分割ツリー

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開発者	ダニエル・ヒューソンとデビッド・ブライアント
安定版リリース	2021年4月17日
プレビューリリース	2021年5月3日
オペレーティング·システム	Windows、Linux、Mac OS X
タイプ	バイオインフォマティクス
ライセンス	独自
Webサイト	uni-tuebingen.de/fakultaeten/mathematisch-naturwissenschaftliche-fakultaet/fachbereiche/informatik/lehrstuehle/algorithms-in-bioinformatics/software/splitstree/

SplitsTreeは、配列アラインメント、距離行列、樹のセットなど、さまざまな種類のデータから系統樹、系統ネットワーク、またはより一般的には分割グラフを推測するための人気のあるフリーウェアプログラムです。 ^[1]^[2] SplitsTreeは、分割分解、^[3]近隣ネット、コンセンサスネットワーク、^{[4]スーパーネットワーク法、またはハイ}ブリダイゼーションや単純組み換えネットワークを計算するための方法などの公開された方法を実装しています。NEXUSファイル形式を使用します。分割グラフは、特別なデータブロック（SPLITSブロック）を使用して定義されます。

参照

参考文献

^ Dress, A.; KT Huber ; V. Moulton (2001). 「純粋数学と応用数学における距離空間」(PDF) . Documenta Mathematica : 121–139.
^ Huson, DH; D. Bryant (2006). 「進化研究における系統ネットワークの応用」Mol. Biol. Evol . 23 (2): 254–267. doi : 10.1093/molbev/msj030 . PMID 16221896.
^ Bandelt, HJ; Dress, AW (1992). 「分割分解: 距離データの系統解析に対する新しく有用なアプローチ」.分子系統学と進化. 1 (3): 242–252. doi :10.1016/1055-7903(92)90021-8. ISSN 1055-7903. PMID 1342941.
^ Holland, Barbara; Moulton, Vincent (2003). Benson, Gary; Page, Roderic DM (編著). 「コンセンサスネットワーク: ツリーのコレクションにおける非互換性を視覚化する手法」. Algorithms in Bioinformatics . Lecture Notes in Computer Science. 2812 . Springer Berlin Heidelberg: 165–176. doi :10.1007/978-3-540-39763-2_13. ISBN 9783540397632。

外部リンク

SplitsTree ホームページ (SplitsTree に関する情報を掲載した新しい Web サイト)
最新バージョン (4.15) とマニュアル (2019 年 6 月) の代替ダウンロードページ。テュービンゲンのエバーハルトカール大学コンピューターサイエンス学部がホストしています。
バイオインフォマティクスのアルゴリズム、SplitsTree やその他のバイオインフォマティクスソフトウェアを開発している Daniel Huson のワーキンググループ
ワシントン大学がホストする系統樹ソフトウェアのリスト
系統ネットワークの系譜の世界では、SplitsTreeで生成されたスプリットグラフの幅広い例が提供されています。
系統ネットワークのWho is Whoは系統ネットワークを扱うソフトウェア、研究者、文献をリストします

[dhm2001-1] Dress, A.; KT Huber ; V. Moulton (2001). 「純粋数学と応用数学における距離空間」(PDF) . Documenta Mathematica : 121–139.

[hb2006-2] Huson, DH; D. Bryant (2006). 「進化研究における系統ネットワークの応用」Mol. Biol. Evol . 23 (2): 254–267. doi : 10.1093/molbev/msj030 . PMID 16221896.

[3] Bandelt, HJ; Dress, AW (1992). 「分割分解: 距離データの系統解析に対する新しく有用なアプローチ」.分子系統学と進化. 1 (3): 242–252. doi :10.1016/1055-7903(92)90021-8. ISSN 1055-7903. PMID 1342941.

[4] Holland, Barbara; Moulton, Vincent (2003). Benson, Gary; Page, Roderic DM (編著). 「コンセンサスネットワーク: ツリーのコレクションにおける非互換性を視覚化する手法」. Algorithms in Bioinformatics . Lecture Notes in Computer Science. 2812 . Springer Berlin Heidelberg: 165–176. doi :10.1007/978-3-540-39763-2_13. ISBN 9783540397632。