.; Martone, Maryann E.; Pols, Maaike; Tan, Serena; Washington, Nicole; Zudilova-Seinstra, Elena; Vasilevsky, Nicole (2015 年 11 月 19 日). 「リソース識別イニシアチブ: 出版における文化的シフト」. F1000Research . 2. 4 (134): 134. doi : 10.12688/f1000research.6555.2 . PMC 4648211. PMID 26594330 .

[resources-4] 「リソースとは何か?」scicrunch.org . SciCrunch . 2023年4月11日閲覧。

[portal-5] 「リソース識別ポータル」。scicrunch.org。SciCrunch。2023年4月11日閲覧。

[6] Ozyurt (2016). 「Web 用リソース曖昧性解消ツール: 科学文献からの生物医学リソースとその引用の抽出」. PLoS One . 11 (1): e0146300. Bibcode :2016PLoSO..1146300O. doi : 10.1371/journal.pone.0146300 . PMC 5156472. PMID 26730820 .

[7] ^ Singh Chawla、Dalmeet（2015年5月29日）。「研究者らは研究室のリソース を引用するための標準フォーマットを主張」Nature。doi：10.1038/nature.2015.17652。S2CID 211730637 。

[8] 「Frontiers 著者ガイドライン」。Frontiers 。 2016年4月19日閲覧。

[9] 「テクニカルノート | GigaScience | Oxford Academic」。academic.oup.com 。 2019年7月15日閲覧。

[10] "identifiers.org".データ収集: RRID 。2016 年4 月 18 日に取得。

[11] 「NIDA は、科学研究のリソースを可視化するために SciCrunch と RRID を支援します」。FORCE11 2016年 3 月 7 日。2016年4 月 18 日閲覧。

[12] 「PLOS BiologyとPLOS Geneticsにおける研究リソース識別イニシアチブの紹介」PLOS Biologue 2015年1月29日。