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プロテオミクス標準イニシアチブ（PSI ）は、ヒトプロテオーム機構のワーキンググループです。データの比較、交換、検証を容易にするために、プロテオミクスのデータ標準を定義することを目的としています。[1] [2]
プロテオミクス標準イニシアチブは、以下の主題に焦点を当てています。プロテオミクス実験に関する最小限の情報によって、プロテオミクス実験とともに提供されるべきメタデータが定義されます。[3]データをエンコードするためのデータマークアップ言語、および一貫した注釈と表現のための メタデータオントロジー。
プロテオミクス実験に関する最小限の情報
プロテオミクス実験に関する最小限の情報（MIAPE）は、プロテオミクス実験を報告するための、ヒトプロテオーム機構のプロテオミクス標準イニシアチブによって作成された最小限の情報標準です。 [4]分析結果を単に紹介するのではなく、実験結果を明確に解釈し、実験を再現するために必要なすべての情報を指定することを目的としています。[要出典] MIAPEガイドラインは、準拠したレポートに必要なコンテンツを定義していますが、このデータを提示する形式（PSI [5]によっても定義されている対応する*ML形式に任されています）を指定しておらず、実験の実行方法も定義していません。[6]
ワーキンググループ
いくつかのワーキンググループがプロテオミクスのさまざまな分野をカバーするいくつかの文書に取り組んでいます。[7]
ゲル電気泳動ワーキンググループは、ゲル電気泳動実験の報告要件を定義しました。この文書は勧告の段階にあり、公開されています。[8]対応するデータ交換形式はGelML と呼ばれ、安定バージョンは 2007 年後半にリリースされました。[9]
ゲル電気泳動ワーキンググループは、ゲル画像情報科学の勧告を用いた画像解析にも重点を置いており、現在公開レビュー段階にあるが、対応する交換フォーマットはドラフト段階である（2009年4月現在）。[9]
サンプル処理ワーキンググループは、ゲル電気泳動または質量分析を適用する前に実行されるすべてのサンプル前処理手順に関する要件を定義します。カラムクロマトグラフィーとキャピラリー電気泳動に関する2つの文書は初期草案段階にあり、サンプルの準備と取り扱いはまだプロジェクト段階です（2009年4月現在）。データ交換フォーマット（spML）も開発中です。[10]
質量分析[11]および質量分析情報学[12]の文書は、質量分析ワーキンググループによる推奨事項として公開されています。
ワーキンググループは、いくつかのデータ交換フォーマットをリリースしました。質量分析計によって生成されたデータを取り込むためのmzMLは、以前のmzData（PSIによって開発）とmzXML（システム生物学研究所のシアトルプロテオームセンターで開発）を統合したものです。質量分析データからタンパク質とペプチドの識別結果を取得する質量スペクトル情報科学分析用のmzIdentML、および選択された反応モニタリング入力ファイル用のTraMLです。最後に、以前のファイル形式で使用する制御語彙であるMS CVを開発しました。 [13]
PSIの分子相互作用ワーキンググループは、データ交換フォーマットであるPSI MI XMLとそれに対応するオントロジーのみに取り組んでいます。彼らはMIMIxガイドライン（分子相互作用実験に関する最小限の情報）を公開しています。
研究デザイン、サンプル生成、データの統計分析に関するMIAPEの推奨事項も計画または起草されている。[7]
標準準拠のプロテオミクスリポジトリ
標準に準拠したプロテオミクスリポジトリがいくつか存在し、研究者はMIAPEガイドラインを施行しながらデータを公開することができます。例えば、MIAPEGelDB [14]（ゲル電気泳動データ用）、PRIDE [15]（質量分析データ用）、ProteoRed MIAPEジェネレータツール[16]（ゲル電気泳動および質量分析データ用）などがあります。
最終的には、ジャーナル編集者が著者に対して、出版前にすべてのデータをそのようなリポジトリに公開するよう要求することが予想される[要出典]。
同様の取り組み
最低限の要件を定義しようとする同様の取り組みがあります。マイクロアレイについては、 MGED協会がマイクロアレイ実験に関する最小限の情報（MIAME）を定義しました。 [17]診断精度の報告基準（STARD）は、医療診断の 精度を報告する研究に利用できます。[18]
参考文献
- ^ Taylor, CF; Hermjakob, H.; Julian, RK; Garavelli, JS; Aebersold, R .; Apweiler, R. (2006). 「The Work of the Human Proteome Organisation's Proteomics Standards Initiative (HUPO PSI)」. OMICS: A Journal of Integrative Biology . 10 (2): 145–151. doi :10.1089/omi.2006.10.145. PMID 16901219.
- ^ 「HUPO プロテオミクス標準イニシアチブホームページ」。HUPOプロテオミクス標準イニシアチブ。2008年 12 月 6 日閲覧。
- ^ テイラー、CF;ペイトン, ノースウェスト州;カンザス州リリー。ペンシルベニア州ビンズ。ジュリアン・ジュニア、RK;アーカンソー州ジョーンズ。朱、W.アプワイラー、R . ;エーバーソルド、R.ドイツ、EW; MJ、ダン。てか、AJR。ライトナー、A.マクト、M.マン、M。マーテンズ、L.ニューベルト、TA;サウスカロライナ州パターソン。ピン、P.シーモア、SL;ソウダ、P.次田 明;ヴァンデケルクホーフ、J.ヴォンドリスカ、TM;ホワイトレッグ、日本。ウィルキンス氏、MR。ゼナリオス、I。イェーツ・ジュニア、JR。ヘルムヤコブ、H. (2007)。 「プロテオミクス実験に関する最低限の情報（MIAPE）」。ネイチャーバイオテクノロジー。25 (8): 887–893. doi : 10.1038/nbt1329 . PMID 17687369.
