識別子.org

Identifiers.orgは、ライフサイエンスで使用されるデータレコードに安定した永続的な識別子を提供するプロジェクトです。識別子は、Uniform Resource Identifiers (URI) の形式で提供されます。また、 MIRIAM レジストリにリストされているコレクションに依存して、識別されたレコードのさまざまなインスタンスに直接アクセスできるようにする解決システムでもあります。

URI と解決システム

Identifiers.org URI ^[1]^{[2]は永続的な識別子であり、レジストリの名前空間を使用してデータコレクションと、一意の解決可能な}URIの形式でコレクション内のレコード識別子を同時に指定します。Identifiers.org 解決システムは、MIRIAM レジストリ^[3]に格納されている情報に基づいて構築されています。MIRIAM レジストリは、ライフサイエンスでよく使用されるデータコレクション (データベースとオントロジー)に割り当てられた名前空間を格納するデータベースです。Identifiers.org URI を、URI によって識別されるレコードのさまざまなインスタンスにつながるさまざまな URL に変換します。Identifiers.org は、 ELIXIR相互運用性プラットフォームの一部です。

識別子の構造

Identifiers.org URI は、いくつかの部分で構成されます。

プロトコル。Identifiers.org URI はHTTP URI であり、「http:/」で始まります。
データ収集。これらは、MIRIAM レジストリにリストされている名前空間です。たとえば、出版リソースPubMedの場合は「pubmed」、酵素命名法の場合は「ec-code」、遺伝子オントロジーの場合は「go」です。
コレクションに記録します。たとえば、「9606」は、コレクション PubChem では「3-フルオロトルエン」、コレクション「taxonomy」では「Homo sapiens」、コレクション「pubmed」では社会科学出版物です。
オプション: Identifiers.org URI には、解決に使用するリソースの指定や、リゾルバの動作を制御する「プロファイル」など、パラメータを末尾に付けることができます。

使用法

このシステムにより、データセットの一貫性のある統一された注釈が可能になります。これにより、データの調整と統合が容易になります。Identifiers.org URIは、SBMLなどのCOMBINEイニシアチブ^[4]の標準形式でメタデータをエンコードするために使用されます。特に、BioModels DatabaseやReactomeなどのデータベースは、Identifiers.org URIを使用してエンコードされた相互参照を含むSBMLでデータをエクスポートします。これらのURIは、 Bio2RDF、Open PHACTS、EBI RDFプラットフォーム^[5]などのさまざまなセマンティックWebプロジェクトでも使用されています。Identifiers.orgは、欧州生命科学生物学情報インフラストラクチャの相互運用性プラットフォームの一部です。

他のURIシステムとの比較

Identifiers.org URI は、2005 年から開発され、URN形式で直接解決できないMIRIAM識別子の解決可能なバージョンとして、2011 年から開発されています。Identifiers.org URI はPURLに似ていますが、複数のインスタンスを持つコレクションに代替解決を提供します。また、DOIにも似ていますが、人間が判読できるコレクション名を提供し、データプロバイダーによって割り当てられたレコード識別子を再利用します。

参照

参考文献

^ Juty, N; Le Novère, N; Laibe, C (2012). 「Identifiers.org と MIRIAM Registry: 永続的な識別を提供するコミュニティリソース」. Nucleic Acids Research . 40 (データベース号): D580–6. doi :10.1093/nar/gkr1097. PMC 3245029. PMID 22140103 .
^ http://identifiers.org/ Identifiers.org ウェブサイト
^ Laibe, C; Le Novère, N (2007). 「MIRIAM リソース: システム生物学における堅牢な相互参照を生成および解決するためのツール」. BMC Systems Biology . 1 : 58. doi : 10.1186/1752-0509-1-58 . PMC 2259379. PMID 18078503 .
^ http://co.mbine.org/ COmputational Modeling in BIology NEtwork Web サイト
^ S Jupp、J Malone、J Bolleman、M Brandizi、M Davies、L Garcia、A Gaulton、S Gehant、C Laibe、N Redaschi、SM Wimalaratne、M Martin、N Le Novère、H Parkinson、E Birney、AM Jenkinson (2014) EBI RDF プラットフォーム: ライフサイエンスのためのリンクされたオープンデータ。バイオインフォマティクス doi :10.1093/bioinformatics/btt765

外部リンク

identifiers.org ウェブサイト
COMBINEイニシアチブの基準
オープン薬理学空間「オープンPHACTS」

[pmid22140103-1] Juty, N; Le Novère, N; Laibe, C (2012). 「Identifiers.org と MIRIAM Registry: 永続的な識別を提供するコミュニティリソース」. Nucleic Acids Research . 40 (データベース号): D580–6. doi :10.1093/nar/gkr1097. PMC 3245029. PMID 22140103 .

[2] ttp://identifiers.org/ Identifiers.org ウェブサイト

[pmid18078503-3] Laibe, C; Le Novère, N (2007). 「MIRIAM リソース: システム生物学における堅牢な相互参照を生成および解決するためのツール」. BMC Systems Biology . 1 : 58. doi : 10.1186/1752-0509-1-58 . PMC 2259379. PMID 18078503 .

[4] ttp://co.mbine.org/ COmputational Modeling in BIology NEtwork Web サイト

[5] S Jupp、J Malone、J Bolleman、M Brandizi、M Davies、L Garcia、A Gaulton、S Gehant、C Laibe、N Redaschi、SM Wimalaratne、M Martin、N Le Novère、H Parkinson、E Birney、AM Jenkinson (2014) EBI RDF プラットフォーム: ライフサイエンスのためのリンクされたオープンデータ。バイオインフォマティクス doi :10.1093/bioinformatics/btt765