モデラー

モデラー
原作者	アンドレイ・サリ
開発者	カリフォルニア大学サンフランシスコ校、アクセルリス
初回リリース	1989年; 35年前
安定リリース	10.3 / 2022年7月13日; 2年前
オペレーティング·システム	Unix、Linux、macOS、Windows
プラットフォーム	x86、x86-64
利用可能	英語
タイプ	タンパク質の相同性モデリング
ライセンス	独占的: 学術的非営利フリーウェア、商用ソフトウェア
Webサイト	www.salilab.org/modeller/

モデラー（Modeller、MODELLERと表記されることが多い）は、タンパク質の三次構造や四次構造（稀）のモデルを作成するための相同性モデリングに使用されるコンピュータプログラムである。 ^[2]^[3]これは、タンパク質の核磁気共鳴分光法（タンパク質NMR）にヒントを得た、空間的制約の充足と呼ばれる手法を実装しており、一連の幾何学的基準を使用して、タンパク質内の各原子の位置の確率密度関数を作成する。この手法は、モデル化されるターゲットアミノ酸配列と、構造が解明されているテンプレートタンパク質との間の入力配列アライメントに依存する。

このプログラムには、タンパク質のループ領域のab initio 構造予測のための限定的な機能も組み込まれています。ループ領域は、相同タンパク質間でも大きく変化することが多く、相同性モデリングでは予測が困難です。

Modellerはもともとカリフォルニア大学サンフランシスコ校のAndrej Saliによって書かれ、現在もメンテナンスされています。^[4]Unix、Linux、macOS、Windowsの各オペレーティングシステムで動作します。学術用途ではフリーウェアです。グラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)と商用バージョンは Accelrysによって配布されています。ModWeb比較タンパク質構造モデリングウェブサーバーはModellerとその他の自動タンパク質構造モデリングツールに基づいており、結果のモデルをModBaseに保存するオプションがあります。Modellerの人気により、MODELLER用のサードパーティGUIがいくつか利用可能です。

EasyModellerはフリーウェアであり、Modeller用の最も初期のサードパーティGUIの1つです。^[5]最新バージョン（EasyModeller 4.0）は、LinuxおよびWindowsオペレーティングシステムをサポートしています。
UCSF Chimera には Modeller へのシンプルなインターフェースがあります。
PyModはPyMOL用の無料のオープンソースプラグインであり、Modeller用の包括的なインターフェースを備えています。^[6]^[7]Linux、Windows、macOSをサポートしています。
MaxModはWindows上のMODELLER用のスタンドアロンGUIです。^[8]

参照

タンパク質構造予測ソフトウェア一覧

参考文献

^ 「MODELLER News」. salilab.org . 2022年11月2日閲覧。
^ Fiser A、Sali A (2003)。「モデラー：相同性に基づくタンパク質構造モデルの生成と改良」。高分子結晶学、パートD。酵素学の方法。第374巻。pp.461–91。doi :10.1016/S0076-6879(03)74020-8。ISBN 9780121827779. PMID 14696385。
^ マルティ＝レノム MA、スチュアート AC、フィザー A、サンチェス R、メロ F、サリ A (2000)。「遺伝子とゲノムの比較タンパク質構造モデリング」。Annu Rev Biophys の Biomol 構造。29 : 291–325。土井：10.1146/annurev.biophys.29.1.291。PMID 10940251。
^ Sali A、 Blundell TL（1993年12月）。「空間的制約の満足による比較タンパク質モデリング」。J . Mol. Biol . 234（3）：779–815。doi ：10.1006/jmbi.1993.1626。PMID 8254673 。
^ Kuntal, BK, Aparoy, P., & Reddanna, P. (2010). EasyModeller: MODELLER のグラフィカルインターフェイス。BMC 研究ノート、3(1)、1。
^ Janson G, Zhang C, Prado MG, Paiardini A (2017). 「PyMod 2.0: PyMOL 内でのタンパク質配列構造解析と相同性モデリングの改善」.バイオインフォマティクス. 33 (3): 444–446. doi : 10.1093/bioinformatics/btw638 . PMID 28158668.
^ Bramucci E、Paiardini A、Bossa F、Pascarella S (2012)。「PyMod: PyMOL 内での配列類似性検索、複数の配列構造アラインメント、相同性モデリング」。BMC Bioinformatics . 13 ( Suppl 4): S2。doi : 10.1186 / 1471-2105-13 -S4- S2。PMC 3303726。PMID 22536966。
^ Parida BK、Panda PK、Misra N、Mishra BK (2015)。「MaxMod: タンパク質 3D モデルの予測精度向上のための、隠れマルコフモデルに基づく MODELLER への新規インターフェース」。Journal of Molecular Modeling。21 ( 2 ) : 1–10。doi : 10.1007 /s00894-014-2563-3。PMID 25636267。S2CID 30626573。

外部リンク

公式サイト
モッドウェブ
EasyModeller - Modeller 用の GUI。
UCSF Chimera から Modeller へのインターフェース
PyMod - Modeller 用の PyMOL プラグイン
MINT - モデラー用 GUI
MaxMod - Windows 上の Modeller 用のスタンドアロン GUI。

[1] 「MODELLER News」. salilab.org . 2022年11月2日閲覧。

[pmid14696385-2] Fiser A、Sali A (2003)。「モデラー：相同性に基づくタンパク質構造モデルの生成と改良」。高分子結晶学、パートD。酵素学の方法。第374巻。pp.461–91。doi :10.1016/S0076-6879(03)74020-8。ISBN 9780121827779. PMID 14696385。

[pmid10940251-3] マルティ＝レノム MA、スチュアート AC、フィザー A、サンチェス R、メロ F、サリ A (2000)。「遺伝子とゲノムの比較タンパク質構造モデリング」。Annu Rev Biophys の Biomol 構造。29 : 291–325。土井：10.1146/annurev.biophys.29.1.291。PMID 10940251。

[pmid8254673-4] ^ Sali A、 Blundell TL（1993年12月）。「空間的制約の満足による比較タンパク質モデリング」。J . Mol. Biol . 234（3）：779–815。doi ：10.1006/jmbi.1993.1626。PMID 8254673 。

[5] Kuntal, BK, Aparoy, P., & Reddanna, P. (2010). EasyModeller: MODELLER のグラフィカルインターフェイス。BMC 研究ノート、3(1)、1。

[6] Janson G, Zhang C, Prado MG, Paiardini A (2017). 「PyMod 2.0: PyMOL 内でのタンパク質配列構造解析と相同性モデリングの改善」.バイオインフォマティクス. 33 (3): 444–446. doi : 10.1093/bioinformatics/btw638 . PMID 28158668.

[7] Bramucci E、Paiardini A、Bossa F、Pascarella S (2012)。「PyMod: PyMOL 内での配列類似性検索、複数の配列構造アラインメント、相同性モデリング」。BMC Bioinformatics . 13 ( Suppl 4): S2。doi : 10.1186 / 1471-2105-13 -S4- S2。PMC 3303726。PMID 22536966。

[8] Parida BK、Panda PK、Misra N、Mishra BK (2015)。「MaxMod: タンパク質 3D モデルの予測精度向上のための、隠れマルコフモデルに基づく MODELLER への新規インターフェース」。Journal of Molecular Modeling。21 ( 2 ) : 1–10。doi : 10.1007 /s00894-014-2563-3。PMID 25636267。S2CID 30626573。