アレイトラック

アレイトラック

開発者	米国食品医薬品局
安定版リリース	3.5.0 / 2010年3月3日; 14年前 ( 2010-03-03 )
オペレーティング·システム	Linux、Mac OS X、Windows
プラットフォーム	ジャワ
タイプ	バイオインフォマティクスデータの管理、分析、解釈
Webサイト	[1]

ArrayTrackは、主にマイクロアレイデータの管理、分析、解釈に使用される多目的バイオインフォマティクスツールです。ArrayTrackは、2001年に米国食品医薬品局の社内フィルターアレイ研究をサポートするために開発され、2003年にマイクロアレイの統合研究ツールとして一般に無料で公開されました。^[1]それ以来、ArrayTrackの年間平均ユーザー数は約5,000人です。国立毒性学研究センターによって定期的に更新されています。

ArrayTrackは、主にデータの管理、分析、解釈をそれぞれ処理する研究データベース、ツール、ライブラリの3つの主要コンポーネントで構成されています。これらの各コンポーネントは、他の2つのコンポーネントから直接アクセスできます。たとえば、分析ツールは研究データベースに保存されている実験データに直接使用でき、結果から発見された重要な遺伝子はライブラリでクエリされ、追加の注釈や関連するタンパク質、パスウェイ、遺伝子オントロジー用語などを表示できます。^[2]

• 研究データベース:研究データベースには、生データと注釈データの両方を含む、ユーザーがインポートした実験データが含まれています。主にマイクロアレイデータの管理に使用されますが、プロテオミクスとメタボロミクスのデータもサポートしています。インポートされたデータは最初は所有者専用ですが、他のユーザーが利用できるようにすることができます。研究データベースには、ArrayTrack のデータ分析結果から直接作成できる重要な遺伝子リストも保存されます。
• ツール: ArrayTrack では、 T 検定、ANOVA、SAM 検定などの統計分析ツール、階層的クラスタリング分析や主成分分析などの教師なしパターン検出ツール、 K 近傍法や線形判別分析などのモデル予測ツールなど、さまざまな分析および視覚化ツールが利用できます。ArrayTrack のツールはインポートされたデータに対応するように設計されていますが、外部データとも互換性があります。
• ライブラリ: ArrayTrack は、動的なスプレッドシート形式で表示可能な特定の注釈データを保存するライブラリのコレクションをホストします。遺伝子、タンパク質、経路、遺伝子オントロジー用語、化合物、SNP、QTL、チップタイプなどに固有のライブラリがあります。各ライブラリは、複数入力の検索、並べ替え、フィルタリング、コピー アンド ペースト、およびエクスポートをサポートしています。ライブラリは、保存された遺伝子リスト、分析結果、およびその他のライブラリの目的のコンテンツを直接照会できます。任意のライブラリの特定のエントリは、データの元のソースを含む、多くの一般的な公開ナレッジ ベースの同等のエントリにリンクできます。

ArrayTrackは、パスウェイ解析ツールGeneGo MetaCoreやIngenuity Pathway Analysisなど、さまざまなバイオインフォマティクスソフトウェアと直接統合されています。^{[3] [4]}

ArrayTrack は一般に無料で公開されており、オンラインでアクセスできます。これは、FDA がホストするOracle データベースに接続するJavaベースのインターフェイスを使用して、クライアントのコンピューター上で実行されます。Java ベースのアプリケーションである ArrayTrack は、Windows、Mac、Linuxマシンと互換性があります。

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