マイクロアレイデータベースとは、マイクロアレイ遺伝子発現データを格納するリポジトリです。マイクロアレイデータベースの主な用途は、測定データの保存、検索可能なインデックスの管理、そして他のアプリケーションが分析や解釈を行うためのデータ提供（直接提供、またはユーザーによるダウンロード経由）です。
マイクロアレイデータベースは、大きく2つの種類に分類できます。
- 査読済みの公開リポジトリであり、学術的または業界標準に準拠し、多くの解析アプリケーションやグループでの利用を想定して設計されています。NCBIのGene Expression Omnibus（GEO）やEBIのArrayExpressなどがその好例です。
- 特定の組織（研究所、企業、大学、コンソーシアム、グループ）、アプリケーションスイート、トピック、または分析手法のブランドに主に関連付けられた専門的なリポジトリ。営利、非営利、学術を問わず、これらのデータベースは、以下の特性の1つ以上を備えている可能性があります。
- フルアクセスするには、購読またはライセンスが必要になる場合があります。
- コンテンツは主に特定のグループ（例：SMD、UPSC-BASE）、免疫ゲノムプロジェクトから提供される場合があります。
- 誰がデータを使用できるか、またはデータがどのような目的で使用できるかについて制約がある場合があります。
- 新しいデータを提出するには特別な許可が必要な場合があり、あるいは明確な手続きが全くない場合もあります。
- 特定のアプリケーションのみがデータを使用できるように設計されている場合があり、多くの場合、同じエンティティに関連付けられています（たとえば、NCI の caArray はcaBIGに特化しています）。
- 標準的なアプリケーションや分析には、データのさらなる処理や再フォーマットが必要になる場合があります。
- 彼らは、マイクロアレイデータの標準化された中央リポジトリを持つという「緊急のニーズ」に対応すると主張している。（例えば、2003年に最終更新されたYMDを参照）。
- 既存の公開リポジトリの一つに比べて、段階的な改善が図られている。
- メタ分析アプリケーションとは、1つ以上の公開データベースからの研究を組み込んだアプリケーションである（例：Gemmaは主にGEOの研究を使用し、NextBioは様々な情報源を使用する）。
最もよく知られている、キュレーションされた公開マイクロアレイデータベースには、以下のようなものがあります。
外部リンク
- ArrayExpress：EBI Train OnLineのクイックツアー
- EBI Train OnLineのArrayExpressアーカイブを使用して機能ゲノミクスデータを探索する
- EBI Train OnLineのGene Expression Atlasを使用して遺伝子発現パターンを調査する
- ArrayExpress: EBI Train OnLine で MAGE-TAB を使用してデータを送信する
- ArrayExplorer - マイクロアレイを並べて比較できる無料ツール。
