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| 開発者 | ニック・パターソン、ロバート・マイヤー、デヴィッド・ライヒ |
|---|---|
| 初回リリース | 2012 |
| リポジトリ |
|
| 書かれた | C、C++、R |
| オペレーティング·システム | Windows、Linuxなど |
| タイプ | 集団遺伝学 |
| Webサイト | uqrmaie1.github.io/admixtools/ |
ADMIXTOOLS（またはAdmixTools ）は、主に集団遺伝学における混合の解析に使用されるソフトウェアパッケージです。オリジナルバージョンは、ニック・パターソンとその同僚によってスタンドアロンのCプログラムセットとして開発され、2012年に公開されました。 [1] [2]再実装バージョンのADMIXTOOLS 2は、ロバート・マイヤーとその同僚によってRパッケージとして開発され、2023年に公開されました。[3] [4]
ほとんどのADMIXTOOLSプログラムは、人口動態モデルを集団の対立遺伝子頻度から計算されたf統計量に適合させることに基づいています。 [5]
qpグラフ
qpGraphは、パターソンら（2012）が開発したADMIXTOOLS [2]ソフトウェアパッケージの一部であるソフトウェアプログラムです。qpGraphは、遺伝的混合を伴う集団関係のグラフベースモデルを評価します。[1]固定トポロジを持つグラフの尤度を推定し、 [6] [7]、観測されたf統計量に適合するようにグラフパラメータを調整します。[8]
ADMIXTOOLS 2には、Treemixなどのプログラムと同様に、最適化されたグラフトポロジを見つける機能が追加されています。[9]
その他のツール
ADMIXTOOLSソフトウェアパッケージの関連統計ツールには、qpAdm、[10] qpfst、qpF4ratio、qp3Pop、qpBound、 qpDstat、 qpWaveなどがあります。[11] qpDstatとqpWaveは集団が系統群を形成するかどうかをテストし、qpAdmは祖先の割合を推定します。[4] qpAdmはCP/NNLSと組み合わせて使用されることがよくあります。[12] [13]
参照
参考文献
- ^ ab Patterson N、Moorjani P、Luo Y、Mallick S、Rohland N、Zhan Y、Genschoreck T、Webster T、Reich D (2012年11月)。「人類史における古代の混合」。遺伝学。192 ( 3): 1065–93。doi : 10.1534/ genetics.112.145037。PMC 3522152。PMID 22960212。
- ^ ab 「DReichLab/AdmixTools: 混合が発生したかどうかなどをテストするツール」。GitHub 。 2022年5月18日閲覧。
- ^ Maier R、Flegontov P、Flegontova O、Işıldak U、Changmai P、Reich D (2023年4月)。「人口史の複雑なモデルをf統計に適合させることの限界について」。eLife . 12 . doi : 10.7554 /eLife.85492 . PMC 10310323 . PMID 37057893。
- ^ ab 「遺伝子データから人口動態履歴を推測する」uqrmaie1.github.io . 2022年5月18日閲覧。
- ^ 「f-統計」 。 2023年7月11日閲覧。
- ^ Molloy, Erin K; Durvasula, Arun; Sankararaman, Sriram (2021-07-01). 「最大尤度ネットワーク配向による混合グラフ推定の進歩」.バイオインフォマティクス. 37 (Supplement_1). Oxford University Press (OUP): i142–i150. doi :10.1093/bioinformatics/btab267. ISSN 1367-4803. PMC 8336447 . PMID 34252951.
- ^ 「混合グラフの適合度を計算する - qpgraph」。uqrmaie1.github.io 。2022年5月18日閲覧。
- ^ 「qpGraph による混合グラフの推定」。CompPopGenWorkshop2019ドキュメント。2022年 5 月 18 日閲覧。
- ^ “Treemix” . 2023年7月11日閲覧。
- ^ Harney, Éadaoin; Patterson, Nick; Reich, David; Wakeley, John (2021-01-08). Novembre, J (ed.). 「qpAdm のパフォーマンスの評価: 集団混合を研究するための統計ツール」.遺伝学. 217 (4). Oxford University Press (OUP): iyaa045. doi : 10.1093/genetics/iyaa045 . ISSN 1943-2631. PMC 8049561 . PMID 33772284.
- ^ 「qpWave と qpAdm を使用した混合モデリング」。CompPopGenWorkshop2019ドキュメント。2022年 5 月 18 日閲覧。
- ^ Järve, Mari; et al. (2019年7月22日). 「スキタイ優勢の始まりと終わりに関連する西ユーラシアステップの遺伝的景観の変化」Current Biology . 29 (14): 2430–2441.e10. doi : 10.1016/j.cub.2019.06.019 . ISSN 0960-9822.
- ^ Saag, Lehti; et al. (2021-01-22). 「東ヨーロッパ平原における石器時代から青銅器時代への移行における遺伝的祖先の変化」。Science Advances . 7 (4). bioRxiv 10.1101/2020.07.02.184507 . doi : 10.1126/sciadv.abd6535. ISSN 2375-2548. PMC 7817100. PMID 33523926.
外部リンク
- GitHubの AdmixTools
- GitHubの AdmixTools 2
- Bioconductor 3.8 の qpGraph ソフトウェア パッケージ。doi : 10.18129 /B9.bioc.qpgraph
- admixr – ADMIXTOOLS を使用した再現可能な分析のための R パッケージ