- ^ 「MIAPEホームページ」。HUPOプロテオミクス標準イニシアチブ。 2013年5月13日閲覧。
- ^ Hermjakob, H (2006). 「HUPO プロテオミクス標準イニシアチブ - プロテオミクスデータの断片化の克服」.実用プロテオミクス. 6 (S2): 34–38. doi :10.1002/pmic.200600537. PMID 17031794. S2CID 20005411.
- ^ Taylor, Chris (2006). 「プロテオミクスの最小報告要件: MIAPE 入門」.実践プロテオミクス. 6 (S2): 39–44. doi :10.1002/pmic.200600549. PMID 17031795. S2CID 8175511.
- ^ ab 「HUPO PSIホームページ」。HUPOプロテオミクス標準イニシアチブ。 2013年5月13日閲覧。
- ^ フランク・ギブソン、リー・アンダーソン、ジェルジ・バブニグ、マーク・ベイカー、マティアス・バース、ピエール＝アラン・ビンツ、アンディ・ボスウィック、フィル・キャッシュ、ビリー・W・デイ、デイビッド・B・フリードマン、ドニタ・ガーランド、ハワード・B・ガットシュタイン、クリスティン・フーグランド、ニール・A・ジョーンズ、アラムギル・カーン、ヨアヒム・クローゼ、アンガス・I・ラモンド、ピーター・F・レムキン、キャサリン・S・リリー、ジョナサン・ミンデン、ニコラス・J・モリス、ノーマン・W・パトン、マイケル・R・ピサーノ、ジョン・E・プライム、ティエリー・ラビロウド、デイビッド・A・ステッド、クリス・F・テイラー、ハンス・ヴォショル、アニル・ウィパット、アンドリュー・R・ジョーンズ (2008)。「プロテオミクスにおけるゲル電気泳動の使用を報告するためのガイドライン」。Nat . Biotechnol . 26 (8): 863–864。arXiv : 0904.0694.doi : 10.1038 / nbt0808-863.ISSN1087-0156.PMID18688234.S2CID1231720 .
- ^ ab 「MIAPE ゲル電気泳動ワーキング グループ ページ」。HUPOプロテオミクス標準イニシアチブ。2009年 4 月 23 日閲覧。
- ^ 「MIAPE サンプル処理ワーキング グループ ページ」。HUPOプロテオミクス標準イニシアチブ。2009年 4 月 23 日閲覧。
- ^ Taylor, Chris F; Pierre-Alain Binz; Ruedi Aebersold; Michel Affolter; Robert Barkovich; Eric W Deutsch; David M Horn; Andreas Huhmer; Martin Kussmann; Kathryn Lilley; Marcus Macht; Matthias Mann; Dieter Muller; Thomas A Neubert; Janice Nickson; Scott D Patterson; Roberto Raso; Kathryn Resing; Sean L Seymour; Akira Tsugita; Ioannis Xenarios; Rong Zeng; Randall K Julian (2008). 「プロテオミクスにおける質量分析法の使用を報告するためのガイドライン」Nat. Biotechnol . 26 (8): 860–861. doi :10.1038/nbt0808-860. ISSN 1087-0156. PMID 18688232。S2CID 205270031 。
- ^ Binz, Pierre-Alain; Robert Barkovich; Ronald C Beavis; David Creasy; David M Horn; Randall K Julian; Sean L Seymour; Chris F Taylor; Yves Vandenbrouck (2008). 「プロテオミクスにおける質量分析インフォマティクスの使用を報告するためのガイドライン」Nat. Biotechnol . 26 (8): 862. doi : 10.1038/nbt0808-862 . ISSN 1087-0156. PMID 18688233. S2CID 205270035.
- ^ 「MIAPE 質量分析ワーキング グループ ページ」。HUPOプロテオミクス標準イニシアチブ。2009年 4 月 23 日閲覧。
- ^ 「MIAPEGelDB ホームページ」ExPASy . 2008年12月7日閲覧。
- ^ 「PRIDE PRoteomics IDEntifications データベースホームページ」。欧州バイオインフォマティクス研究所。 2008年12月7日閲覧。
- ^ 「MIAPE ジェネレーターツール」。ProteoRed 。2013年4月15日時点のオリジナルよりアーカイブ。2009年3月6日閲覧。
- ^ Brazma, Alvis; Pascal Hingamp; John Quackenbush; Gavin Sherlock; Paul Spellman; Chris Stoeckert; John Aach; Wilhelm Ansorge; Catherine A. Ball; Helen C. Causton; Terry Gaasterland; Patrick Glenisson; Frank CP Holstege; Irene F. Kim; Victor Markowitz; John C. Matese; Helen Parkinson; Alan Robinson; Ugis Sarkans; Steffen Schulze-Kremer; Jason Stewart; Ronald Taylor; Jaak Vilo; Martin Vingron (2001 年 12 月)。「マイクロアレイ実験に関する最小限の情報 (MIAME) - マイクロアレイ データの標準に向けて」Nat Genet . 29 (4): 365–371. doi : 10.1038/ng1201-365。ISSN 1061-4036. PMID 11726920.
- ^ ボシュート、パトリック M.;ヨハネス・B・ライツマ。デビッド・E・ブランズ;コンスタンティン・A・ガトソニス。ポール・P・グラスジオウ;レス・M・アーウィグ;デビッド・モハー;ドラモンド・レニー。ヘンリカ CW デ ヴェット; Jeroen G. Lijmer (2003-01-01)。 「診断精度に関する研究報告に関する STARD 声明: 説明と詳細」。クリンケム。49 (1): 7-18。土井: 10.1373/49.1.7。PMID 12507954。
外部リンク
- PSI ウェブサイト (psidev.info)