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| ファイル名拡張子 |
.mmcif |
|---|---|
| インターネットメディアの種類 |
化学物質/x-mmcif |
| 開発者 | 国際結晶学連合(IUCr)、タンパク質データバンク |
| 最新リリース | 5.372 2023年6月12日 |
| フォーマットの種類 | 化学ファイル形式 |
| 延長 | 結晶構造情報ファイル |
| Webサイト | 出典: |
高分子結晶構造情報ファイル（mmCIF ）はPDBx / mmCIFとも呼ばれ、国際結晶学連合（IUCr）とタンパク質データバンク[1]によって開発された、高分子構造データを表すための標準テキストファイル形式です。これは結晶構造情報ファイル（CIF）の拡張であり、特にタンパク質や核酸などの高分子データ用であり、 PDBファイル形式の要素を組み込んでいます。
mmCIFはタンパク質データバンク（PDB）形式の代替として意図されており、現在タンパク質データバンクで使用されるデフォルトの形式です。[2]
mmCIF は、特に決定されている高分子構造のサイズと複雑さが増大する中で、容量と柔軟性の面で PDB 形式の制限に対処するために設計されました。
このフォーマットは、より大規模なCrystallographic Information Frameworkの一部です。これは、元の Crystallographic Information File やXMLなど、さまざまな機械可読形式で表現できるデータ辞書とリレーショナル ルールに基づく交換プロトコルのシステムです。
例
mmCIFファイル形式のキーバリュースタイルの例は以下に示すとおりである: [2]
_cell.entry_id 4HHB _セルの長さ_a 63.150 _セルの長さ_b 83.590 _セルの長さ_c 53.800 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 99.34 _cell.angle_gamma 90.00 _セル.Z_PDB 4
外部リンク
- 国際結晶学連合
- wwPDB: mmCIF リソース
- PDBx/mmCIF 変換サービス
参考文献
- ^ Bourne, PE; Berman, HM; McMahon, B; Watenpaugh, KD; Westbrook, JD; Fitzgerald, PM (1997). 「マクロ分子結晶学情報ファイル」。マクロ分子結晶学パート B。Methods in Enzymology。Vol. 277。pp. 571–90。doi :10.1016/s0076-6879(97) 77032-0。ISBN 978-0-12-182178-4. PMID 18488325。
- ^ アダムスPD;アフォニン、PV。バスカラン、K;バーマン、HM。ベリスフォード、J;ブリコーニュ、G;ブラウン、DG;サウスカロライナ州バーリー;チェン、M;フェン、Z;フレンスブルク、C;グットマナス、A;ホッホ、JC。池川裕也健学、Y;クリシネル、E;栗栖、G;梁、Y;リープシュナー、D;マック、L;マークリー、JL。北西部モリアーティ。ムルシュドフ、GN;ノーブル、M。ピーザッハ、E;ペルシコワ、私。プーン、BK;ソボレフ、OV。エルリッヒ州ウルリッヒ。ヴェランカー、S;フォンライン、C;ウェストブルック、J;ウォジディル、M;横地正史ヤング、JY（2019年4月1日）。 「タンパク質データバンク（PDB）への結晶構造登録のためのPDBx/mmCIF形式ファイルの提出義務の発表」Acta Crystallographica Section D . 75 (Pt 4): 451–454. doi :10.1107/S2059798319004522. PMC 6465986 . PMID 30988261.