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この学派の起源は、水戸藩二代藩主徳川光邦（1628-1700）が『大日本史』の編纂を命じた1657年に遡る。このプロジェクトに集まった学者の中には、浅香丹白（1656-1737）、笹宗清（1640-1698）、栗山仙保（1671-1706）、三宅寛然（1673-1718）らがいた。明朝の忠臣思想家である朱順水（1600-1682）の影響下で、このプロジェクトの根本的なアプローチは、歴史的発展は道徳法則に従うという見解に基づく新儒教であった。徳川光邦は、長きにわたり天皇の統一統治下にあった日本は、中国中心主義思想で理解される「国家」の完璧な模範であると信じていた。こうして『大日本史』は天皇による統治を描いた日本史となり、朝廷と神道の神々への敬意を強調するようになった。史実を記録するため、同校の歴史家たちは各地の歴史資料を集め、その過程で自らの歴史書を編纂することもあった。初期の三戸学は、歴史記述と学術研究に重点を置いていた。
18世紀末頃、水戸学は当時の社会問題や政治問題に取り組むようになり、後水戸学の時代が始まった。水戸氏第9代当主徳川成明（1800～1860）は、講道館を氏族の学校として設立し、水戸学を大きく発展させた。講道館は儒教や国学の思想に加え、医学、天文学、その他の自然科学の知識も取り入れた。後水戸学の時代は幕末まで続いた。水戸学は尊王攘夷運動に大きな影響を与え、明治維新の原動力の一つとなった。しかし、新政府の保護を得ることはできず、講道館は解散され、その蔵書は大部分が国に接収された。
茨城県水戸市の水戸市学会は、水戸学の歴史的・思想的側面に関する研究を行っている。同学派の主要著作には、『神道集成』、『大日本神儀史』、 『神儀資料集』、風土記の収集・研究、高後水井の研究などがある。